More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2311 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2311  50S ribosomal protein L18  100 
 
 
120 aa  239  1e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0992173  normal  0.451377 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3168  50S ribosomal protein L18  97.5 
 
 
120 aa  234  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411824  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1561  50S ribosomal protein L18  93.33 
 
 
120 aa  224  3e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.467106  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1380  50S ribosomal protein L18  90.83 
 
 
120 aa  220  5e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.794975 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3651  50S ribosomal protein L18  90 
 
 
120 aa  219  9e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3432  50S ribosomal protein L18  90 
 
 
120 aa  219  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23776  normal  0.3359 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5054  50S ribosomal protein L18  86.67 
 
 
120 aa  211  4e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.570149  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1662  50S ribosomal protein L18P  68.33 
 
 
119 aa  158  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.130652  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4782  50S ribosomal protein L18  68.75 
 
 
120 aa  156  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.127323  hitchhiker  7.4744e-08 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1370  50S ribosomal protein L18  64.17 
 
 
120 aa  155  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.358563  normal  0.126509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2148  50S ribosomal protein L18  67.5 
 
 
120 aa  152  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1446  50S ribosomal protein L18  69.64 
 
 
120 aa  152  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.267488 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1002  50S ribosomal protein L18  64.91 
 
 
120 aa  149  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.168724  hitchhiker  0.00975315 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1630  50S ribosomal protein L18  69.37 
 
 
118 aa  149  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.473609  normal  0.181454 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1779  50S ribosomal protein L18P  65.77 
 
 
120 aa  149  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0297069  normal  0.117381 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1348  50S ribosomal protein L18  66.96 
 
 
120 aa  147  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  4.32903e-05  normal  0.269242 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0120  50S ribosomal protein L18  66.38 
 
 
120 aa  145  2e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  5.42863e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1857  50S ribosomal protein L18  67.57 
 
 
120 aa  143  7e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.58959  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0714  50S ribosomal protein L18  63.64 
 
 
120 aa  143  7e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0742927  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0147  50S ribosomal protein L18  64.66 
 
 
120 aa  140  4e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  7.02498e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0157  50S ribosomal protein L18  64.66 
 
 
120 aa  140  4e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.09054e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2982  50S ribosomal protein L18  72.16 
 
 
120 aa  141  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.864504  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0126  50S ribosomal protein L18  64.66 
 
 
120 aa  140  4e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  1.40079e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0120  50S ribosomal protein L18  64.66 
 
 
120 aa  140  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  6.18216e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0126  50S ribosomal protein L18  64.66 
 
 
120 aa  140  4e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0315012  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0126  50S ribosomal protein L18  64.66 
 
 
120 aa  140  4e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  1.39258e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0122  50S ribosomal protein L18  64.66 
 
 
120 aa  140  4e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.09989e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0564  50S ribosomal protein L18  70.83 
 
 
120 aa  140  5e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0138  50S ribosomal protein L18  64.66 
 
 
120 aa  140  6e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.4273e-62 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1122  ribosomal protein L18  69.47 
 
 
122 aa  140  7e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.805171  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0863  50S ribosomal protein L18P  59.09 
 
 
121 aa  138  2e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00546241  hitchhiker  0.0054851 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5179  50S ribosomal protein L18  63.79 
 
 
120 aa  139  2e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  3.11819e-09  unclonable  1.18579e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0121  50S ribosomal protein L18  62.93 
 
 
120 aa  137  4e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  5.38516e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0127  50S ribosomal protein L18  62.07 
 
 
120 aa  137  5e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2463  50S ribosomal protein L18  70.1 
 
 
120 aa  135  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212338  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2185  50S ribosomal protein L18  70.1 
 
 
120 aa  135  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.954863  normal  0.731843 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0123  50S ribosomal protein L18  60.34 
 
 
120 aa  136  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1924  50S ribosomal protein L18  71.13 
 
 
120 aa  134  3e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.845183  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0337  50S ribosomal protein L18  71.13 
 
 
120 aa  134  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2841  50S ribosomal protein L18  57.66 
 
 
114 aa  134  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0800912  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2695  ribosomal protein L18  57.85 
 
 
119 aa  134  5e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1180  50S ribosomal protein L18  69.7 
 
 
120 aa  134  6e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.203306  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1930  ribosomal protein L18  65.83 
 
 
120 aa  132  1e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.492965  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0237  50S ribosomal protein L18  57.66 
 
 
120 aa  132  1e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2217  50S ribosomal protein L18  68.42 
 
 
120 aa  132  1e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.442401  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0234  50S ribosomal protein L18  57.66 
 
 
120 aa  132  1e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.875475 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2752  ribosomal protein L18  57.5 
 
 
118 aa  132  2e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.333327  normal  0.200711 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2672  50S ribosomal protein L18P  62.16 
 
 
120 aa  132  2e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.159839  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1851  50S ribosomal protein L18  63.16 
 
 
112 aa  131  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.662264 
 
 
-
 
NC_004310  BR1217  50S ribosomal protein L18  68.69 
 
 
120 aa  131  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1972  50S ribosomal protein L18  68.69 
 
 
120 aa  131  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000177032  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1815  50S ribosomal protein L18  56.56 
 
 
120 aa  131  3e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0774  ribosomal protein L18  57.66 
 
 
122 aa  131  3e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1308  50S ribosomal protein L18  64.21 
 
 
122 aa  131  4e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  1.99642e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1378  50S ribosomal protein L18  64.21 
 
 
122 aa  131  4e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0119582  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0969  50S ribosomal protein L18  53.66 
 
 
122 aa  130  7e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01330  ribosomal protein L18  58.56 
 
 
118 aa  130  7e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.458183  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2997  50S ribosomal protein L18  58.56 
 
 
120 aa  130  7e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.0205603 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2202  50S ribosomal protein L18  67.02 
 
 
120 aa  130  9e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0988305  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1635  50S ribosomal protein L18  60.38 
 
 
122 aa  129  1e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1337  50S ribosomal protein L18  69.47 
 
 
118 aa  129  1e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.150956 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0074  50S ribosomal protein L18  60.34 
 
 
118 aa  129  2e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.966065  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0642  50S ribosomal protein L18  52.5 
 
 
121 aa  128  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.62342e-09  hitchhiker  3.24401e-08 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1891  50S ribosomal protein L18  60.34 
 
 
118 aa  128  3e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.865797  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0997  50S ribosomal protein L18  61.05 
 
 
122 aa  127  4e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.350286  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3718  50S ribosomal protein L18  55.86 
 
 
120 aa  127  4e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0883  50S ribosomal protein L18  57.76 
 
 
121 aa  127  4e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.418113  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17341  50S ribosomal protein L18  62.5 
 
 
122 aa  127  6e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.837356  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3979  ribosomal protein L18  55.74 
 
 
122 aa  127  6e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2802  50S ribosomal protein L18  64.86 
 
 
117 aa  127  6e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.449731 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16631  50S ribosomal protein L18  57.85 
 
 
122 aa  127  7e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0731  ribosomal protein L18  56.03 
 
 
125 aa  127  7e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0717  50S ribosomal protein L18  56.76 
 
 
122 aa  126  8e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402618  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1970  50S ribosomal protein L18  54.47 
 
 
122 aa  125  1e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17251  50S ribosomal protein L18  60.42 
 
 
122 aa  126  1e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0607  50S ribosomal protein L18  59.46 
 
 
119 aa  125  1e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0513  50S ribosomal protein L18  58.18 
 
 
117 aa  126  1e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00333829  unclonable  1.49151e-11 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0381  ribosomal protein L18  50.83 
 
 
116 aa  126  1e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.958382  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0343  50S ribosomal protein L18  58.18 
 
 
117 aa  126  1e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0251755  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0301  50S ribosomal protein L18  57.66 
 
 
119 aa  126  1e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.525651 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0774  ribosomal protein L18  55.86 
 
 
122 aa  125  1e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  2.6259e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2574  50S ribosomal protein L18  60 
 
 
120 aa  125  2e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1508  50S ribosomal protein L18  61.26 
 
 
121 aa  125  2e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.175326  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0706  50S ribosomal protein L18  53.51 
 
 
120 aa  125  2e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  5.04342e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2302  50S ribosomal protein L18  54.92 
 
 
119 aa  124  3e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0220849  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1242  50S ribosomal protein L18P  55.65 
 
 
124 aa  125  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0425166  hitchhiker  0.0030984 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2261  50S ribosomal protein L18  54.92 
 
 
119 aa  124  3e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00249191  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17501  50S ribosomal protein L18  60.42 
 
 
122 aa  124  4e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1168  ribosomal protein L18  63.83 
 
 
113 aa  124  5e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.257071  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5771  ribosomal protein L18  58.41 
 
 
117 aa  124  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.74936  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1731  50S ribosomal protein L18  57.66 
 
 
119 aa  124  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00463126  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0377  50S ribosomal protein L18  57.66 
 
 
119 aa  124  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.492357  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0775  50S ribosomal protein L18  61.26 
 
 
119 aa  124  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.292736  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23181  50S ribosomal protein L18  61.46 
 
 
122 aa  124  6e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2919  50S ribosomal protein L18P  56.9 
 
 
122 aa  124  6e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000202022  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0361  50S ribosomal protein L18  59.43 
 
 
122 aa  123  1e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0731775  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0231  50S ribosomal protein L18  60 
 
 
122 aa  122  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00019392  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2518  50S ribosomal protein L18  57.66 
 
 
119 aa  123  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4359  ribosomal protein L18  57.39 
 
 
117 aa  122  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  2.57389e-05  normal  0.0751525 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0302  50S ribosomal protein L18  61.05 
 
 
122 aa  122  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  2.1695e-07  normal  0.152998 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>