More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2241 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  79.62 
 
 		 519 aa  791    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  100 
 
 		 524 aa  1055    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.38 
 
 		 442 aa  209  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  29.38 
 
 		 436 aa  187  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  28.64 
 
 		 445 aa  184  4.0000000000000006e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  28.54 
 
 		 436 aa  183  7e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.71 
 
 		 456 aa  183  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.35 
 
 		 441 aa  182  9.000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.83 
 
 		 450 aa  179  8e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.25 
 
 		 457 aa  177  6e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  28.47 
 
 		 440 aa  176  9e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.72 
 
 		 450 aa  176  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  28.6 
 
 		 469 aa  170  5e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  27.76 
 
 		 425 aa  167  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  27.67 
 
 		 423 aa  166  9e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0790  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.96 
 
 		 440 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000109355  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.3 
 
 		 445 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  25.17 
 
 		 437 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  28.04 
 
 		 471 aa  162  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.17 
 
 		 475 aa  162  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.5 
 
 		 472 aa  160  5e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  28.7 
 
 		 469 aa  160  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.76 
 
 		 451 aa  159  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.51 
 
 		 471 aa  158  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.31 
 
 		 470 aa  156  7e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.48 
 
 		 636 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.39 
 
 		 501 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.71 
 
 		 471 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.17 
 
 		 471 aa  154  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.17 
 
 		 471 aa  154  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.06 
 
 		 470 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.18 
 
 		 444 aa  152  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.22 
 
 		 466 aa  152  2e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  31.26 
 
 		 430 aa  150  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.03 
 
 		 452 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0784  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.95 
 
 		 491 aa  149  9e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.9 
 
 		 484 aa  149  9e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.03 
 
 		 452 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.83 
 
 		 473 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0858  hypothetical protein  27.15 
 
 		 574 aa  149  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.24 
 
 		 450 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.44 
 
 		 468 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.83 
 
 		 473 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.83 
 
 		 472 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.03 
 
 		 452 aa  148  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0889  hypothetical protein  27.15 
 
 		 574 aa  147  4.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.39 
 
 		 472 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.93 
 
 		 471 aa  144  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.12 
 
 		 609 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.15 
 
 		 472 aa  144  4e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.49 
 
 		 522 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.27 
 
 		 457 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.76 
 
 		 607 aa  141  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.21 
 
 		 431 aa  140  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.88 
 
 		 450 aa  140  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.78 
 
 		 452 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.6 
 
 		 658 aa  139  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.49 
 
 		 566 aa  139  1e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.76 
 
 		 484 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  27.89 
 
 		 559 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.54 
 
 		 456 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.83 
 
 		 487 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.95 
 
 		 460 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.14 
 
 		 463 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  29.26 
 
 		 461 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  29.68 
 
 		 492 aa  125  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0634  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.71 
 
 		 467 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000541353  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.61 
 
 		 518 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0010  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.91 
 
 		 443 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444301  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  30.56 
 
 		 490 aa  124  4e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.16 
 
 		 633 aa  124  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.48 
 
 		 472 aa  123  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.96 
 
 		 464 aa  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0580  putative outer membrane transport protein  27.48 
 
 		 451 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.7 
 
 		 489 aa  120  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.3 
 
 		 472 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.5 
 
 		 463 aa  118  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.96 
 
 		 464 aa  117  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.9 
 
 		 472 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  28.77 
 
 		 469 aa  117  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  28.11 
 
 		 472 aa  117  6.9999999999999995e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.06 
 
 		 450 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.9 
 
 		 472 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.19 
 
 		 488 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.19 
 
 		 497 aa  114  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.5 
 
 		 483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.13 
 
 		 462 aa  112  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.94 
 
 		 451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.97 
 
 		 456 aa  111  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.04 
 
 		 475 aa  111  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  28.19 
 
 		 438 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.02 
 
 		 538 aa  109  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.75 
 
 		 488 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.21 
 
 		 455 aa  108  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.11 
 
 		 463 aa  105  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.36 
 
 		 553 aa  103  8e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.06 
 
 		 476 aa  101  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  30 
 
 		 497 aa  101  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  29.73 
 
 		 452 aa  100  6e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  29.13 
 
 		 456 aa  100  7e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>