More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2169 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  100 
 
 
812 aa  1646    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  51.49 
 
 
931 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  51.49 
 
 
980 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  50.3 
 
 
936 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.27 
 
 
751 aa  303  6.000000000000001e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.67 
 
 
749 aa  300  6e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.51 
 
 
758 aa  288  4e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.2 
 
 
775 aa  276  7e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  33.66 
 
 
762 aa  275  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  32.47 
 
 
776 aa  275  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
746 aa  274  5.000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
760 aa  272  2e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
760 aa  272  2e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
758 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.35 
 
 
755 aa  272  2e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  33.73 
 
 
745 aa  268  4e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 
769 aa  268  4e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  33.27 
 
 
783 aa  265  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.81 
 
 
779 aa  265  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.06 
 
 
1013 aa  264  4.999999999999999e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  32.89 
 
 
625 aa  264  6e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 
762 aa  263  6.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.76 
 
 
751 aa  263  8e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  33.08 
 
 
844 aa  263  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.35 
 
 
751 aa  263  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 
771 aa  262  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 
762 aa  261  3e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  32.4 
 
 
772 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.36 
 
 
775 aa  261  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.22 
 
 
847 aa  261  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  33.27 
 
 
852 aa  260  6e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.78 
 
 
760 aa  260  8e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 
757 aa  259  1e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.4 
 
 
745 aa  259  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.52 
 
 
1002 aa  259  2e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 
765 aa  256  2.0000000000000002e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  35.61 
 
 
798 aa  255  2.0000000000000002e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  32.31 
 
 
732 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 
775 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  33.46 
 
 
847 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  30.18 
 
 
752 aa  254  5.000000000000001e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  33.46 
 
 
847 aa  253  7e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  34.92 
 
 
755 aa  252  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  32.25 
 
 
731 aa  251  4e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  37.55 
 
 
738 aa  250  9e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  31.81 
 
 
722 aa  249  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.99 
 
 
849 aa  249  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.37 
 
 
769 aa  249  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  32.67 
 
 
745 aa  248  3e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.84 
 
 
791 aa  248  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.78 
 
 
746 aa  248  3e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.56 
 
 
774 aa  248  3e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  35.34 
 
 
770 aa  248  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
743 aa  247  4.9999999999999997e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 
864 aa  247  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  33.14 
 
 
993 aa  247  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.98 
 
 
743 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  34.41 
 
 
759 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.01 
 
 
759 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  32.36 
 
 
856 aa  244  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  31.02 
 
 
732 aa  244  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  33.51 
 
 
723 aa  244  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  42.54 
 
 
743 aa  243  9e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.89 
 
 
1002 aa  243  1e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  32.87 
 
 
842 aa  243  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.69 
 
 
1002 aa  242  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.91 
 
 
783 aa  242  2e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  32.52 
 
 
855 aa  238  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 
756 aa  237  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.79 
 
 
879 aa  236  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  32.7 
 
 
1003 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  34.98 
 
 
760 aa  232  2e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  30.1 
 
 
846 aa  229  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  35.35 
 
 
772 aa  229  2e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0764  GGDEF domain-containing protein  41.88 
 
 
905 aa  227  6e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  33.06 
 
 
728 aa  226  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.6 
 
 
799 aa  225  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
874 aa  224  4e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.27 
 
 
875 aa  224  7e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4625  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.66 
 
 
915 aa  224  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  33.27 
 
 
895 aa  223  9e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.35 
 
 
1055 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.552774  normal  0.0127558 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4644  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.97 
 
 
904 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.374969  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2774  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
954 aa  221  5e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.158121  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 
748 aa  220  7e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
871 aa  220  8.999999999999998e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  31.07 
 
 
755 aa  219  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3001  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.94 
 
 
954 aa  219  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.140152 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.37 
 
 
950 aa  219  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.491225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.86 
 
 
748 aa  217  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  29.08 
 
 
844 aa  216  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 
721 aa  214  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0886  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.32 
 
 
685 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.51 
 
 
960 aa  213  9e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0967779  normal  0.228544 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3867  diguanylate cyclase  42.52 
 
 
700 aa  213  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.200227 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
709 aa  213  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  33.96 
 
 
689 aa  212  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.83 
 
 
716 aa  212  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.398035  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  30.94 
 
 
728 aa  211  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0947  diguanylate cyclase  41.16 
 
 
714 aa  211  6e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.903588  normal  0.0137275 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>