More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2148 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
655 aa  1328    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.87 
 
 
743 aa  689    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  65.2 
 
 
812 aa  821    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.1 
 
 
673 aa  437  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.44 
 
 
632 aa  423  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.06 
 
 
936 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.24 
 
 
1076 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.24 
 
 
1053 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.54 
 
 
1193 aa  393  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.3 
 
 
926 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.42 
 
 
1105 aa  392  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  52.99 
 
 
490 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  51.24 
 
 
529 aa  389  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.95 
 
 
926 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.58 
 
 
810 aa  373  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  52.04 
 
 
933 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  49.49 
 
 
936 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  41 
 
 
1050 aa  369  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.85 
 
 
789 aa  368  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.85 
 
 
789 aa  368  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.15 
 
 
789 aa  365  2e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0586  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.76 
 
 
913 aa  364  3e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415477  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.32 
 
 
1106 aa  362  2e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 
740 aa  360  5e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  32.53 
 
 
1005 aa  357  3.9999999999999996e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4235  sensor histidine kinase  47.63 
 
 
754 aa  355  1e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507157  normal  0.848747 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0366  GAF sensor hybrid histidine kinase  48.97 
 
 
618 aa  353  4e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425505  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  50.51 
 
 
571 aa  353  5.9999999999999994e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.05 
 
 
781 aa  351  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.81 
 
 
807 aa  351  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.88 
 
 
741 aa  352  2e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 
727 aa  352  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  46.46 
 
 
1036 aa  348  2e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.72 
 
 
727 aa  347  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4234  sensor histidine kinase  47.39 
 
 
761 aa  346  7e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  48.11 
 
 
726 aa  346  8.999999999999999e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0119  sensor histidine kinase with PAS/PAC  39.85 
 
 
909 aa  345  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.94 
 
 
782 aa  344  2.9999999999999997e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  38.63 
 
 
733 aa  343  4e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 
966 aa  343  5.999999999999999e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.91 
 
 
815 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.14 
 
 
657 aa  341  2.9999999999999998e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.9 
 
 
905 aa  341  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.81 
 
 
668 aa  340  4e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 
941 aa  339  9e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.19 
 
 
1036 aa  339  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.48 
 
 
807 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.06 
 
 
812 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  39.55 
 
 
1065 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 
853 aa  337  5e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.23 
 
 
1215 aa  336  7e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.44 
 
 
1260 aa  336  7.999999999999999e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.12 
 
 
1646 aa  335  1e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.59 
 
 
859 aa  335  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.51 
 
 
827 aa  334  3e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.59 
 
 
1079 aa  334  3e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.45 
 
 
1092 aa  334  4e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.42 
 
 
1631 aa  334  4e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  46.37 
 
 
1651 aa  333  5e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  46.04 
 
 
646 aa  333  6e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  38.45 
 
 
1086 aa  333  8e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
962 aa  333  9e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0035  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.75 
 
 
921 aa  333  9e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233169  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.47 
 
 
1260 aa  332  1e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.91 
 
 
1065 aa  332  1e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 
953 aa  331  2e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.29 
 
 
889 aa  331  3e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.46 
 
 
999 aa  330  4e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.8 
 
 
734 aa  330  5.0000000000000004e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  39.29 
 
 
939 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.78 
 
 
732 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.09 
 
 
814 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  45.37 
 
 
646 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  44.53 
 
 
573 aa  327  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.85 
 
 
1086 aa  327  6e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  48.2 
 
 
762 aa  327  6e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.28 
 
 
818 aa  326  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  45.22 
 
 
676 aa  326  8.000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.51 
 
 
949 aa  326  9e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.98 
 
 
1067 aa  325  1e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.48 
 
 
1050 aa  326  1e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.85 
 
 
1132 aa  326  1e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.1 
 
 
625 aa  325  2e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  46.04 
 
 
611 aa  324  3e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  45.74 
 
 
676 aa  324  3e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  46.92 
 
 
556 aa  324  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  48.2 
 
 
416 aa  324  3e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  46.04 
 
 
611 aa  324  3e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  46.04 
 
 
611 aa  324  3e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.07 
 
 
548 aa  323  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  39.22 
 
 
949 aa  323  5e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 
662 aa  323  5e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.46 
 
 
589 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  45.78 
 
 
611 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  45.78 
 
 
611 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  38.59 
 
 
749 aa  322  9.999999999999999e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.87 
 
 
916 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.48 
 
 
1089 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.57 
 
 
661 aa  322  9.999999999999999e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  45.78 
 
 
611 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>