More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2100 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
328 aa  659    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  88.41 
 
 
328 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  80.67 
 
 
328 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  85.67 
 
 
328 aa  534  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  76.22 
 
 
327 aa  504  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  74.7 
 
 
326 aa  474  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.65 
 
 
327 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.17 
 
 
325 aa  462  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.07 
 
 
327 aa  449  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.58 
 
 
327 aa  442  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.28 
 
 
327 aa  442  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.16 
 
 
329 aa  430  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.5 
 
 
328 aa  412  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.74 
 
 
330 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.12 
 
 
328 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.82 
 
 
325 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.04 
 
 
329 aa  281  9e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.45 
 
 
326 aa  280  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  47.24 
 
 
326 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.16 
 
 
323 aa  275  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  48.16 
 
 
323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.16 
 
 
323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  48.16 
 
 
323 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.93 
 
 
326 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.26 
 
 
323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.95 
 
 
323 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  47.85 
 
 
323 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  47.85 
 
 
323 aa  272  7e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.63 
 
 
323 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  47.55 
 
 
323 aa  270  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.32 
 
 
323 aa  270  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.34 
 
 
323 aa  268  8e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.34 
 
 
323 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.34 
 
 
323 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.28 
 
 
327 aa  263  3e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.04 
 
 
327 aa  263  3e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.01 
 
 
326 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.96 
 
 
314 aa  258  9e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.12 
 
 
332 aa  251  9.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 
332 aa  251  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.06 
 
 
324 aa  250  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  42.51 
 
 
332 aa  249  4e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.59 
 
 
316 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.59 
 
 
316 aa  248  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.59 
 
 
316 aa  248  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.28 
 
 
316 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.28 
 
 
316 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.37 
 
 
323 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  39.69 
 
 
315 aa  247  2e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.55 
 
 
351 aa  246  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.83 
 
 
348 aa  238  9e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  41.93 
 
 
321 aa  237  3e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  41.93 
 
 
321 aa  237  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.03 
 
 
325 aa  235  6e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.56 
 
 
315 aa  232  7.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.55 
 
 
342 aa  232  8.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.77 
 
 
319 aa  231  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.94 
 
 
356 aa  230  2e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  43.45 
 
 
321 aa  222  6e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.03 
 
 
339 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.5 
 
 
341 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  36.68 
 
 
316 aa  208  1e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.53 
 
 
339 aa  190  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  34.76 
 
 
347 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  35.95 
 
 
318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.64 
 
 
311 aa  166  6.9999999999999995e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 
325 aa  155  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  31.58 
 
 
328 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  31.48 
 
 
359 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  34.98 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  30.66 
 
 
635 aa  145  7.0000000000000006e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.19 
 
 
316 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.98 
 
 
306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 
305 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.07 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
320 aa  79  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1676  UDP-galactose 4-epimerase  28.85 
 
 
329 aa  73.6  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240695 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 
319 aa  71.6  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.45 
 
 
328 aa  70.5  0.00000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  32.6 
 
 
329 aa  68.6  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  32.24 
 
 
303 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.25 
 
 
357 aa  67  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.968442 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.76 
 
 
325 aa  67  0.0000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
308 aa  66.6  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0248885  hitchhiker  0.0015787 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3672  UDP-glucose 4-epimerase  29.44 
 
 
328 aa  65.9  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0118315 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1807  UDP-glucose 4-epimerase  29.38 
 
 
324 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
328 aa  64.7  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.321568  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1089  UDP-glucose 4-epimerase  29.51 
 
 
323 aa  64.3  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.84 
 
 
334 aa  64.3  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.16038  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.1 
 
 
303 aa  63.2  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.35 
 
 
316 aa  63.2  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 
317 aa  63.2  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3768  UDP-glucose 4-epimerase  35.45 
 
 
329 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160561 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.84 
 
 
322 aa  62.4  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1235  epimerase/reductase, putative  24.76 
 
 
318 aa  62  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.17 
 
 
327 aa  62.4  0.00000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.36 
 
 
330 aa  61.6  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
303 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0867  UDP-galactose 4-epimerase  28.65 
 
 
329 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.640943  normal  0.227397 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 
325 aa  60.8  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>