More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2082 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2082  inner-membrane translocator  100 
 
 		 289 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.936766  normal  0.326487 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3304  inner-membrane translocator  70.24 
 
 		 289 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5339  inner-membrane translocator  71.28 
 
 		 289 aa  396  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  normal  0.967769 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4852  inner-membrane translocator  70.93 
 
 		 289 aa  389  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.97222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1967  inner-membrane translocator  70.93 
 
 		 289 aa  378  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.207347  normal  0.0517862 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3836  inner-membrane translocator  63.32 
 
 		 289 aa  345  6e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2164  inner-membrane translocator  59.52 
 
 		 289 aa  329  3e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3768  inner-membrane translocator  45.1 
 
 		 291 aa  219  5e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.179629 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3367  inner-membrane translocator  45.1 
 
 		 291 aa  206  4e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4061  inner-membrane translocator  43.51 
 
 		 291 aa  192  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3707  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.4 
 
 		 291 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0914  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1837  inner-membrane translocator  38.14 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000968352  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0356  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  40.35 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3520  inner-membrane translocator  40.54 
 
 		 291 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4054  inner-membrane translocator  38.67 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1163  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 290 aa  170  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0611  inner-membrane translocator  39.16 
 
 		 304 aa  169  6e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1797  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 290 aa  168  8e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.160989 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 294 aa  168  8e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2180  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  38.49 
 
 		 277 aa  167  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0298  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 290 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.474045  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.78 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.45 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 290 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.15 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1698  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 292 aa  155  8e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0299512  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  34.32 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 291 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1769  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 292 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.125196  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  34.24 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 292 aa  153  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1683  inner-membrane translocator  34.98 
 
 		 294 aa  152  4e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00416283  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 293 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.24 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  34.98 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 338 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0290  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 291 aa  149  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 603 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 290 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 603 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 603 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.14 
 
 		 603 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.63 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  31.63 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.95 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  33.12 
 
 		 309 aa  146  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 603 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.63 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  36.01 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.76 
 
 		 293 aa  145  5e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1212  inner-membrane translocator  34.09 
 
 		 316 aa  145  6e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273488  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.31 
 
 		 316 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 290 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4415  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.550314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  35.15 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  31.69 
 
 		 294 aa  142  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  32.43 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 316 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.15 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2272  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 291 aa  142  7e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.711778 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 290 aa  142  9e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 286 aa  142  9e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.95 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1943  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0399  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.26 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.615306  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0534  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000179103 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  32.35 
 
 		 309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.75 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  30.98 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.31 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>