More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2074 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  100 
 
 		 598 aa  1194    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  28.32 
 
 		 545 aa  152  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  34.58 
 
 		 488 aa  151  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  31.14 
 
 		 553 aa  151  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  35.83 
 
 		 487 aa  150  6e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  33.76 
 
 		 572 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  34.63 
 
 		 437 aa  147  8.000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  34.41 
 
 		 529 aa  143  8e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  33.5 
 
 		 573 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  33.85 
 
 		 577 aa  143  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  29.23 
 
 		 470 aa  139  2e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  30.2 
 
 		 459 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  28.03 
 
 		 459 aa  129  2.0000000000000002e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  31.53 
 
 		 489 aa  128  3e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  34.95 
 
 		 520 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  29.73 
 
 		 494 aa  126  9e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.38 
 
 		 472 aa  126  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  30.75 
 
 		 494 aa  125  2e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  31.25 
 
 		 451 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  26.33 
 
 		 552 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  32.72 
 
 		 535 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  31.83 
 
 		 556 aa  120  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  29.13 
 
 		 494 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  29.13 
 
 		 494 aa  118  3e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  30.23 
 
 		 715 aa  118  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  30.42 
 
 		 506 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  31.14 
 
 		 503 aa  117  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  30.35 
 
 		 518 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  27.86 
 
 		 461 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  27.65 
 
 		 488 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.35 
 
 		 558 aa  114  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  29.82 
 
 		 506 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  29.34 
 
 		 501 aa  113  9e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  29.13 
 
 		 488 aa  113  9e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.91 
 
 		 472 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  29.82 
 
 		 506 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  28.04 
 
 		 473 aa  110  6e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.2 
 
 		 485 aa  110  6e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  34.48 
 
 		 564 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  32.08 
 
 		 554 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  26.15 
 
 		 425 aa  109  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  30.72 
 
 		 472 aa  109  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  30.29 
 
 		 452 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  29.64 
 
 		 473 aa  109  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  29.77 
 
 		 501 aa  109  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  32.7 
 
 		 520 aa  108  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  31.92 
 
 		 563 aa  108  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.48 
 
 		 548 aa  108  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  29.55 
 
 		 502 aa  107  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.27 
 
 		 441 aa  107  4e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.71 
 
 		 567 aa  107  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  31.92 
 
 		 618 aa  107  5e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.53 
 
 		 567 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  34.41 
 
 		 512 aa  107  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  31.9 
 
 		 557 aa  107  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  32.08 
 
 		 557 aa  107  6e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.74 
 
 		 528 aa  107  9e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.32 
 
 		 569 aa  107  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  29.91 
 
 		 474 aa  106  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  27.9 
 
 		 675 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.98 
 
 		 441 aa  106  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  30.06 
 
 		 524 aa  105  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.38 
 
 		 527 aa  105  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  31.45 
 
 		 534 aa  105  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0968  Radical SAM domain protein  27.66 
 
 		 630 aa  104  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  30.63 
 
 		 472 aa  103  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  30 
 
 		 472 aa  103  9e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  26.7 
 
 		 533 aa  103  9e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  29.76 
 
 		 456 aa  103  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.98 
 
 		 580 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.47 
 
 		 484 aa  102  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  31.02 
 
 		 444 aa  101  3e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  25.8 
 
 		 471 aa  101  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  29.31 
 
 		 547 aa  100  8e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.39 
 
 		 520 aa  99.8  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  29.41 
 
 		 548 aa  99.8  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.75 
 
 		 565 aa  98.6  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  29.71 
 
 		 620 aa  98.6  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  28.77 
 
 		 484 aa  97.1  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  29.96 
 
 		 450 aa  97.1  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 		 484 aa  97.1  8e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 521 aa  97.1  9e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.33 
 
 		 600 aa  96.7  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  30.14 
 
 		 631 aa  96.3  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  27.84 
 
 		 513 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  27.73 
 
 		 461 aa  95.5  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2203  cobalamin B12-binding domain protein  29.03 
 
 		 475 aa  95.1  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.55 
 
 		 547 aa  95.1  3e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  25.24 
 
 		 723 aa  95.1  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.21 
 
 		 674 aa  95.5  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  34.48 
 
 		 564 aa  94  7e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  28.24 
 
 		 460 aa  94  7e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.94 
 
 		 677 aa  93.2  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.89 
 
 		 516 aa  93.2  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0558  radical SAM domain-containing protein  30.55 
 
 		 430 aa  93.6  1e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.236601  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.92 
 
 		 681 aa  93.2  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  26.06 
 
 		 468 aa  93.2  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  29.85 
 
 		 459 aa  92  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.32 
 
 		 546 aa  91.3  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  31.67 
 
 		 468 aa  91.7  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>