More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2030 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2664  fumarate hydratase, class II  69.5 
 
 		 472 aa  648    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613599  normal  0.60037 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2891  fumarate hydratase, class II  69.28 
 
 		 472 aa  646    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0192  fumarate hydratase  68.61 
 
 		 463 aa  643    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0174  fumarate hydratase  68.47 
 
 		 478 aa  642    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000137978  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6106  fumarate hydratase  78.91 
 
 		 474 aa  759    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2445  fumarate hydratase  69.06 
 
 		 466 aa  647    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.890321  normal  0.353648 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2353  fumarate hydratase  81.96 
 
 		 469 aa  783    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.499046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1667  fumarate hydratase  70.93 
 
 		 462 aa  662    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0452593 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1576  fumarate hydratase  70.35 
 
 		 482 aa  661    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0866386  normal  0.827447 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3367  fumarate hydratase  68.17 
 
 		 463 aa  639    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.328502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1095  fumarate hydratase, class II  69.03 
 
 		 469 aa  635    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0144003 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4014  fumarate hydratase  89.24 
 
 		 475 aa  856    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4521  fumarate hydratase, class II  67.96 
 
 		 469 aa  636    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2016  fumarate hydratase  69.91 
 
 		 463 aa  644    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2030  fumarate hydratase  100 
 
 		 472 aa  969    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2237  fumarate hydratase  69.48 
 
 		 463 aa  641    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.416397 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3271  fumarate hydratase  82.84 
 
 		 472 aa  774    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.126919  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3360  fumarate hydratase  94.49 
 
 		 472 aa  867    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0876882  normal  0.0135144 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2732  fumarate hydratase  83.7 
 
 		 471 aa  779    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0355  fumarate hydratase  71.52 
 
 		 463 aa  666    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0771995  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3022  fumarate hydratase  68.4 
 
 		 463 aa  636    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2786  fumarate hydratase, class II  68.85 
 
 		 472 aa  632  1e-180  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.347801 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0695  fumarate hydratase, class II  68.6 
 
 		 469 aa  633  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0283  fumarate hydratase, class II  68.85 
 
 		 468 aa  626  1e-178  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.136542 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2077  fumarate hydratase  69.26 
 
 		 463 aa  624  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1908  fumarate hydratase  66.45 
 
 		 465 aa  623  1e-177  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.856676  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2394  fumarate hydratase  65.37 
 
 		 462 aa  615  1e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.344054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2334  fumarate hydratase  65.64 
 
 		 465 aa  616  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00667023  normal  0.148736 
 
 
-
 
NC_002978  WD0492  fumarate hydratase  63.32 
 
 		 464 aa  614  9.999999999999999e-175  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.212311  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3242  fumarate hydratase, class II  64.92 
 
 		 465 aa  612  9.999999999999999e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2138  fumarate hydratase  64.94 
 
 		 464 aa  610  1e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273045  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1452  fumarate hydratase  64.49 
 
 		 465 aa  610  1e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.315875 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0721  fumarate hydratase  64.72 
 
 		 464 aa  610  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0637  fumarate hydratase  63.1 
 
 		 461 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.536555  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0812  fumarate hydratase  65.15 
 
 		 464 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.661312 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0376  fumarate hydratase  63.32 
 
 		 461 aa  599  1e-170  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2046  fumarase  65.94 
 
 		 464 aa  598  1e-170  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.687279 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_74587  Fumarase converts fumaric acid to L-malic acid in the TCA cycle  63.99 
 
 		 492 aa  597  1e-169  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.595402 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85745  fumarase  62.83 
 
 		 463 aa  594  1e-168  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1238  fumarate hydratase  62.2 
 
 		 459 aa  590  1e-167  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1197  fumarate hydratase  62.2 
 
 		 459 aa  588  1e-167  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2715  fumarate hydratase  67.32 
 
 		 464 aa  586  1e-166  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.554775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1174  fumarate hydratase  62.31 
 
 		 462 aa  587  1e-166  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.715277  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2515  fumarate hydratase  63.54 
 
 		 464 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324013  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2826  fumarate hydratase  63.54 
 
 		 464 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.841054  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2886  fumarate hydratase  63.89 
 
 		 631 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205063  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0493  fumarate hydratase  63.54 
 
 		 464 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2940  fumarate hydratase  63.54 
 
 		 464 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00014001  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0889  fumarate hydratase  63.54 
 
 		 464 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.445127  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0966  fumarate hydratase  64.55 
 
 		 464 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.399399  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0259  fumarate hydratase  63.54 
 
 		 464 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389024  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0970  fumarate hydratase  64.11 
 
 		 464 aa  581  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4203  fumarate hydratase  63.68 
 
 		 464 aa  580  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1685  fumarate hydratase  62.88 
 
 		 464 aa  578  1e-164  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0611  fumarate hydratase  63.89 
 
 		 464 aa  579  1e-164  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91536  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1049  fumarate hydratase  63.89 
 
 		 464 aa  579  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.994408  normal  0.827821 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1090  fumarate hydratase  63.89 
 
 		 464 aa  579  1e-164  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.316185  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC01700  fumarate hydratase, putative  62.61 
 
 		 510 aa  575  1.0000000000000001e-163  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1696  fumarate hydratase  65.65 
 
 		 458 aa  575  1.0000000000000001e-163  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397787  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3005  fumarate hydratase  60.82 
 
 		 464 aa  573  1.0000000000000001e-162  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2866  fumarate hydratase  60.82 
 
 		 463 aa  572  1.0000000000000001e-162  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2731  fumarate hydratase, class II  61.39 
 
 		 471 aa  572  1.0000000000000001e-162  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.799595  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2471  fumarate hydratase  62.45 
 
 		 462 aa  571  1e-161  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0795  fumarate hydratase  61.93 
 
 		 466 aa  570  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00749677  normal  0.0712325 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08707  fumarate hydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G02470)  60.95 
 
 		 544 aa  567  1e-160  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1686  fumarate hydratase  60 
 
 		 467 aa  567  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.569967  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2213  fumarate hydratase  63.97 
 
 		 464 aa  568  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.620267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1637  fumarate hydratase  59.74 
 
 		 467 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.799774 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1578  fumarate hydratase  59.74 
 
 		 467 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.952 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1568  fumarate hydratase  59.74 
 
 		 467 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.366448  normal  0.0865298 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3201  fumarate hydratase, class II  61.79 
 
 		 464 aa  563  1.0000000000000001e-159  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1705  fumarate hydratase  59.74 
 
 		 467 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0627343  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1657  fumarate hydratase  60.43 
 
 		 467 aa  564  1.0000000000000001e-159  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000112707  normal  0.675256 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2279  fumarate hydratase  59.57 
 
 		 465 aa  561  1.0000000000000001e-159  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1874  fumarate hydratase  59.74 
 
 		 467 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2918  fumarate hydratase, class II  61.57 
 
 		 464 aa  562  1.0000000000000001e-159  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2040  fumarate hydratase  59.57 
 
 		 465 aa  559  1e-158  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4127  fumarate hydratase  61.62 
 
 		 461 aa  559  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.221641 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4239  fumarate hydratase  61.62 
 
 		 461 aa  559  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2341  fumarate hydratase  59.78 
 
 		 465 aa  558  1e-158  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1038  fumarate hydratase  63.26 
 
 		 466 aa  560  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.88915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1894  fumarate hydratase  60 
 
 		 467 aa  560  1e-158  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0017878  normal  0.186845 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1832  fumarate hydratase  60 
 
 		 464 aa  558  1e-158  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.87946  hitchhiker  0.00222416 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2947  fumarate hydratase  63.24 
 
 		 466 aa  558  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.271381  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2032  fumarate hydratase, class II  60 
 
 		 467 aa  556  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000761073  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2019  fumarate hydratase  60 
 
 		 467 aa  556  1e-157  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1279  fumarate hydratase  61.62 
 
 		 461 aa  557  1e-157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1818  fumarate hydratase  60 
 
 		 467 aa  556  1e-157  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0435049  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_46735  predicted protein  61.01 
 
 		 458 aa  557  1e-157  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.344273  normal  0.29017 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1796  fumarate hydratase  60 
 
 		 467 aa  556  1e-157  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.114122  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2320  fumarate hydratase  60 
 
 		 467 aa  556  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.109369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1102  fumarate hydratase  59.17 
 
 		 464 aa  555  1e-157  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.184674  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01580  fumarate hydratase  59.78 
 
 		 467 aa  553  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.191338  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1589  fumarate hydratase  59.78 
 
 		 467 aa  554  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.194502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01570  hypothetical protein  59.78 
 
 		 467 aa  553  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.24852  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5517  fumarate hydratase  61.77 
 
 		 468 aa  551  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.985388  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4795  fumarate hydratase, class II  62.72 
 
 		 464 aa  553  1e-156  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1975  fumarate hydratase  58.7 
 
 		 462 aa  554  1e-156  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00792207  normal  0.442313 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1328  fumarate hydratase  58.62 
 
 		 469 aa  553  1e-156  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  0.832729 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1901  fumarate hydratase  60.65 
 
 		 470 aa  554  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.687119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>