More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1961 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  80.83 
 
 		 246 aa  401  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  83.26 
 
 		 240 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  76.05 
 
 		 249 aa  347  7e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.81 
 
 		 240 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  65.52 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.52 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.81 
 
 		 251 aa  309  2e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  65.96 
 
 		 241 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  64.53 
 
 		 251 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6199  OmpR family two component response transcriptional regulator  56.65 
 
 		 255 aa  256  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  52.1 
 
 		 245 aa  254  1.0000000000000001e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  56.12 
 
 		 261 aa  252  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  52.1 
 
 		 245 aa  252  5.000000000000001e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3731  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.45 
 
 		 246 aa  251  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  53.45 
 
 		 236 aa  247  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  52.59 
 
 		 236 aa  246  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.79 
 
 		 239 aa  242  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  53.94 
 
 		 270 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  55.98 
 
 		 238 aa  241  9e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  50.64 
 
 		 237 aa  239  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5210  two component response regulator  51.67 
 
 		 241 aa  238  5e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.94 
 
 		 256 aa  238  6.999999999999999e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.64 
 
 		 239 aa  238  9e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  54.01 
 
 		 246 aa  237  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  54.01 
 
 		 246 aa  237  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.74 
 
 		 246 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  52.36 
 
 		 262 aa  236  3e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 241 aa  236  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.04 
 
 		 246 aa  235  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.11 
 
 		 275 aa  235  4e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  53.14 
 
 		 246 aa  235  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 241 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 243 aa  235  6e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  51.08 
 
 		 239 aa  235  6e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  51.71 
 
 		 240 aa  234  8e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  51.71 
 
 		 240 aa  234  8e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  53.16 
 
 		 246 aa  234  9e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  51.45 
 
 		 247 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  53.16 
 
 		 246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  53.16 
 
 		 246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  52.38 
 
 		 242 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  49.78 
 
 		 236 aa  233  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  51.9 
 
 		 246 aa  232  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  53.95 
 
 		 245 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  52.79 
 
 		 239 aa  232  3e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  51.48 
 
 		 246 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  51.49 
 
 		 246 aa  231  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.91 
 
 		 246 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  51.49 
 
 		 246 aa  231  9e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  51.49 
 
 		 246 aa  231  9e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4076  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.9 
 
 		 253 aa  231  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  52.38 
 
 		 261 aa  229  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  52.17 
 
 		 247 aa  229  3e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  51.9 
 
 		 245 aa  229  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  51.06 
 
 		 246 aa  228  5e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  49.37 
 
 		 245 aa  226  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.88 
 
 		 244 aa  226  3e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.710276 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 246 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.26 
 
 		 247 aa  224  8e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  51.56 
 
 		 259 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.23 
 
 		 236 aa  224  1e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  51.56 
 
 		 230 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  49.57 
 
 		 246 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3439  two component transcriptional regulator  52.77 
 
 		 239 aa  220  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  48.92 
 
 		 243 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.08 
 
 		 240 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1971  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 232 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.999465  normal  0.0504331 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 248 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 245 aa  218  5e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  45.15 
 
 		 241 aa  218  8.999999999999998e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  45.57 
 
 		 240 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  51.11 
 
 		 242 aa  217  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  46.69 
 
 		 241 aa  217  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 240 aa  216  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.17 
 
 		 245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  48.31 
 
 		 241 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 241 aa  214  7e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  48.28 
 
 		 248 aa  214  8e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  48.91 
 
 		 254 aa  214  8e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  48.91 
 
 		 254 aa  214  8e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3382  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 241 aa  214  9.999999999999999e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98781 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  49.78 
 
 		 244 aa  214  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  47.46 
 
 		 241 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  47.46 
 
 		 241 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  47.46 
 
 		 241 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  47.88 
 
 		 261 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2147  two component transcriptional regulator  51.68 
 
 		 235 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 241 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  47.83 
 
 		 239 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  48.31 
 
 		 241 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  47.83 
 
 		 239 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  47.03 
 
 		 241 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 241 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 241 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 241 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.03 
 
 		 239 aa  211  5.999999999999999e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  48.03 
 
 		 239 aa  211  5.999999999999999e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  48.03 
 
 		 239 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  48.03 
 
 		 239 aa  211  5.999999999999999e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>