59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1614 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  100 
 
 		 149 aa  301  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1625  cytochrome c, class II  82.55 
 
 		 149 aa  253  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4496  cytochrome c prime  73.83 
 
 		 149 aa  233  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1440  cytochrome c, class II  62.42 
 
 		 150 aa  194  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5606  cytochrome c, class II  55.73 
 
 		 149 aa  153  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  29.25 
 
 		 144 aa  89.7  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  34.25 
 
 		 146 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  35.37 
 
 		 146 aa  82  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  38.41 
 
 		 148 aa  80.9  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  39.02 
 
 		 157 aa  79.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1785  cytochrome c prime  33.77 
 
 		 151 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.849922  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  33.33 
 
 		 155 aa  62.8  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  31.88 
 
 		 146 aa  60.1  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4420  cytochrome c, class II  29.31 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  29.66 
 
 		 172 aa  54.7  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  27.13 
 
 		 153 aa  53.5  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  32.2 
 
 		 159 aa  53.5  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  29.61 
 
 		 149 aa  53.5  0.0000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  27.13 
 
 		 153 aa  52.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  30.52 
 
 		 155 aa  53.1  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  29.13 
 
 		 153 aa  51.2  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  28 
 
 		 149 aa  51.2  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  28 
 
 		 149 aa  51.2  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  31.53 
 
 		 149 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0850  cytochrome c prime  33.33 
 
 		 146 aa  49.7  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.990375 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  30.63 
 
 		 149 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  29.11 
 
 		 150 aa  50.1  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  30.63 
 
 		 149 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  31.48 
 
 		 149 aa  50.1  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  27.78 
 
 		 149 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  30.63 
 
 		 149 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  27.41 
 
 		 154 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  28.29 
 
 		 149 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  29.87 
 
 		 153 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  26.8 
 
 		 159 aa  47.8  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  31.01 
 
 		 151 aa  47.4  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  23.64 
 
 		 170 aa  47.4  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  25.32 
 
 		 149 aa  47.8  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1225  cytochrome c prime  26.62 
 
 		 155 aa  47  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.239177 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  33.04 
 
 		 153 aa  46.6  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  21.23 
 
 		 152 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2126  cytochrome c, class II  31.86 
 
 		 149 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  21.23 
 
 		 152 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0041  cytochrome c, class II  25.87 
 
 		 151 aa  45.8  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.417622  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  25 
 
 		 149 aa  45.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  31.06 
 
 		 151 aa  45.1  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  32.06 
 
 		 136 aa  44.7  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0474  cytochrome c'  30.97 
 
 		 149 aa  44.3  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  31.82 
 
 		 147 aa  43.9  0.0007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  27.68 
 
 		 150 aa  42.7  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  29.33 
 
 		 152 aa  42.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  22.15 
 
 		 151 aa  42.4  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  25.69 
 
 		 148 aa  42.4  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  28.35 
 
 		 153 aa  42  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  29.01 
 
 		 151 aa  41.6  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2868  cytochrome c  28.75 
 
 		 159 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4059  putative cytochrome c-like protein  26.61 
 
 		 197 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3783  putative cytochrome c-like protein  26.61 
 
 		 197 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.550568 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  28.45 
 
 		 151 aa  40.8  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>