More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1515 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1515  transcription elongation factor GreA  100 
 
 
174 aa  348  2e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1456  transcription elongation factor GreA  97.58 
 
 
165 aa  321  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4606  transcription elongation factor GreA  93.67 
 
 
158 aa  298  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.127343  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3836  transcription elongation factor GreA  94.3 
 
 
158 aa  296  8e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.722398 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2450  transcription elongation factor GreA  92.41 
 
 
158 aa  293  6e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.596907 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6800  transcription elongation factor GreA  90.51 
 
 
158 aa  292  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2876  transcription elongation factor GreA  91.77 
 
 
158 aa  292  2e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2751  transcription elongation factor GreA  73.08 
 
 
168 aa  244  5e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0868  transcription elongation factor GreA  70.7 
 
 
157 aa  228  4e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.639151  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2715  transcription elongation factor GreA  70.06 
 
 
158 aa  227  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1254  transcription elongation factor GreA  69.43 
 
 
158 aa  227  8e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.378894  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3127  transcription elongation factor GreA  68.79 
 
 
158 aa  226  9e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.59991  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2976  transcription elongation factor GreA  70.06 
 
 
158 aa  226  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174839  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0673  transcription elongation factor GreA  71.05 
 
 
152 aa  225  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.487901 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1660  transcription elongation factor GreA  67.95 
 
 
157 aa  218  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.985567  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2118  transcription elongation factor GreA  66.67 
 
 
157 aa  218  4e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0984  transcription elongation factor GreA  67.31 
 
 
157 aa  218  4e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.406423  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1023  transcription elongation factor GreA  66.03 
 
 
160 aa  217  6e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1218  transcription elongation factor GreA  66.03 
 
 
160 aa  217  7e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1089  transcription elongation factor GreA  66.03 
 
 
160 aa  217  7e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1454  transcription elongation factor GreA  65 
 
 
203 aa  216  2e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.267598  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4293  transcription elongation factor GreA  65.38 
 
 
157 aa  214  4e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_004310  BR1504  transcription elongation factor GreA  66.03 
 
 
157 aa  214  5e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893814  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2312  transcription elongation factor GreA  66.23 
 
 
152 aa  214  5e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.693473  hitchhiker  0.00295599 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0566  transcription elongation factor GreA  65.38 
 
 
179 aa  213  1e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0510993  normal  0.103581 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3400  transcription elongation factor GreA  66.03 
 
 
158 aa  211  5e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0549133  normal  0.0891208 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4421  transcription elongation factor GreA  64.74 
 
 
158 aa  209  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2139  transcription elongation factor GreA  62.18 
 
 
157 aa  205  3e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.194554 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2887  transcription elongation factor GreA  61.54 
 
 
157 aa  199  2e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0426  transcription elongation factor GreA  60.9 
 
 
156 aa  192  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3017  transcription elongation factor GreA  59.24 
 
 
157 aa  190  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2474  transcription elongation factor GreA  60.26 
 
 
156 aa  188  3e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  59.24 
 
 
171 aa  188  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1728  transcription elongation factor GreA  57.69 
 
 
166 aa  186  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2119  transcription elongation factor GreA  57.69 
 
 
166 aa  186  1e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.736032  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0423  transcription elongation factor GreA  59.62 
 
 
156 aa  186  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1776  transcription elongation factor GreA  59.62 
 
 
156 aa  186  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325664  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2209  transcription elongation factor GreA  57.69 
 
 
166 aa  186  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0498  transcription elongation factor GreA  60.9 
 
 
156 aa  184  4e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0910  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 
157 aa  182  1e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2073  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 
168 aa  182  2e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.383099 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3748  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 
156 aa  180  9e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3030  transcription elongation factor GreA  58.28 
 
 
152 aa  177  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.953757  decreased coverage  0.00490744 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  56.13 
 
 
158 aa  174  7e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  58.06 
 
 
158 aa  172  3e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0439  transcription elongation factor GreA  58.33 
 
 
158 aa  171  3e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.187063  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2229  transcription elongation factor GreA  58.33 
 
 
158 aa  171  7e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.570575  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  54.09 
 
 
159 aa  169  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0986  transcription elongation factor GreA  57.69 
 
 
158 aa  168  3e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589658  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1611  transcription elongation factor GreA  53.5 
 
 
158 aa  168  4e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.69568e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00085  transcription elongation factor GreA  57.24 
 
 
154 aa  167  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.428672  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  54.19 
 
 
158 aa  166  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0394  transcription elongation factor GreA  54.19 
 
 
158 aa  165  3e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.715679  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2677  transcription elongation factor GreA  56.77 
 
 
160 aa  164  4e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2549  transcription elongation factor GreA  56.77 
 
 
160 aa  164  4e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2523  transcription elongation factor GreA  52.23 
 
 
158 aa  164  7e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  1.82345e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0780  GreA/GreB family elongation factor  55.41 
 
 
158 aa  164  8e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000129967  hitchhiker  0.000100122 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1901  transcription elongation factor GreA  52.87 
 
 
158 aa  163  9e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00416559  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1865  transcription elongation factor GreA  52.23 
 
 
158 aa  163  1e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  1.82493e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2078  transcription elongation factor GreA  52.87 
 
 
158 aa  163  1e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  2.87405e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0453  transcription elongation factor GreA  54.25 
 
 
158 aa  162  2e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0808  transcription elongation factor GreA  50.97 
 
 
159 aa  162  2e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.350185  normal  0.0132742 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2307  transcription elongation factor GreA  52.87 
 
 
158 aa  162  2e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1277  transcription elongation factor GreA  52.87 
 
 
158 aa  162  2e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000293441  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2571  transcription elongation factor GreA  52.53 
 
 
158 aa  162  2e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  4.33551e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1774  transcription elongation factor GreA  54.84 
 
 
158 aa  162  3e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.110279  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1813  transcription elongation factor GreA  53.55 
 
 
158 aa  161  4e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00359574  normal  0.0174151 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1775  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 
159 aa  161  4e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.08338e-13  normal  0.0541245 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0638  transcription elongation factor GreA  57.86 
 
 
158 aa  161  5e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0940  transcription elongation factor GreA  54.55 
 
 
172 aa  161  5e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0788  transcription elongation factor GreA  57.86 
 
 
158 aa  161  5e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0480  GreA/GreB family elongation factor  55.19 
 
 
158 aa  160  7e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0337518  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  55.13 
 
 
158 aa  160  7e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4207  transcription elongation factor GreA  54.14 
 
 
169 aa  160  8e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.388023  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  52.87 
 
 
158 aa  160  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3084  GreA/GreB family elongation factor  54.84 
 
 
158 aa  160  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3457  transcription elongation factor GreA  51.95 
 
 
158 aa  159  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.880997  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  49.37 
 
 
158 aa  158  4e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4033  transcription elongation factor GreA  52.9 
 
 
158 aa  158  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  3.15443e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2727  GreA/GreB family elongation factor  55.19 
 
 
160 aa  157  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.148274  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  50.32 
 
 
158 aa  156  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1733  transcription elongation factor GreA  54.14 
 
 
158 aa  155  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.669906  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2866  transcription elongation factor GreA  54.55 
 
 
158 aa  155  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0891965  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1429  transcription elongation factor GreA  50.65 
 
 
159 aa  155  2e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  50.32 
 
 
158 aa  155  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4930  transcription elongation factor GreA  53.9 
 
 
158 aa  155  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.41417 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002600  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 
157 aa  155  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000901215  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1369  transcription elongation factor  50.65 
 
 
173 aa  154  4e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0830842  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1469  transcription elongation factor GreA  53.9 
 
 
158 aa  155  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2389  transcription elongation factor GreA  53.9 
 
 
158 aa  155  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.643877  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  52.56 
 
 
159 aa  154  4e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0327  transcription elongation factor GreA  50.33 
 
 
161 aa  154  5e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03407  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 
157 aa  154  5e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1258  transcription elongation factor GreA  52.53 
 
 
176 aa  154  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0875  transcription elongation factor GreA  53.9 
 
 
158 aa  154  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73287  normal  0.0631013 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  49.68 
 
 
158 aa  154  7e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  49.04 
 
 
158 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  49.04 
 
 
158 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  6.7905e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  49.04 
 
 
158 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  49.04 
 
 
158 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>