More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1488 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1488  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
280 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106569  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
306 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17867  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33405  hitchhiker  0.000710194 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0692  ABC taurine transporter, inner membrane subunit  44.69 
 
 
306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000618741  normal  0.0440204 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0254  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.57 
 
 
279 aa  211  9e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5321  taurine ABC transporter, permease protein  46.19 
 
 
285 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
275 aa  209  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.197989  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
279 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.588836 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.12 
 
 
279 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0570948  normal  0.0921514 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1470  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.71 
 
 
301 aa  202  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1171  taurine ABC transporter permease  42.29 
 
 
272 aa  202  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.104716  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.76 
 
 
279 aa  201  8e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796344  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6225  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  47.15 
 
 
320 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.38 
 
 
282 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.79 
 
 
296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.201741 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0049  ABC taurine transporter, binding protein inner membrane component  43.4 
 
 
330 aa  199  3.9999999999999996e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0656508 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
275 aa  199  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0877464 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.51 
 
 
289 aa  198  7e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.085274 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2535  putative taurine ABC transporter, permease protein  40.93 
 
 
282 aa  198  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254862  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4207  ABC taurine transporter, inner membrane subunit  46.47 
 
 
289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.74 
 
 
321 aa  195  9e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0802  taurine ABC transporter, permease protein  42.86 
 
 
283 aa  193  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207449  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2220  taurine ABC transporter, permease protein  42.45 
 
 
283 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215273  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0697  taurine ABC transporter, permease protein  42.45 
 
 
283 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0620  permease component of taurine ABC transporter  42.45 
 
 
253 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00192231  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2133  taurine ABC transporter, permease protein  42.45 
 
 
283 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.186654  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2019  taurine ABC transporter, permease protein  42.45 
 
 
285 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.484134  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1580  taurine ABC transporter, permease protein  42.45 
 
 
253 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.477521  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4564  taurine transporter subunit  41.37 
 
 
279 aa  192  7e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.746145 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3240  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 
275 aa  191  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0085  taurine ABC transporter inner membrane protein  43.26 
 
 
283 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.664827  normal  0.135193 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12960  taurine ABC transporter permease  44.74 
 
 
272 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.299757  normal  0.321121 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0442  taurine transporter subunit  42.07 
 
 
275 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2477  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.23 
 
 
289 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0948255  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0391  taurine transporter subunit  41.7 
 
 
275 aa  188  8e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3936  taurine transporter subunit  39.2 
 
 
284 aa  186  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0260  taurine transporter subunit  39.2 
 
 
284 aa  186  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
321 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.438311 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3693  taurine transporter subunit  39.2 
 
 
284 aa  186  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00317  taurine transporter subunit  40.96 
 
 
275 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3261  taurine transporter subunit  40.96 
 
 
275 aa  186  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00321  hypothetical protein  40.96 
 
 
275 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.01 
 
 
321 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.01 
 
 
269 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0431  taurine transporter subunit  41.33 
 
 
275 aa  185  8e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0280  taurine transporter subunit  41.33 
 
 
275 aa  185  8e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0840  taurine transporter subunit  43.63 
 
 
275 aa  185  8e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.276647 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0396  taurine transporter subunit  42.44 
 
 
275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
289 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1323  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  43.31 
 
 
260 aa  181  1e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0560082 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
257 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
412 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.16 
 
 
257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
255 aa  171  9e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.135552 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.14 
 
 
306 aa  171  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1503  taurine ABC transporter, permease protein  41.9 
 
 
288 aa  170  3e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
256 aa  169  4e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.65 
 
 
272 aa  169  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0949532  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
286 aa  169  5e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.453695  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7166  taurine uptake ABC transporter permease protein  43.03 
 
 
261 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.83 
 
 
293 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5576  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
284 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
284 aa  165  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.780444  normal  0.280504 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
288 aa  165  9e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
283 aa  158  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
274 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3058  taurine ABC transporter, permease protein  36.97 
 
 
274 aa  156  4e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
262 aa  156  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.577279 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2748  sulfonate/taurine ABC transporter permease  36.4 
 
 
274 aa  152  4e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.947189  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3060  taurine ABC transporter, permease protein  35.96 
 
 
274 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0244271  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
276 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.374556  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
259 aa  151  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
283 aa  150  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
266 aa  150  2e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.46 
 
 
271 aa  149  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2085  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.84 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0787698 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.42 
 
 
254 aa  146  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.41 
 
 
430 aa  146  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00472137  normal  0.430362 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
259 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.832577  normal  0.34867 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4060  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.9 
 
 
256 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.58 
 
 
269 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
273 aa  143  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  0.452833 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3750  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  36.58 
 
 
269 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.98 
 
 
290 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
269 aa  142  5e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.73 
 
 
273 aa  142  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5517  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.31 
 
 
256 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.16627  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
264 aa  142  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2935  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
252 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
294 aa  142  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.106321 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2719  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.61 
 
 
284 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
295 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.3 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.81 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21990  ABC transporter, inner membrane permease component  34.44 
 
 
273 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
264 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  34.75 
 
 
264 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>