More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1478 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_3676  putative oxidoreductase  79.45 
 
 
582 aa  987    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.545814  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0205  putative oxidoreductase  65.05 
 
 
574 aa  772    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321427  normal  0.765338 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4196  putative oxidoreductase  70.49 
 
 
580 aa  844    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.616255  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4884  putative oxidoreductase  78.55 
 
 
578 aa  981    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.245713  normal  0.346185 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4093  putative oxidoreductase  66.02 
 
 
574 aa  801    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.668775  normal  0.807912 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0678  putative oxidoreductase  76.99 
 
 
578 aa  962    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.434606 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4067  putative oxidoreductase  61.35 
 
 
569 aa  719    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.594531 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3163  putative oxidoreductase  66.32 
 
 
576 aa  800    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.410228  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5287  putative oxidoreductase  68.02 
 
 
579 aa  815    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0886566 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4191  putative oxidoreductase  79.66 
 
 
580 aa  991    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1478  putative oxidoreductase  100 
 
 
591 aa  1231    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1887  putative oxidoreductase  67.84 
 
 
579 aa  815    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217811  normal  0.846517 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6149  putative oxidoreductase  69.61 
 
 
583 aa  844    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1298  putative oxidoreductase  68.73 
 
 
579 aa  823    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.10343 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6105  putative oxidoreductase  67.74 
 
 
579 aa  796    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224874  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5013  putative oxidoreductase  66.08 
 
 
574 aa  793    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4205  putative oxidoreductase  66.02 
 
 
574 aa  801    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1960  putative oxidoreductase  68.2 
 
 
579 aa  819    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34900  putative oxidoreductase  65.09 
 
 
574 aa  783    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000183064  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1972  putative oxidoreductase  67.92 
 
 
579 aa  798    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2801  putative oxidoreductase  69.08 
 
 
578 aa  852    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312547  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1996  putative oxidoreductase  67.92 
 
 
579 aa  799    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3351  putative oxidoreductase  80.07 
 
 
582 aa  992    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.583827  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3785  putative oxidoreductase/HEAT repeat-containing protein  54.39 
 
 
954 aa  620  1e-176  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.824517  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2224  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  41.18 
 
 
610 aa  437  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.559161 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0271  putative oxidoreductase  36.56 
 
 
573 aa  369  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02120  adenylylsulfate reductase subunit alpha  29.12 
 
 
574 aa  239  9e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0788  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  28.8 
 
 
579 aa  223  6e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1710  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  29.43 
 
 
594 aa  213  1e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2057  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  29.89 
 
 
556 aa  200  5e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1191  adenylylsulfate reductase subunit alpha  26.85 
 
 
563 aa  179  1e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1830  adenylylsulfate reductase subunit alpha  28.16 
 
 
566 aa  177  5e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0924  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  26.77 
 
 
590 aa  159  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0430  succinate dehydrogenase subunit A  26.17 
 
 
568 aa  159  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0065  adenylylsulfate reductase, alpha subunit  25.45 
 
 
632 aa  152  2e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.683279  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3522  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  28.87 
 
 
564 aa  150  5e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000707251  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0350  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.98 
 
 
622 aa  150  7e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.823555  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1080  adenylylsulfate reductase subunit alpha  26.5 
 
 
635 aa  147  5e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1878  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  25.25 
 
 
591 aa  144  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.178355  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1889  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.96 
 
 
591 aa  142  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000177663  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0273  adenylylsulfate reductase subunit alpha  26.13 
 
 
635 aa  141  3e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000000319347  hitchhiker  0.0000001391 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2282  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.32 
 
 
622 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1048  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.37 
 
 
634 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0255965  normal  0.0162611 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1425  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.97 
 
 
588 aa  135  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00837732  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1467  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  25.77 
 
 
587 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.38125  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3577  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.27 
 
 
625 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000483589  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1675  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.71 
 
 
588 aa  133  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.506283  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0248  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  25.64 
 
 
567 aa  131  3e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1235  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.63 
 
 
629 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2816  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.99 
 
 
588 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0572429  normal  0.870607 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5284  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  28.01 
 
 
563 aa  130  6e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01353  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.39 
 
 
588 aa  130  6e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0170  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  26.09 
 
 
566 aa  128  3e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1612  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25 
 
 
590 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0677  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.61 
 
 
566 aa  127  5e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0486405  hitchhiker  0.0000605931 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004114  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.39 
 
 
588 aa  126  9e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1428  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.68 
 
 
627 aa  126  1e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.102541 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0844  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.95 
 
 
589 aa  126  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0177  succinate dehydrogenase subunit A  25.74 
 
 
567 aa  125  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0284  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  25.8 
 
 
567 aa  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.947176 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1234  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.33 
 
 
588 aa  125  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1835  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.04 
 
 
588 aa  124  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0132672  normal  0.110124 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3102  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.81 
 
 
588 aa  124  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1265  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.62 
 
 
588 aa  124  7e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.648217  normal  0.132874 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3514  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.38 
 
 
590 aa  123  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.22318  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4191  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.19 
 
 
590 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1653  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.47 
 
 
588 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2717  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  25.3 
 
 
567 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9157  Aspartate oxidase-like protein  25.98 
 
 
863 aa  123  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.15159  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1927  L-aspartate oxidase  26.88 
 
 
531 aa  123  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0174  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  26.41 
 
 
542 aa  123  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0476634  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1663  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.19 
 
 
590 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3762  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.05 
 
 
590 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11584  fumarate reductase flavoprotein subunit  25.82 
 
 
583 aa  121  3e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.532611 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2007  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.52 
 
 
590 aa  122  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.82203  normal  0.426549 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1114  succinate dehydrogenase subunit A  25.56 
 
 
573 aa  121  3.9999999999999996e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.358332  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1869  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.6 
 
 
598 aa  121  3.9999999999999996e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.462567  normal  0.466053 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2788  fumarate reductase flavoprotein subunit  24.53 
 
 
617 aa  120  7.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0210  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  24.91 
 
 
579 aa  120  9e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0936  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.34 
 
 
578 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1633  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.52 
 
 
588 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00339414  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1708  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.52 
 
 
588 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0194037  normal  0.398143 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2510  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.76 
 
 
588 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000247676  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0635  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  25.04 
 
 
566 aa  118  1.9999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0393941  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1224  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.44 
 
 
588 aa  119  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0959958 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1928  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.19 
 
 
588 aa  118  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2197  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  24.91 
 
 
590 aa  118  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.223298  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2271  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.52 
 
 
588 aa  118  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0457279  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0998  adenylylsulfate reductase subunit alpha  23.76 
 
 
659 aa  118  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000010424  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2185  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.07 
 
 
588 aa  118  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00800222  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2916  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.25 
 
 
588 aa  118  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1708  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.33 
 
 
588 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.563088  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2254  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.77 
 
 
588 aa  117  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453422  normal  0.274072 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3278  fumarate reductase flavoprotein subunit  23.1 
 
 
603 aa  118  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1834  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.57 
 
 
588 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00255629  normal  0.274846 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1206  succinate dehydrogenase or fumarate reductase flavoprotein subunit  24.47 
 
 
596 aa  117  6e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2517  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.57 
 
 
588 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000102318  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1856  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.34 
 
 
575 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1882  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.34 
 
 
575 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.764609  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2630  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.57 
 
 
588 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0015925  normal  0.0726397 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>