More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1330 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2965  adenylosuccinate synthetase  86.51 
 
 
430 aa  779  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.125391  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7581  adenylosuccinate synthetase  76.46 
 
 
430 aa  678  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4774  adenylosuccinate synthetase  91.16 
 
 
430 aa  804  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114501  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0962  Adenylosuccinate synthase  75.06 
 
 
430 aa  665  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.470264  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1007  Adenylosuccinate synthase  74.13 
 
 
431 aa  653  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0196756 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0999  adenylosuccinate synthase  75.29 
 
 
448 aa  666  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.595096  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3089  adenylosuccinate synthetase  71.93 
 
 
432 aa  664  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126084  normal  0.070043 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1123  adenylosuccinate synthetase  87.21 
 
 
457 aa  780  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565795  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3894  adenylosuccinate synthetase  97.44 
 
 
430 aa  856  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.108834  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5638  adenylosuccinate synthase  78.09 
 
 
430 aa  697  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.171619  normal  0.25149 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4086  adenylosuccinate synthetase  91.4 
 
 
430 aa  810  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0852587 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1330  adenylosuccinate synthetase  100 
 
 
430 aa  872  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.396862  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6845  adenylosuccinate synthase  76.46 
 
 
430 aa  674  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3346  adenylosuccinate synthetase  72.85 
 
 
432 aa  669  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.474516  hitchhiker  0.00582802 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0262  adenylosuccinate synthase  73.66 
 
 
431 aa  646  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0940  Adenylosuccinate synthase  75.06 
 
 
430 aa  664  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3544  adenylosuccinate synthetase  71.23 
 
 
432 aa  652  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3159  adenylosuccinate synthetase  72.16 
 
 
432 aa  659  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2616  adenylosuccinate synthetase  72.39 
 
 
432 aa  665  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.199466  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2144  adenylosuccinate synthase  68.53 
 
 
430 aa  634  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0037  adenylosuccinate synthetase  74.71 
 
 
448 aa  679  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.505248  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1850  adenylosuccinate synthetase  90 
 
 
430 aa  800  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1627  adenylosuccinate synthetase  69.93 
 
 
533 aa  636  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1683  adenylosuccinate synthetase  69.93 
 
 
429 aa  632  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.469628  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1106  adenylosuccinate synthetase  70.56 
 
 
429 aa  630  1e-179  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1231  adenylosuccinate synthetase  69.46 
 
 
429 aa  628  1e-179  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2010  adenylosuccinate synthetase  68.53 
 
 
430 aa  622  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.34638  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0366  adenylosuccinate synthetase  68.3 
 
 
430 aa  621  1e-177  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0875  adenylosuccinate synthetase  68.3 
 
 
430 aa  621  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0285  adenylosuccinate synthetase  68.22 
 
 
429 aa  612  1e-174  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0603  adenylosuccinate synthetase  66.12 
 
 
430 aa  610  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0558  adenylosuccinate synthetase  66.28 
 
 
429 aa  607  1e-172  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00595695 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2742  adenylosuccinate synthetase  66.67 
 
 
431 aa  597  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0436902 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0658  adenylosuccinate synthetase  66.9 
 
 
428 aa  593  1e-168  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.163412  normal  0.505489 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4682  adenylosuccinate synthetase  65.65 
 
 
429 aa  593  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3179  adenylosuccinate synthetase  66.43 
 
 
431 aa  593  1e-168  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1969  adenylosuccinate synthetase  65.75 
 
 
437 aa  590  1e-167  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.769944  normal  0.0974254 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2683  adenylosuccinate synthetase  64.02 
 
 
429 aa  578  1e-164  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0475  adenylosuccinate synthetase  68.3 
 
 
429 aa  571  1e-162  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.636476  hitchhiker  0.00197029 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0510  adenylosuccinate synthetase  62.7 
 
 
429 aa  567  1e-160  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.37093  normal  0.446838 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2784  adenylosuccinate synthetase  65.19 
 
 
429 aa  562  1e-159  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.436445  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0337  adenylosuccinate synthetase  54.46 
 
 
425 aa  500  1e-140  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.112659  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5832  adenylosuccinate synthase  57.44 
 
 
432 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6199  adenylosuccinate synthase  57.44 
 
 
453 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0247215 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6675  adenylosuccinate synthase  57.21 
 
 
432 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.250077 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6526  adenylosuccinate synthetase  56.98 
 
 
432 aa  484  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.768523 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1523  adenylosuccinate synthetase  54.4 
 
 
442 aa  481  1e-135  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  1.40547e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0564  adenylosuccinate synthetase  51.05 
 
 
431 aa  484  1e-135  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0461  adenylosuccinate synthetase  51.52 
 
 
430 aa  481  1e-134  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5997  adenylosuccinate synthase  56.64 
 
 
429 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140056  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5753  adenylosuccinate synthase  56.64 
 
 
429 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.590489 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5326  adenylosuccinate synthase  56.41 
 
 
432 aa  467  1e-130  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0668634 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1978  adenylosuccinate synthetase  53.61 
 
 
432 aa  448  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2504  adenylosuccinate synthetase  52.67 
 
 
431 aa  449  1e-125  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000458788 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3251  adenylosuccinate synthetase  52.34 
 
 
430 aa  446  1e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.220385  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2007  adenylosuccinate synthetase  54.44 
 
 
431 aa  447  1e-124  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00017376  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0662  adenylosuccinate synthetase  51.28 
 
 
431 aa  447  1e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.681047  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3308  adenylosuccinate synthetase  51.4 
 
 
433 aa  447  1e-124  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00120298  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0203  adenylosuccinate synthetase  51.86 
 
 
431 aa  447  1e-124  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.77348e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0660  adenylosuccinate synthetase  54.78 
 
 
431 aa  442  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3793  adenylosuccinate synthetase  51.51 
 
 
432 aa  441  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0607  adenylosuccinate synthetase  51.52 
 
 
432 aa  444  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.272974 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0694  adenylosuccinate synthetase  51.51 
 
 
432 aa  441  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3648  adenylosuccinate synthetase  51.28 
 
 
432 aa  441  1e-122  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2029  adenylosuccinate synthetase  49.65 
 
 
429 aa  438  1e-122  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00381049  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0518  adenylosuccinate synthetase  49.88 
 
 
430 aa  440  1e-122  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.289891  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0578  adenylosuccinate synthetase  53.15 
 
 
432 aa  440  1e-122  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.206e-11 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5009  adenylosuccinate synthetase  51.66 
 
 
458 aa  439  1e-122  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.470264  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0497  adenylosuccinate synthetase  50.7 
 
 
432 aa  436  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3914  adenylosuccinate synthetase  51.74 
 
 
432 aa  436  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.923104  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0441  adenylosuccinate synthetase  51.04 
 
 
435 aa  436  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.83493  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2180  adenylosuccinate synthetase  51.16 
 
 
432 aa  437  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.34883e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1282  adenylosuccinate synthetase  52.8 
 
 
431 aa  436  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3260  adenylosuccinate synthetase  50.82 
 
 
430 aa  437  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0574684  hitchhiker  1.14461e-12 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1939  adenylosuccinate synthetase  51.05 
 
 
431 aa  435  1e-121  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2661  adenylosuccinate synthetase  50.93 
 
 
431 aa  435  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0676  adenylosuccinate synthetase  50.34 
 
 
446 aa  436  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.678663  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0540  adenylosuccinate synthetase  51.28 
 
 
432 aa  435  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.311763  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3379  adenylosuccinate synthetase  52.07 
 
 
436 aa  432  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0552  adenylosuccinate synthetase  50.47 
 
 
432 aa  432  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  1.30749e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3716  adenylosuccinate synthetase  51.74 
 
 
432 aa  434  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.316289  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0565  adenylosuccinate synthetase  50.47 
 
 
432 aa  432  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.22549e-25 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0941  adenylosuccinate synthetase  50.35 
 
 
435 aa  433  1e-120  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0903  Adenylosuccinate synthase  51.64 
 
 
430 aa  432  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.546302  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04044  adenylosuccinate synthetase  51.16 
 
 
432 aa  431  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.191338  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4708  adenylosuccinate synthetase  51.16 
 
 
432 aa  431  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1181  adenylosuccinate synthetase  51.88 
 
 
458 aa  434  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.4333 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3816  Adenylosuccinate synthase  51.16 
 
 
432 aa  431  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1281  adenylosuccinate synthetase  50.46 
 
 
446 aa  434  1e-120  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04006  hypothetical protein  51.16 
 
 
432 aa  431  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.263842  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07600  Adenylosuccinate synthetase  51.29 
 
 
430 aa  434  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3836  adenylosuccinate synthetase  51.16 
 
 
432 aa  431  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.930032  hitchhiker  1.95768e-06 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4648  adenylosuccinate synthetase  51.16 
 
 
432 aa  431  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.378806 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1101  adenylosuccinate synthetase  51.88 
 
 
458 aa  434  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.415884  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2958  adenylosuccinate synthetase  49.88 
 
 
428 aa  432  1e-120  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2641  adenylosuccinate synthetase  49.88 
 
 
428 aa  432  1e-120  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.536345  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5693  adenylosuccinate synthetase  51.16 
 
 
432 aa  431  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.580203  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0436  adenylosuccinate synthetase  51.51 
 
 
432 aa  434  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  4.72279e-08 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4736  adenylosuccinate synthetase  51.16 
 
 
432 aa  431  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4420  adenylosuccinate synthetase  51.16 
 
 
432 aa  431  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>