More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1269 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1269  hypothetical protein  100 
 
 		 295 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.775784 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1453  UspA domain protein  71.28 
 
 		 301 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.870406  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3607  hypothetical protein  67.53 
 
 		 166 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.317801 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3480  UspA domain-containing protein  42.46 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420945 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3858  hypothetical protein  41.49 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4336  hypothetical protein  42.91 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0474832 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56590  hypothetical protein  36.01 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.563899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4922  hypothetical protein  36.01 
 
 		 286 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2918  UspA domain-containing protein  37.5 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519295 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1124  UspA domain-containing protein  37.19 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3170  hypothetical protein  34.34 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5472  UspA domain protein  35.61 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.814559 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0267  UspA domain-containing protein  31.03 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2770  UspA domain protein  31.31 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0325172  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1314  UspA domain-containing protein  32.03 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.858313  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1862  UspA domain-containing protein  30.1 
 
 		 293 aa  105  8e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23265  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0991  hypothetical protein  30.56 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2309  hypothetical protein  27.09 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1735  universal stress protein  31.39 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0846445  normal  0.348826 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1678  hypothetical protein  27.67 
 
 		 297 aa  97.1  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3171  UspA domain-containing protein  27.21 
 
 		 291 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1759  universal stress protein  30.58 
 
 		 298 aa  92.4  8e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7039  UspA domain protein  32.2 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0396  hypothetical protein  29.62 
 
 		 282 aa  90.1  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3831  UspA domain protein  29.45 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0656239  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1658  UspA domain protein  31.32 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3172  UspA domain protein  25.63 
 
 		 314 aa  84.3  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.356146  normal  0.679089 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0327  UspA domain protein  28.33 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.81164 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6657  UspA domain protein  29.7 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2648  universal stress protein  24.92 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45150  universal stress protein  28.93 
 
 		 271 aa  82.4  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2155  UspA domain-containing protein  25.17 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2660  hypothetical protein  28.32 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.82122  normal  0.708398 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5764  hypothetical protein  27.4 
 
 		 271 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  32.45 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2014  UspA domain protein  28.81 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.494901 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_3017  UspA domain protein  29.63 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1627  UspA domain-containing protein  21.55 
 
 		 274 aa  79.3  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1414  UspA domain-containing protein  29.47 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3830  universal stress family protein  29.17 
 
 		 303 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0606263 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  32.64 
 
 		 149 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66460  hypothetical protein  27.05 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01350  universal stress protein  21.05 
 
 		 276 aa  77  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1094  hypothetical protein  28.21 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.604509  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1706  UspA domain protein  32.11 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.873691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0554  UspA domain-containing protein  25.26 
 
 		 265 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788361 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  30.56 
 
 		 149 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0254  UspA domain protein  26 
 
 		 288 aa  75.1  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.422805 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0289  UspA domain protein  27.88 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.503473 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2016  universal stress protein UspA-like protein  31.97 
 
 		 148 aa  73.9  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4632  UspA domain protein  28.43 
 
 		 309 aa  73.9  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1859  UspA domain-containing protein  24.83 
 
 		 285 aa  73.6  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.717791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4087  UspA domain-containing protein  37.96 
 
 		 145 aa  73.2  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305818  normal  0.183761 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2717  UspA domain-containing protein  26.4 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1570  UspA domain protein  37.5 
 
 		 154 aa  72.4  0.000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  26.76 
 
 		 320 aa  72.4  0.000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0436  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 		 151 aa  71.6  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0405998  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1774  universal stress protein  32.88 
 
 		 142 aa  71.2  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3401  UspA domain protein  28.17 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3176  UspA domain protein  30.64 
 
 		 291 aa  70.1  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4244  UspA domain protein  30.42 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.284447  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3238  universal stress protein  28.04 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0914  UspA domain protein  32.87 
 
 		 154 aa  68.6  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.446701 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3134  hypothetical protein  28.96 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1338  UspA domain protein  30.93 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0244136 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3089  UspA domain protein  27.97 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0866  UspA domain protein  29.86 
 
 		 280 aa  68.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.111703  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3817  UspA domain protein  31.77 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.232363  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1890  UspA domain protein  29.93 
 
 		 297 aa  67  0.0000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108778  normal  0.382663 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2564  UspA domain protein  26.6 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.143275  normal  0.0151057 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44930  Usp-like protein  27.46 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1338  universal stress protein  30.94 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431225  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2547  UspA domain protein  28.62 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3681  UspA domain protein  27.67 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2350  hypothetical protein  29.66 
 
 		 150 aa  65.5  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000004892  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2325  UspA domain protein  26.9 
 
 		 316 aa  65.5  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2941  hypothetical protein  26.19 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2060  UspA domain protein  29.5 
 
 		 145 aa  64.3  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000482374  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  27.45 
 
 		 151 aa  65.1  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2148  hypothetical protein  28.48 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2212  hypothetical protein  27.85 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00559639  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1584  UspA domain protein  24.84 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3533  UspA domain protein  26.12 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1083  UspA domain-containing protein  25.93 
 
 		 449 aa  64.3  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000280681  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1198  UspA domain protein  29.41 
 
 		 155 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.473556  normal  0.580664 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0914  UspA domain-containing protein  24.13 
 
 		 297 aa  63.9  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0386207 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0337  UspA domain protein  20.07 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175107  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  26.09 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2933  UspA domain-containing protein  28.99 
 
 		 147 aa  63.2  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000835821  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2338  UspA domain protein  26.62 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0602  UspA domain-containing protein  31.39 
 
 		 147 aa  63.2  0.000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.491088  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1082  UspA domain protein  37.93 
 
 		 158 aa  62.8  0.000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.731229  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3712  universal stress protein  25.08 
 
 		 307 aa  62.4  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3403  UspA domain protein  26.38 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0713  UspA domain-containing protein  28.78 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00140239  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3776  UspA domain-containing protein  25 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226753  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3327  UspA domain-containing protein  33.57 
 
 		 156 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2577  UspA domain protein  33.1 
 
 		 148 aa  62  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.987812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1445  universal stress protein UspA  34 
 
 		 162 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  31.51 
 
 		 159 aa  61.6  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>