More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1225 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5255  carboxypeptidase  88.83 
 
 		 376 aa  692    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0388322 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1410  carboxypeptidase  92 
 
 		 376 aa  717    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212173  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1225  carboxypeptidase  100 
 
 		 376 aa  768    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1198  carboxypeptidase  85.07 
 
 		 376 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4023  carboxypeptidase  95.2 
 
 		 376 aa  742    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.50112  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1368  carboxypeptidase  72 
 
 		 376 aa  560  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0873  carboxypeptidase  71.73 
 
 		 376 aa  527  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0896  carboxypeptidase  68.35 
 
 		 388 aa  481  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.417572  normal  0.0534097 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0052  M20 family peptidase  42.67 
 
 		 376 aa  280  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5033  peptidase dimerisation domain-containing protein  43.27 
 
 		 376 aa  262  6e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.379056  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5339  peptidase dimerisation domain protein  42.66 
 
 		 377 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.538527  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0492  peptidase M20  37.94 
 
 		 376 aa  221  9.999999999999999e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0471333  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0328  peptidase M20  37.23 
 
 		 372 aa  203  5e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0237  peptidase M20  35.09 
 
 		 388 aa  202  8e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3807  peptidase M20  36.49 
 
 		 378 aa  193  4e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.116948  normal  0.414196 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04865  carboxypeptidase G2  33.6 
 
 		 374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0895  peptidase M20  33.97 
 
 		 372 aa  184  3e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.111399  normal  0.0352819 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0366  peptidase M20  37.96 
 
 		 367 aa  183  4.0000000000000006e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001112  acetylornithine deacetylase  34.13 
 
 		 374 aa  182  8.000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2261  peptidase M20:peptidase M20  35.03 
 
 		 383 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158188  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0967  peptidase dimerization domain protein  33.15 
 
 		 385 aa  177  4e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2417  peptidase M20  34.05 
 
 		 383 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0660551  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2570  peptidase, M20/M25/M40 family  35.11 
 
 		 383 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3983  peptidase dimerization domain protein  37.13 
 
 		 381 aa  169  7e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0038  peptidase M20  33.24 
 
 		 388 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0036  peptidase M20  33.24 
 
 		 388 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4254  peptidase M20  37.56 
 
 		 375 aa  165  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.749883  normal  0.443673 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2375  peptidase M20  32.52 
 
 		 408 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6820  peptidase M20  34.31 
 
 		 412 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.547293  decreased coverage  0.0081642 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1688  hypothetical protein  34.03 
 
 		 387 aa  150  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1664  hypothetical protein  30.39 
 
 		 407 aa  149  6e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1670  hypothetical protein  31.68 
 
 		 407 aa  147  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0034  peptidase M20  34.08 
 
 		 389 aa  146  5e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3818  peptidase dimerisation domain-containing protein  31.77 
 
 		 405 aa  146  7.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4146  peptidase M20  34.33 
 
 		 420 aa  145  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.74761  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03691  glutamate carboxypeptidase  30 
 
 		 394 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.262776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0916  peptidase M20  30.6 
 
 		 391 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1914  peptidase M20  32.69 
 
 		 409 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28653  hitchhiker  0.00843843 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2730  peptidase dimerization domain protein  34.89 
 
 		 385 aa  143  4e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.319557  normal  0.0559311 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0934  Glutamate carboxypeptidase  33.33 
 
 		 391 aa  142  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12450  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  34.59 
 
 		 376 aa  142  9.999999999999999e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3233  peptidase, M20/M25/M40 family  29.19 
 
 		 413 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3078  glutamate carboxypeptidase  29.52 
 
 		 413 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.125209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2204  glutamate carboxypeptidase  29.13 
 
 		 410 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498847  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2050  glutamate carboxypeptidase  28.92 
 
 		 409 aa  138  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0028  peptidase M20  33.15 
 
 		 385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.36117 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0179  glutamate carboxypeptidase  32.26 
 
 		 382 aa  136  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.881663 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0170  glutamate carboxypeptidase  33.07 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.334086  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0190  peptidase dimerisation domain protein  33.33 
 
 		 382 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0831507  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0179  peptidase dimerisation domain protein  33.07 
 
 		 382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1369  peptidase dimerisation domain-containing protein  31.25 
 
 		 394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4870  glutamate carboxypeptidase  29.21 
 
 		 417 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4731  peptidase M20  28.87 
 
 		 416 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2201  hypothetical protein  31.27 
 
 		 418 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.449085 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5703  peptidase M20  30.84 
 
 		 405 aa  124  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4369  glutamate carboxypeptidase  29.5 
 
 		 424 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.407974  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1858  hypothetical protein  28.95 
 
 		 423 aa  121  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0460852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2444  glutamate carboxypeptidase  27.61 
 
 		 409 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.922253  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1915  glutamate carboxypeptidase  28.04 
 
 		 432 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0060  glutamate carboxypeptidase  27.65 
 
 		 429 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0818  peptidase dimerisation domain-containing protein  27.96 
 
 		 358 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.548763  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0795  peptidase dimerisation domain-containing protein  27.96 
 
 		 358 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1337  carboxypeptidase G2  27.39 
 
 		 372 aa  116  6e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.214507  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1560  glutamate carboxypeptidase  28.46 
 
 		 422 aa  116  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.400095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28060  glutamate carboxypeptidase  27.2 
 
 		 412 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0939662  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2120  peptidase, M20/M25/M40 family  30.28 
 
 		 415 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1543  glutamate carboxypeptidase  28.42 
 
 		 428 aa  113  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2460  peptidase dimerisation domain-containing protein  29.33 
 
 		 363 aa  113  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.308375  normal  0.162998 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0024  glutamate carboxypeptidase  28.31 
 
 		 438 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1203  glutamate carboxypeptidase  28.61 
 
 		 418 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0884  hypothetical protein  28.72 
 
 		 402 aa  106  6e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.187161  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0530  hypothetical protein  30.77 
 
 		 401 aa  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3093  glutamate carboxypeptidase  25.32 
 
 		 436 aa  103  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1939  hypothetical protein  31.06 
 
 		 402 aa  102  9e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3030  glutamate carboxypeptidase  25.52 
 
 		 436 aa  102  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3377  glutamate carboxypeptidase  25 
 
 		 436 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0524  peptidase, M20/M25/M40 family  26.75 
 
 		 432 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06810  peptidase T-like protein  22.94 
 
 		 377 aa  81.6  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0595  tripeptidase  29.48 
 
 		 375 aa  80.5  0.00000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3250  peptidase M20  27.55 
 
 		 424 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.470437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2216  peptidase T-like protein  28.05 
 
 		 379 aa  75.5  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000147363  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  21.37 
 
 		 743 aa  75.1  0.000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1072  peptidase T-like protein  25.96 
 
 		 374 aa  75.5  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.945662  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1605  peptidase T-like protein  26.32 
 
 		 368 aa  75.5  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2778  peptidase T-like protein  24.73 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0027  peptidase T-like protein  28.91 
 
 		 372 aa  73.9  0.000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2046  peptidase T-like protein  27.55 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0101  peptidase  23.28 
 
 		 391 aa  73.2  0.000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0959  M20A family peptidase  30.17 
 
 		 368 aa  72.8  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1297  peptidase M20  25.38 
 
 		 434 aa  72.4  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0144616  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02174  tripeptidase T  24.93 
 
 		 368 aa  71.2  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1895  peptidase T-like protein  25.86 
 
 		 368 aa  70.1  0.00000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1348  peptidase T-like protein  28.89 
 
 		 365 aa  68.2  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.868823  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0918  peptidase M20  23.21 
 
 		 383 aa  68.6  0.0000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000400462  unclonable  4.70833e-19 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3656  tripeptidase T  26.19 
 
 		 368 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0298  peptidase T-like protein  27.13 
 
 		 368 aa  67  0.0000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000204223  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2199  peptidase T-like protein  25 
 
 		 389 aa  66.6  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3276  peptidase T-like protein  27.91 
 
 		 381 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0957  peptidase T-like protein  29.92 
 
 		 370 aa  66.2  0.0000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000302106  hitchhiker  0.000000131493 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2277  peptidase T-like protein  24.69 
 
 		 370 aa  65.5  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00122308  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>