More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1134 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
369 aa  742    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  37.06 
 
 
374 aa  162  8.000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 
351 aa  151  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 
327 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  28.86 
 
 
359 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 
351 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  34.8 
 
 
381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 
342 aa  133  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 
334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  29.87 
 
 
352 aa  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 
340 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  29.67 
 
 
335 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  29.85 
 
 
390 aa  116  6e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 
345 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 
347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 
375 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2605  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 
342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.384933  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 
333 aa  111  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 
338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  31.72 
 
 
333 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 
365 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  31.72 
 
 
333 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 
335 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0743  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 
330 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.191444  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 
347 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 
337 aa  107  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 
338 aa  107  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1709  Fis family transcriptional regulator  30 
 
 
326 aa  107  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.839551  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.85 
 
 
337 aa  106  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 
358 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  31.05 
 
 
332 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 
335 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  28.16 
 
 
343 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 
365 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4253  helix-turn-helix domain-containing protein  28.04 
 
 
362 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2143  transcriptional regulator, AraC family  25.5 
 
 
338 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.344759  normal  0.883029 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 
350 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2470  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 
338 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  27.84 
 
 
372 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  30.39 
 
 
340 aa  100  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 
376 aa  101  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  27.51 
 
 
342 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  27.53 
 
 
352 aa  99.8  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 
343 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 
347 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 
365 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 
343 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3048  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 
342 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.428431  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.3 
 
 
343 aa  98.2  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 
339 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 
358 aa  97.8  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 
358 aa  97.8  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 
336 aa  97.8  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  25.71 
 
 
343 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 
335 aa  96.7  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  24.14 
 
 
341 aa  96.3  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 
344 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1451  transcriptional regulator, AraC family  26.2 
 
 
338 aa  96.3  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.508698  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  24.04 
 
 
333 aa  96.3  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 
331 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  23.6 
 
 
350 aa  95.1  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 
337 aa  94  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 
348 aa  93.2  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  26.59 
 
 
337 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 
350 aa  92  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 
353 aa  92  1e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 
345 aa  91.7  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2682  transcriptional regulator, AraC family  29.36 
 
 
380 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  27.56 
 
 
356 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 
337 aa  92  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  26.89 
 
 
333 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 
351 aa  90.5  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  27.3 
 
 
356 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 
344 aa  89.7  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 
353 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 
330 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  26.75 
 
 
333 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  22.47 
 
 
341 aa  89  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  24.2 
 
 
346 aa  88.6  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 
363 aa  88.2  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 
344 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  25.32 
 
 
332 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2508  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 
353 aa  87.4  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 
330 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 
342 aa  87  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  24.21 
 
 
345 aa  87  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  26.43 
 
 
327 aa  87  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  23.42 
 
 
337 aa  86.7  6e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  24.93 
 
 
337 aa  86.3  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 
331 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1131  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 
342 aa  86.3  8e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.079056 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 
341 aa  86.3  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  25.34 
 
 
336 aa  86.3  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  24.24 
 
 
356 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 
353 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0530  helix-turn-helix domain-containing protein  28.32 
 
 
354 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 
367 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  24.12 
 
 
353 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  24.12 
 
 
353 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  24.46 
 
 
353 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>