More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1119 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1119  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 257 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.196429 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4063  GntR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5518  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 		 241 aa  143  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0560672  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3509  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 276 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393643  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3895  putative transcriptional regulator  32 
 
 		 249 aa  122  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.221719  normal  0.3606 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1691  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0269955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 248 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2038  GntR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335666 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  48.05 
 
 		 242 aa  75.5  0.0000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 243 aa  75.5  0.0000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  29.17 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67420  histidine utilization genes repressor protein  28.45 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3472  transcriptional regulator, GntR family  45.07 
 
 		 238 aa  74.7  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00483129  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 248 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5838  histidine utilization repressor  28.45 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 249 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2866  GntR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4702  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 248 aa  71.2  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0392151  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3916  GntR family regulatory protein  26.27 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0121  regulatory protein GntR, HTH  39.24 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000430087  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  28.02 
 
 		 252 aa  70.1  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0126  regulatory protein GntR HTH  39.24 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0616081  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2768  GntR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 257 aa  69.3  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4270  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 254 aa  68.9  0.00000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000212772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2751  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  23.71 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 249 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  26.43 
 
 		 241 aa  67.4  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0342  transcriptional regulator, GntR family  24.67 
 
 		 245 aa  67.4  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0757  GntR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 245 aa  67.4  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 248 aa  67  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1484  transcriptional regulator, GntR family  24.48 
 
 		 244 aa  67  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.60959  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2239  GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 243 aa  67  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2551  transcriptional regulator, GntR family  22.17 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.321871  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2930  transcriptional regulator, GntR family  26.75 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000160523  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3808  GntR family regulatory protein  25.85 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03225  predicted DNA-binding transcriptional regulator  46.48 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0338  transcriptional regulator, GntR family  46.48 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3844  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  46.48 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05542  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  26.55 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0338  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  46.48 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.456013 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3570  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  46.48 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4687  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  46.48 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3874  GntR family regulatory protein  25.85 
 
 		 239 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03177  hypothetical protein  46.48 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3752  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  46.48 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3796  GntR family regulatory protein  25.85 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 244 aa  65.9  0.0000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1166  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 261 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.448437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3977  GntR family regulatory protein  25.85 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5049  histidine utilization repressor  29.87 
 
 		 251 aa  65.5  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00586645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1988  GntR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3960  transcriptional regulator, GntR family  27.63 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.130566  normal  0.0173208 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4940  histidine utilization repressor  27.96 
 
 		 254 aa  64.7  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3846  transcriptional regulator, GntR family  27.63 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00362277  normal  0.959313 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2432  GntR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 240 aa  64.7  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  23.87 
 
 		 270 aa  64.3  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1196  GntR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 248 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2745  GntR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 240 aa  64.3  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2282  transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.557929  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1596  transcriptional regulator, GntR family  25.94 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0922621  normal  0.887864 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 247 aa  63.5  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15830  GntR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.800651  normal  0.0246518 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 256 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3410  transcriptional regulator, GntR family  24.03 
 
 		 245 aa  62.4  0.000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000405117  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  47.06 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0086  GntR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.266832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 256 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4909  GntR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 248 aa  62  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1821  histidine utilization repressor  28.76 
 
 		 231 aa  62  0.000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2648  transcriptional regulator, GntR family  26.21 
 
 		 254 aa  62  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04320  transcriptional regulator GntR family  44.29 
 
 		 240 aa  62  0.000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0429  histidine utilization repressor  25.57 
 
 		 248 aa  62  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1680  histidine utilization repressor  25.12 
 
 		 231 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0646  histidine utilization repressor  25.12 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1361  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 277 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2477  GntR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 244 aa  62  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  42.65 
 
 		 243 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2365  histidine utilization repressor  25.12 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.366137  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2795  histidine utilization repressor  25.12 
 
 		 231 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1064  transcriptional regulator, GntR family  23.47 
 
 		 245 aa  61.6  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.296534  normal  0.0288799 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6080  GntR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 238 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.348599 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3762  GntR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0077  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 239 aa  61.6  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2908  transcriptional regulator, GntR family  26.21 
 
 		 254 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270645  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>