More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1017 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1017  isochorismatase hydrolase  100 
 
 		 233 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2755  putative isochorismatase  82.63 
 
 		 228 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2658  isochorismatase hydrolase  76.08 
 
 		 223 aa  327  7e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.481302  normal  0.112501 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2014  isochorismatase hydrolase  76.39 
 
 		 226 aa  314  6e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.35213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1695  isochorismatase hydrolase  75.93 
 
 		 226 aa  311  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305053  normal  0.0828387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1123  isochorismatase hydrolase  75 
 
 		 226 aa  311  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2027  isochorismatase hydrolase  67.89 
 
 		 240 aa  296  2e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0107803  hitchhiker  0.00287244 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6446  isochorismatase hydrolase  66.36 
 
 		 236 aa  295  4e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.443341  normal  0.0975575 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3053  isochorismatase hydrolase  68.2 
 
 		 230 aa  291  6e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0333292  normal  0.223788 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0732  isochorismatase hydrolase  66.06 
 
 		 240 aa  271  7e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.044592 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2765  isochorismatase hydrolase  66.97 
 
 		 230 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2809  isochorismatase hydrolase  66.97 
 
 		 230 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.168317 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5238  isochorismatase hydrolase  59.55 
 
 		 231 aa  262  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.51684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1373  isochorismatase family protein  61.21 
 
 		 231 aa  261  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0213344 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03716  conserved hypothetical protein  62.96 
 
 		 222 aa  258  7e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03665  hypothetical protein  62.96 
 
 		 222 aa  258  7e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4203  isochorismatase family protein  62.96 
 
 		 222 aa  258  7e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000421381 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46626  predicted protein  58.53 
 
 		 227 aa  253  2.0000000000000002e-66  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5651  hypothetical protein  59.91 
 
 		 223 aa  252  3e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.101784  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6450  isochorismatase hydrolase  57.6 
 
 		 222 aa  250  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0382853 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4480  isochorismatase hydrolase  57.6 
 
 		 222 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0275  isochorismatase hydrolase  60.75 
 
 		 223 aa  248  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0199791  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1163  isochorismatase hydrolase  60.87 
 
 		 225 aa  247  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.427272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0848  isochorismatase hydrolase  57.21 
 
 		 236 aa  244  6e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.171362  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1354  isochorismatase family protein  58.06 
 
 		 225 aa  241  6e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3021  isochorismatase hydrolase  57.41 
 
 		 232 aa  239  4e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0764  hypothetical protein  65.52 
 
 		 229 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0418642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1649  isochorismatase hydrolase  48.34 
 
 		 281 aa  230  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137775  normal  0.599986 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3023  isochorismatase hydrolase  54.02 
 
 		 233 aa  225  4e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1705  isochorismatase hydrolase  53.57 
 
 		 239 aa  218  6e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.936948 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2024  isochorismatase hydrolase  53.57 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.166105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1111  isochorismatase hydrolase  50.62 
 
 		 239 aa  215  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.77446  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6453  isochorismatase hydrolase  50.43 
 
 		 234 aa  214  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.344539  normal  0.0179591 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_26363  predicted protein  50.24 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5654  hypothetical protein  48.7 
 
 		 233 aa  213  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4478  isochorismatase hydrolase  51.13 
 
 		 234 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4623  putative isochorismatase family protein  52.45 
 
 		 227 aa  212  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0276016 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5240  isochorismatase hydrolase  50.67 
 
 		 230 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.599557  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0273  isochorismatase hydrolase  52.91 
 
 		 234 aa  210  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221084  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1371  isochorismatase family protein  50.67 
 
 		 230 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.16071  normal  0.0672215 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1165  isochorismatase hydrolase  51.26 
 
 		 228 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.712866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0850  isochorismatase hydrolase  50.49 
 
 		 227 aa  206  4e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.633323  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0839  isochorismatase hydrolase  51.69 
 
 		 232 aa  205  4e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0766  isochorismatase family protein  50.22 
 
 		 231 aa  205  5e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0251753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0676  isochorismatase hydrolase  48.4 
 
 		 247 aa  203  2e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1356  isochorismatase family protein  48.84 
 
 		 228 aa  202  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6450  isochorismatase hydrolase  50.67 
 
 		 241 aa  198  5e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0709723  normal  0.0611102 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06124  isochorismatase family hydrolase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G08700)  46.4 
 
 		 389 aa  193  2e-48  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.189791 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4501  isochorismatase hydrolase  46.54 
 
 		 231 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2912  isochorismatase hydrolase  46.08 
 
 		 240 aa  177  9e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.333712  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3936  pyrimidine utilization protein B  34.5 
 
 		 241 aa  124  9e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.259493  hitchhiker  0.00944074 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1822  isochorismatase hydrolase  33.02 
 
 		 248 aa  116  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.709387  normal  0.03112 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5250  isochorismatase hydrolase  32.14 
 
 		 266 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2114  putative isochorismatase family protein, rutB  31.6 
 
 		 231 aa  115  6e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01014  predicted enzyme  31.56 
 
 		 230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1126  putative isochorismatase family protein, rutB  31.56 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2584  isochorismatase hydrolase  31.56 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01021  hypothetical protein  31.56 
 
 		 230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1578  isochorismatase hydrolase  32.13 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.488451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1129  putative isochorismatase family protein, rutB  31.56 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.880561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2631  isochorismatase hydrolase  31.56 
 
 		 231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.662963  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1248  putative isochorismatase family protein, rutB  31.11 
 
 		 231 aa  112  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1269  putative isochorismatase family protein  31.72 
 
 		 274 aa  106  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.544851 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3979  isochorismatase hydrolase  32.71 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00761  isochorismatase family protein  32.09 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2056  isochorismatase hydrolase  33.93 
 
 		 248 aa  102  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.647626  normal  0.0831182 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1076  isochorismatase hydrolase  35.11 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.029222 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0992  isochorismatase hydrolase  33.33 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1583  isochorismatase hydrolase  33.33 
 
 		 258 aa  99.4  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.418934 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6308  hypothetical protein  32.72 
 
 		 217 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.542442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72660  hypothetical protein  32.72 
 
 		 217 aa  99  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.280253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1737  isochorismatase hydrolase  33.93 
 
 		 248 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4490  isochorismatase hydrolase  33.49 
 
 		 220 aa  95.5  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.628501  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2058  isochorismatase hydrolase  32.11 
 
 		 214 aa  95.1  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1524  isochorismatase hydrolase  30.74 
 
 		 230 aa  93.2  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.405798 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0998  isochorismatase hydrolase  30.67 
 
 		 245 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2859  isochorismatase hydrolase  31.72 
 
 		 212 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.607414  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2981  isochorismatase family protein  31.18 
 
 		 227 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0757911  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1156  isochorismatase family protein  30.04 
 
 		 246 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4839  isochorismatase hydrolase  29.49 
 
 		 252 aa  88.2  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.722387  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1257  isochorismatase hydrolase  34.5 
 
 		 201 aa  88.2  1e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.35565 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0780  isochorismatase hydrolase  33.18 
 
 		 243 aa  87  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.473619  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0141  isochorismatase hydrolase  32.4 
 
 		 214 aa  86.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5340  isochorismatase hydrolase  33.67 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1936  isochorismatase hydrolase  34.03 
 
 		 207 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1434  isochorismatase hydrolase  31.14 
 
 		 196 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0935045  normal  0.33777 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1914  isochorismatase hydrolase  34.67 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.652638  normal  0.010767 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0804  isochorismatase hydrolase  32.88 
 
 		 204 aa  84  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.901897  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1098  isochorismatase hydrolase  33.73 
 
 		 201 aa  84.3  0.000000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1826  isochorismatase superfamily hydrolase  31.58 
 
 		 196 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.436754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3885  isochorismatase hydrolase  31.58 
 
 		 196 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1404  isochorismatase hydrolase  31.58 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00231254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5987  putative isochorismatase family protein  33.51 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.104192 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1717  isochorismatase hydrolase  33.54 
 
 		 201 aa  81.3  0.00000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00000789432 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2385  isochorismatase hydrolase  29.23 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1718  isochorismatase hydrolase  33.84 
 
 		 196 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.854731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3214  isochorismatase hydrolase  32.83 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4193  isochorismatase hydrolase  30.3 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35687  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0664  isochorismatase hydrolase  29.69 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2754  isochorismatase hydrolase  31.25 
 
 		 174 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.609473  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>