More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1000 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  58.36 
 
 
610 aa  645    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5072  long-chain-acyl-CoA synthetase  72.06 
 
 
605 aa  858    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0947195  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1000  long-chain-acyl-CoA synthetase  100 
 
 
622 aa  1254    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  77.37 
 
 
630 aa  969    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3338  long-chain-acyl-CoA synthetase  59.45 
 
 
593 aa  674    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4318  long-chain-acyl-CoA synthetase  58.7 
 
 
592 aa  669    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699196  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  58.02 
 
 
610 aa  642    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  49.07 
 
 
600 aa  608  1e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3540  long-chain-acyl-CoA synthetase  48.67 
 
 
596 aa  533  1e-150  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.498772 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2309  long-chain-acyl-CoA synthetase  48.38 
 
 
598 aa  511  1e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  42.37 
 
 
608 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  0.0000571786 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2150  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.98 
 
 
621 aa  385  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.29 
 
 
609 aa  369  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.27 
 
 
608 aa  366  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.12 
 
 
612 aa  360  3e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1163  AMP-dependent synthetase and ligase  40.03 
 
 
603 aa  360  4e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26640  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.2 
 
 
608 aa  357  5e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2261  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.2 
 
 
608 aa  356  5.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.982772  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  35.2 
 
 
601 aa  345  1e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.45 
 
 
597 aa  343  7e-93  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.77 
 
 
592 aa  340  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.77 
 
 
592 aa  340  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.77 
 
 
592 aa  340  4e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.62 
 
 
600 aa  338  1.9999999999999998e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05192  long-chain fatty acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07270)  36.04 
 
 
723 aa  337  3.9999999999999995e-91  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.311287  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 
592 aa  334  2e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1144  long-chain-acyl-CoA synthetase  34.38 
 
 
590 aa  333  7.000000000000001e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.036593  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 
598 aa  331  2e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05877  bifunctional fatty acid transporter/acyl-CoA synthetase (FAT1), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11360)  36.82 
 
 
639 aa  313  5.999999999999999e-84  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.523538 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06649  very-long-chain acyl-CoA synthetase family protein (CefD1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03630)  34.49 
 
 
710 aa  295  2e-78  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78107  predicted protein  30 
 
 
653 aa  272  2e-71  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.6 
 
 
545 aa  183  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 
708 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  28.1 
 
 
572 aa  177  6e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  29.74 
 
 
544 aa  168  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  29.17 
 
 
547 aa  164  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  27.15 
 
 
552 aa  164  4.0000000000000004e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  28.88 
 
 
551 aa  163  8.000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.26 
 
 
538 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  23.7 
 
 
534 aa  162  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.7 
 
 
534 aa  163  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  27.88 
 
 
513 aa  162  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  29.38 
 
 
512 aa  159  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  30.63 
 
 
512 aa  158  3e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  29.74 
 
 
535 aa  156  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  31.77 
 
 
500 aa  155  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  31.77 
 
 
500 aa  155  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  25.1 
 
 
490 aa  154  5e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.55 
 
 
518 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5208  acyl-CoA synthetase  30 
 
 
503 aa  153  8.999999999999999e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.54 
 
 
537 aa  153  1e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.72 
 
 
517 aa  153  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  26.54 
 
 
495 aa  152  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  29.15 
 
 
501 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  27.32 
 
 
543 aa  152  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  28.52 
 
 
537 aa  152  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.74 
 
 
516 aa  151  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.66 
 
 
505 aa  151  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.64 
 
 
517 aa  150  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.64 
 
 
522 aa  150  7e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  28.48 
 
 
549 aa  150  8e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.24 
 
 
522 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  27.45 
 
 
517 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.24 
 
 
522 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  27.24 
 
 
522 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.24 
 
 
514 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.05 
 
 
517 aa  148  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  29.39 
 
 
502 aa  147  8.000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  0.0000144188 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.3 
 
 
535 aa  147  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4702  AMP-dependent synthetase and ligase  29.76 
 
 
506 aa  146  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.73 
 
 
517 aa  144  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  26.4 
 
 
536 aa  144  7e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.82 
 
 
550 aa  143  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.73 
 
 
517 aa  143  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.51 
 
 
517 aa  143  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3957  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 
518 aa  142  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.32 
 
 
517 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  27.01 
 
 
502 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  28.55 
 
 
521 aa  143  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8199  AMP-dependent synthetase and ligase  28.65 
 
 
522 aa  142  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.996066  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25 
 
 
512 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1907  AMP-dependent synthetase and ligase  26.05 
 
 
543 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.549821  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  28.17 
 
 
662 aa  141  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1267  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 
981 aa  141  3.9999999999999997e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  26.8 
 
 
521 aa  141  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.54 
 
 
517 aa  140  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  28.03 
 
 
538 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4341  acyl-CoA synthetase  29.88 
 
 
526 aa  137  5e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227386  normal  0.0335846 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2118  AMP-dependent synthetase and ligase  27.85 
 
 
613 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000346834  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  26.18 
 
 
498 aa  137  8e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3484  AMP-dependent synthetase and ligase  29.52 
 
 
551 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.436889  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  28.52 
 
 
527 aa  135  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  27.68 
 
 
542 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4204  AMP-dependent synthetase and ligase  25.59 
 
 
533 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  27.55 
 
 
560 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3835  AMP-dependent synthetase and ligase  30.48 
 
 
532 aa  134  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  26.23 
 
 
520 aa  135  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  26.91 
 
 
512 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1548  acyl-CoA synthetase  30.31 
 
 
557 aa  134  5e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0453148  normal  0.562815 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.62 
 
 
513 aa  134  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>