More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0829 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  79.81 
 
 
421 aa  699    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  82.66 
 
 
421 aa  701    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 
421 aa  853    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  83.14 
 
 
421 aa  721    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  90.74 
 
 
421 aa  790    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  82.42 
 
 
421 aa  717    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  90.26 
 
 
421 aa  789    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  67.46 
 
 
422 aa  572  1.0000000000000001e-162  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  66.27 
 
 
422 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  67.7 
 
 
422 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  68.17 
 
 
430 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  66.03 
 
 
422 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  65.56 
 
 
422 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  66.75 
 
 
421 aa  555  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  64.85 
 
 
421 aa  553  1e-156  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0050  diaminopimelate decarboxylase  66.04 
 
 
423 aa  543  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4848  diaminopimelate decarboxylase  66.03 
 
 
423 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0946328 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  65.4 
 
 
422 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2123  diaminopimelate decarboxylase  67.46 
 
 
422 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.520792  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1721  diaminopimelate decarboxylase  66.98 
 
 
422 aa  536  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  64.37 
 
 
421 aa  531  1e-149  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  65.56 
 
 
423 aa  530  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  64.37 
 
 
421 aa  531  1e-149  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4044  diaminopimelate decarboxylase  67.93 
 
 
422 aa  522  1e-147  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.181053 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1600  diaminopimelate decarboxylase  64.13 
 
 
422 aa  518  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.458641  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  58.67 
 
 
421 aa  510  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  57.96 
 
 
421 aa  506  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  58.67 
 
 
421 aa  501  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  57.48 
 
 
431 aa  493  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0056  diaminopimelate decarboxylase  56.06 
 
 
424 aa  489  1e-137  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  56.77 
 
 
421 aa  484  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  56.77 
 
 
421 aa  484  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  56.53 
 
 
421 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  53.68 
 
 
420 aa  469  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  56.77 
 
 
425 aa  464  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2862  diaminopimelate decarboxylase  56.34 
 
 
423 aa  456  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0197535  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0203  diaminopimelate decarboxylase  54.27 
 
 
419 aa  433  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.628049  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  53.22 
 
 
432 aa  415  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  51.82 
 
 
416 aa  408  1e-113  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  49.88 
 
 
417 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 
419 aa  406  1.0000000000000001e-112  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  50.95 
 
 
417 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  50.49 
 
 
417 aa  399  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2675  diaminopimelate decarboxylase  50.36 
 
 
419 aa  401  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  51.46 
 
 
434 aa  400  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  51.42 
 
 
417 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  48.69 
 
 
417 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  52.06 
 
 
416 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  50.95 
 
 
417 aa  395  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  50.48 
 
 
418 aa  397  1e-109  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  45.45 
 
 
417 aa  395  1e-109  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  48.93 
 
 
434 aa  397  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  47.74 
 
 
417 aa  392  1e-108  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  47.27 
 
 
417 aa  389  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  51.09 
 
 
415 aa  390  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  48.8 
 
 
423 aa  391  1e-107  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  49.4 
 
 
427 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  51.44 
 
 
418 aa  390  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  50.72 
 
 
425 aa  391  1e-107  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  49.15 
 
 
445 aa  389  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  51.31 
 
 
415 aa  387  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  52.3 
 
 
415 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  49.4 
 
 
427 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  49.4 
 
 
427 aa  386  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 
417 aa  388  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  49.88 
 
 
414 aa  386  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  50.97 
 
 
415 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  50.24 
 
 
415 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  50.24 
 
 
414 aa  384  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  48.67 
 
 
415 aa  384  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  50.61 
 
 
418 aa  382  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  49.64 
 
 
414 aa  382  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  49.64 
 
 
414 aa  382  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  49.88 
 
 
414 aa  383  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  51.08 
 
 
415 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  50.97 
 
 
415 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  49.64 
 
 
414 aa  382  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  50.84 
 
 
415 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  50.6 
 
 
420 aa  379  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  47.73 
 
 
414 aa  381  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  51.31 
 
 
414 aa  381  1e-104  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  48.91 
 
 
414 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  50.12 
 
 
415 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  50.36 
 
 
415 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  51.33 
 
 
415 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  48.18 
 
 
414 aa  378  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  49.88 
 
 
415 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  50.24 
 
 
416 aa  377  1e-103  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  48.54 
 
 
415 aa  376  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  47.49 
 
 
422 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  49.4 
 
 
412 aa  378  1e-103  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  49.76 
 
 
414 aa  374  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  47.26 
 
 
417 aa  375  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  48.82 
 
 
422 aa  373  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  48.33 
 
 
416 aa  374  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  49.52 
 
 
419 aa  371  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  45.75 
 
 
429 aa  368  1e-101  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  51.21 
 
 
420 aa  371  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  50 
 
 
415 aa  369  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  50.73 
 
 
414 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.773654 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>