More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0799 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0799  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 280 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  60.5 
 
 		 300 aa  325  7e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  53.79 
 
 		 278 aa  300  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1987  helix-turn-helix domain-containing protein  57.04 
 
 		 283 aa  293  2e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1802  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.460896 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  28.05 
 
 		 278 aa  88.6  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 134 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  45 
 
 		 162 aa  85.9  7e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  40.34 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  38.68 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 250 aa  80.9  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  43.69 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 168 aa  80.5  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  42.16 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  44 
 
 		 303 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  43.48 
 
 		 156 aa  78.6  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  39.81 
 
 		 294 aa  79  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  35.51 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 277 aa  78.6  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  40.59 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 274 aa  77.8  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1551  AraC/XylS family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 275 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0639275  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  41.74 
 
 		 164 aa  76.6  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 266 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  33.94 
 
 		 280 aa  75.9  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  34.25 
 
 		 287 aa  75.9  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  37.5 
 
 		 275 aa  75.9  0.0000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 270 aa  75.9  0.0000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  41.84 
 
 		 145 aa  75.9  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  43 
 
 		 312 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  43 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3237  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 281 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601996 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1732  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 281 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  27.05 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4086  AraC family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 281 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  38.89 
 
 		 293 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 332 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4280  AraC family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 281 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.682937 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29.67 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  29.92 
 
 		 266 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0213  transcriptional regulator, AraC family protein  28.19 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00887507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 290 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 278 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 281 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 519 aa  73.9  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 277 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  30.35 
 
 		 351 aa  73.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  26.64 
 
 		 278 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 281 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  26.64 
 
 		 278 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 276 aa  73.6  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  41.41 
 
 		 325 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  41.41 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 277 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  26.64 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  26.64 
 
 		 278 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  40.38 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  26.64 
 
 		 278 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 338 aa  73.2  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3705  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 129 aa  73.6  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  31.87 
 
 		 331 aa  72.8  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  32.69 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  36.72 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 355 aa  72.4  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 304 aa  72.4  0.000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4318  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 272 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103262  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 307 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0827  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000316121  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  41.57 
 
 		 270 aa  72.4  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 160 aa  72.4  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>