More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0712 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  59.35 
 
 		 939 aa  686    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 827 aa  1677    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.97 
 
 		 941 aa  709    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  56.34 
 
 		 1065 aa  632  1e-180  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.5 
 
 		 1065 aa  630  1e-179  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.56 
 
 		 957 aa  571  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.3 
 
 		 1089 aa  557  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.06 
 
 		 1381 aa  546  1e-154  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.16 
 
 		 977 aa  536  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.93 
 
 		 1022 aa  538  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.81 
 
 		 845 aa  531  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  56.12 
 
 		 1215 aa  525  1e-147  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.48 
 
 		 695 aa  514  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.87 
 
 		 922 aa  513  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  52.25 
 
 		 1092 aa  509  1e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.09 
 
 		 916 aa  510  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.25 
 
 		 1103 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.31 
 
 		 943 aa  507  9.999999999999999e-143  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.78 
 
 		 1095 aa  504  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  39.33 
 
 		 847 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.95 
 
 		 1225 aa  502  1e-140  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  54.76 
 
 		 1225 aa  497  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  47.94 
 
 		 692 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.69 
 
 		 812 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.53 
 
 		 573 aa  488  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.41 
 
 		 814 aa  482  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.14 
 
 		 1050 aa  481  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.56 
 
 		 492 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  45.6 
 
 		 695 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.67 
 
 		 979 aa  462  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.01 
 
 		 1092 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  62.11 
 
 		 754 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.14 
 
 		 1086 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  43.01 
 
 		 1086 aa  458  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  44.5 
 
 		 695 aa  456  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.78 
 
 		 762 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  55.09 
 
 		 537 aa  444  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.02 
 
 		 688 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.03 
 
 		 864 aa  437  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  56.74 
 
 		 676 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.1 
 
 		 1165 aa  431  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  55.96 
 
 		 676 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  57.47 
 
 		 999 aa  428  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  45.44 
 
 		 1651 aa  427  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  45.24 
 
 		 646 aa  422  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  45.88 
 
 		 646 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  33.78 
 
 		 796 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  34.44 
 
 		 793 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.27 
 
 		 858 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.9 
 
 		 1646 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.79 
 
 		 951 aa  418  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.37 
 
 		 818 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.58 
 
 		 927 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.68 
 
 		 998 aa  412  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.39 
 
 		 1631 aa  410  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.83 
 
 		 830 aa  411  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.9 
 
 		 1224 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.88 
 
 		 889 aa  408  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.85 
 
 		 966 aa  405  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.75 
 
 		 845 aa  404  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.46 
 
 		 686 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.06 
 
 		 890 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  55.53 
 
 		 556 aa  400  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  55.33 
 
 		 772 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  39.05 
 
 		 691 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  38.8 
 
 		 691 aa  391  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.18 
 
 		 1067 aa  390  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  35.82 
 
 		 956 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  55.18 
 
 		 556 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.93 
 
 		 728 aa  387  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  37.12 
 
 		 827 aa  382  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  52 
 
 		 571 aa  377  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.79 
 
 		 689 aa  377  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.25 
 
 		 689 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 		 826 aa  372  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.66 
 
 		 727 aa  369  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  32.49 
 
 		 1036 aa  365  1e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.03 
 
 		 1076 aa  364  4e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.69 
 
 		 814 aa  363  6e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.88 
 
 		 688 aa  362  2e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  52.23 
 
 		 558 aa  361  3e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.63 
 
 		 727 aa  360  7e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.24 
 
 		 688 aa  360  8e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.58 
 
 		 688 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.64 
 
 		 622 aa  358  2.9999999999999997e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.14 
 
 		 708 aa  355  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2443  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.69 
 
 		 657 aa  355  2e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.89 
 
 		 625 aa  354  5e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2505  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.3 
 
 		 707 aa  352  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  33.07 
 
 		 858 aa  351  4e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3430  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.68 
 
 		 705 aa  347  5e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.15 
 
 		 795 aa  346  8e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.477207 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  51.9 
 
 		 743 aa  345  1e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.42 
 
 		 936 aa  345  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3138  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.04 
 
 		 647 aa  345  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.32 
 
 		 740 aa  344  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.4 
 
 		 1057 aa  345  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  49.62 
 
 		 416 aa  342  1e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 		 581 aa  342  2e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.32 
 
 		 946 aa  342  2e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>