122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0684 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0684  ribonuclease P protein component  100 
 
 		 113 aa  215  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.820887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0068  ribonuclease P protein component  93.81 
 
 		 242 aa  186  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.190277  decreased coverage  0.00398675 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0637  ribonuclease P protein component  83.93 
 
 		 113 aa  160  7e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150092  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3075  ribonuclease P protein  74.31 
 
 		 111 aa  127  7.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.194424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3704  ribonuclease P protein component  72.48 
 
 		 111 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7325  ribonuclease P protein component  70.54 
 
 		 136 aa  122  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0818  ribonuclease P protein component  77.53 
 
 		 95 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0069  ribonuclease P protein component  50.49 
 
 		 137 aa  90.5  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0641  ribonuclease P protein component  46.23 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1060  ribonuclease P protein component  48.54 
 
 		 137 aa  84.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.569481  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2721  ribonuclease P protein component  48.54 
 
 		 137 aa  84.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0959795 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3615  ribonuclease P protein component  48.57 
 
 		 106 aa  83.2  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.250922 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1200  ribonuclease P protein component  44.35 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00390619 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0080  ribonuclease P  48.04 
 
 		 132 aa  80.1  0.000000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1022  ribonuclease P  44.86 
 
 		 145 aa  79  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.358481  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0576  ribonuclease P protein component  41.03 
 
 		 162 aa  79  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0963  ribonuclease P  44.86 
 
 		 145 aa  77.8  0.00000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0873  ribonuclease P protein component  49.44 
 
 		 149 aa  77.4  0.00000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0356  ribonuclease P protein component  49.09 
 
 		 116 aa  77.4  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.274871  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5080  ribonuclease P protein component  44.35 
 
 		 138 aa  77  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.479331 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0454  ribonuclease P  48.54 
 
 		 129 aa  76.3  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0715455  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0081  ribonuclease P  45.92 
 
 		 133 aa  75.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.284943 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0096  ribonuclease P  44.12 
 
 		 133 aa  75.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0312  ribonuclease P protein component  40.57 
 
 		 145 aa  74.3  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5376  ribonuclease P protein  44.07 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827192  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1047  ribonuclease P  42.16 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.012443  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0006  ribonuclease P protein component  42.34 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0503027 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0459  ribonuclease P protein component  37.19 
 
 		 189 aa  67.8  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.751226 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3337  ribonuclease P protein  43.33 
 
 		 174 aa  65.9  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3327  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 		 227 aa  65.1  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.542591  normal  0.0367737 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0375  ribonuclease P  50 
 
 		 120 aa  62  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.174091  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0332  ribonuclease P protein component  50.65 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0641  ribonuclease P protein component  39.29 
 
 		 148 aa  61.6  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244598  normal  0.489939 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1362  ribonuclease P  46.15 
 
 		 141 aa  59.7  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2309  ribonuclease P protein component  46.09 
 
 		 169 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.820892  normal  0.100774 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3595  ribonuclease P protein component  45.68 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.183825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1922  ribonuclease P protein component  40 
 
 		 187 aa  58.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.239501  normal  0.549748 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2631  ribonuclease P protein component  43.33 
 
 		 165 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.88975  normal  0.0705179 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2352  ribonuclease P protein component  43.33 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.125747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3504  ribonuclease P protein component  44.07 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0439  hypothetical protein  34.29 
 
 		 119 aa  54.7  0.0000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00442765  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2151  ribonuclease P protein component  45.59 
 
 		 110 aa  54.3  0.0000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  32.11 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175953  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0300  ribonuclease P protein component  38.54 
 
 		 134 aa  53.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4151  ribonuclease P  32.73 
 
 		 116 aa  53.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0584  hypothetical protein  37.27 
 
 		 119 aa  52.8  0.000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000000877288  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0219  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 		 154 aa  52  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4431  ribonuclease P  28.7 
 
 		 113 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  28.3 
 
 		 115 aa  51.6  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00006762  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0857  ribonuclease P protein component  41.67 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3625  ribonuclease P protein component  36.79 
 
 		 135 aa  51.2  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.284043  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1629  ribonuclease P protein component  35.48 
 
 		 131 aa  51.2  0.000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4984  ribonuclease P protein component  39.32 
 
 		 122 aa  51.2  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_27030  ribonuclease P protein component  41.1 
 
 		 93 aa  51.2  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1790  ribonuclease P  31.13 
 
 		 111 aa  50.8  0.000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000276815  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3116  ribonuclease P protein  37.93 
 
 		 147 aa  49.7  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134216  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  28.57 
 
 		 123 aa  50.1  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  40.7 
 
 		 130 aa  48.9  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2139  ribonuclease P protein component  38.83 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23600  ribonuclease P protein component  34.33 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000731452  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  31.82 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0890  ribonuclease P protein component  39.77 
 
 		 180 aa  47.8  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0029715 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2141  ribonuclease P protein component  32.74 
 
 		 130 aa  47.8  0.00006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.154596 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0035  ribonuclease P protein component  33.65 
 
 		 116 aa  47.4  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.816345  normal  0.309207 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0034  ribonuclease P protein component  33.65 
 
 		 116 aa  47.4  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4360  ribonuclease P protein component  38.37 
 
 		 116 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4516  ribonuclease P protein component  42.05 
 
 		 116 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3561  ribonuclease P  26.85 
 
 		 121 aa  46.2  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4137  ribonuclease P protein component  30.12 
 
 		 107 aa  45.4  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0213874  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6077  ribonuclease P  37.82 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0418194  normal  0.134211 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9055  ribonuclease P protein  37.84 
 
 		 109 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00175664  normal  0.592231 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5095  ribonuclease P protein component  36.52 
 
 		 127 aa  46.2  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4960  ribonuclease P protein component  35.37 
 
 		 111 aa  45.4  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123477  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_38050  ribonuclease P protein component  39.24 
 
 		 91 aa  45.4  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2413  ribonuclease P  28.71 
 
 		 116 aa  45.4  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000205817  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1969  ribonuclease P protein component  34.86 
 
 		 130 aa  45.4  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.171336  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  42.19 
 
 		 120 aa  44.7  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4512  ribonuclease P protein component  39.51 
 
 		 120 aa  45.1  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00356165 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4027  ribonuclease P  29.63 
 
 		 115 aa  44.7  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.246151  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5280  ribonuclease P  28.32 
 
 		 115 aa  45.1  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00507948  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5674  ribonuclease P  27.43 
 
 		 115 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0640013  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3215  ribonuclease P protein component  36.59 
 
 		 114 aa  44.3  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0129  ribonuclease P  30.69 
 
 		 117 aa  44.3  0.0005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0829  ribonuclease P  38.26 
 
 		 124 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.861038 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  29.52 
 
 		 109 aa  44.3  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4497  ribonuclease P protein component  41.38 
 
 		 116 aa  44.3  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3433  ribonuclease P  33.82 
 
 		 116 aa  44.3  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000048083  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5638  ribonuclease P  27.68 
 
 		 115 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108517  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0408  ribonuclease P  25.74 
 
 		 109 aa  43.9  0.0007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5949  ribonuclease P protein component  38.55 
 
 		 132 aa  43.9  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3328  ribonuclease P protein component  31.51 
 
 		 113 aa  43.9  0.0007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0012018  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5414  ribonuclease P protein component  39.76 
 
 		 130 aa  43.9  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5614  ribonuclease P  24.77 
 
 		 115 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.234038  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5340  ribonuclease P  27.43 
 
 		 119 aa  43.5  0.0009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000509102  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5168  ribonuclease P  27.43 
 
 		 119 aa  43.5  0.0009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000202449  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5184  ribonuclease P  27.43 
 
 		 119 aa  43.5  0.0009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000560819  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5737  ribonuclease P  27.43 
 
 		 119 aa  43.5  0.0009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.123315  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5321  ribonuclease P  27.43 
 
 		 115 aa  43.5  0.0009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.852432 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5597  ribonuclease P  27.43 
 
 		 119 aa  43.5  0.0009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682  ribonuclease P protein component  32.88 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>