More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0660 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  100 
 
 
321 aa  638  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  86.92 
 
 
321 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  93.15 
 
 
321 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  80.62 
 
 
349 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  77.02 
 
 
322 aa  465  1e-130  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  78.57 
 
 
322 aa  457  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.36 
 
 
353 aa  453  1e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.8 
 
 
381 aa  383  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  60.82 
 
 
389 aa  371  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  60.9 
 
 
328 aa  363  1e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  6.12217e-07 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  60.5 
 
 
389 aa  356  3e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  60.82 
 
 
389 aa  356  4e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.37 
 
 
323 aa  355  6e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  62.35 
 
 
381 aa  354  1e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.38 
 
 
328 aa  354  1e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  59.38 
 
 
412 aa  353  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  55.06 
 
 
328 aa  352  4e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  55.06 
 
 
328 aa  352  4e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  57.23 
 
 
326 aa  348  5e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  56.04 
 
 
336 aa  343  3e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  59.75 
 
 
335 aa  341  8e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.01 
 
 
326 aa  339  3e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.11 
 
 
326 aa  333  3e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.83 
 
 
321 aa  326  3e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  58.18 
 
 
325 aa  318  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.32 
 
 
321 aa  306  3e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  49.06 
 
 
327 aa  297  2e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  49.84 
 
 
328 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  48.91 
 
 
329 aa  292  4e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.22 
 
 
328 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  49.22 
 
 
328 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  47.48 
 
 
327 aa  265  7e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  47.22 
 
 
340 aa  265  9e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.26 
 
 
330 aa  256  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  41.82 
 
 
332 aa  253  4e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  47.14 
 
 
318 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  49.67 
 
 
307 aa  248  8e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  51.3 
 
 
316 aa  241  2e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.45 
 
 
312 aa  231  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.39 
 
 
308 aa  215  9e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  41.12 
 
 
317 aa  211  9e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  37.54 
 
 
316 aa  208  8e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.72 
 
 
310 aa  208  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  40.46 
 
 
317 aa  206  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.36 
 
 
318 aa  205  9e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  40 
 
 
318 aa  198  8e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  34.38 
 
 
320 aa  198  1e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.83 
 
 
318 aa  195  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  33.75 
 
 
320 aa  194  2e-48  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.85 
 
 
319 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  37.99 
 
 
319 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  36.1 
 
 
340 aa  182  9e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  37.99 
 
 
319 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.91 
 
 
318 aa  179  5e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  42.86 
 
 
312 aa  178  8e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.99 
 
 
319 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.66 
 
 
319 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.66 
 
 
319 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.77 
 
 
294 aa  177  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.99 
 
 
319 aa  175  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  36.59 
 
 
319 aa  172  7e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.2 
 
 
320 aa  171  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  36.51 
 
 
366 aa  166  3e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.91 
 
 
314 aa  164  1e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.02 
 
 
319 aa  164  2e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  40 
 
 
375 aa  163  4e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.53 
 
 
345 aa  161  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
321 aa  162  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  2.70425e-05 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.19 
 
 
320 aa  162  1e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.73 
 
 
320 aa  159  9e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  33.98 
 
 
320 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  35.58 
 
 
319 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  35.58 
 
 
319 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.58 
 
 
319 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.58 
 
 
319 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  35.58 
 
 
319 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.54 
 
 
320 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  36.56 
 
 
312 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33 
 
 
312 aa  155  6e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  34.78 
 
 
334 aa  155  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  34.29 
 
 
334 aa  155  7e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
338 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  30.34 
 
 
338 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  37.86 
 
 
321 aa  153  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.87 
 
 
295 aa  153  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.39 
 
 
340 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.2 
 
 
295 aa  146  4e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  34.36 
 
 
334 aa  145  9e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.39 
 
 
320 aa  144  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.03 
 
 
340 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.4 
 
 
306 aa  142  1e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.14 
 
 
309 aa  140  2e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  3.70596e-05 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17671  predicted protein  29.88 
 
 
397 aa  141  2e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.659794  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
302 aa  140  2e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10440  NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G12790)  29.55 
 
 
382 aa  140  3e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00432444  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  37.29 
 
 
316 aa  140  4e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
301 aa  140  4e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  6.31185e-07 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
308 aa  140  4e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND01070  NADH dehydrogenase (ubiquinone), putative  35.51 
 
 
411 aa  140  4e-32  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.77 
 
 
296 aa  139  5e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>