270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0659 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0659  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 204 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.265112 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0174  3'-5' exonuclease  93.14 
 
 		 204 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0047  3'-5' exonuclease  90.69 
 
 		 204 aa  383  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0419  3'-5' exonuclease  89.71 
 
 		 204 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0179  3'-5' exonuclease  84.47 
 
 		 206 aa  358  3e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00803697  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0125  putative 3'-5' exonuclease family protein  83.82 
 
 		 204 aa  355  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00602859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0171  3'-5' exonuclease  82.04 
 
 		 206 aa  343  1e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5125  3'-5' exonuclease  76.35 
 
 		 207 aa  319  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0268839  normal  0.933758 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0068  3'-5' exonuclease  75.24 
 
 		 206 aa  314  6e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0572  3'-5' exonuclease  72.06 
 
 		 204 aa  310  1e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2425  3'-5' exonuclease  73.27 
 
 		 209 aa  306  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0196  3'-5' exonuclease  70.44 
 
 		 203 aa  305  3e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.950897 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5275  3'-5' exonuclease  72.06 
 
 		 204 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28449  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0155  3'-5' exonuclease  70.44 
 
 		 204 aa  300  8.000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.299764 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5922  3'-5' exonuclease  72.55 
 
 		 204 aa  300  9e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2497  3'-5' exonuclease  72.28 
 
 		 209 aa  299  2e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.325432  normal  0.308179 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2720  3'-5' exonuclease  71.78 
 
 		 209 aa  296  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.149721  normal  0.0609935 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0228  3'-5' exonuclease  67.98 
 
 		 203 aa  294  8e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0117  3'-5' exonuclease family protein  68.29 
 
 		 205 aa  293  1e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0135  3'-5' exonuclease  68.29 
 
 		 205 aa  291  4e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3589  3'-5' exonuclease  70.94 
 
 		 203 aa  291  5e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0120  3'-5' exonuclease family protein  67.8 
 
 		 205 aa  290  1e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3464  3'-5' exonuclease  68.29 
 
 		 208 aa  286  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3984  3'-5' exonuclease  68.29 
 
 		 205 aa  283  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1219  3'-5' exonuclease domain-containing protein  67 
 
 		 206 aa  277  9e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000485799  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0027  3'-5' exonuclease  64.71 
 
 		 204 aa  275  4e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.189554  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0120  ribonuclease D  65.85 
 
 		 208 aa  273  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.818192  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2609  3'-5' exonuclease  65.69 
 
 		 204 aa  271  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4028  3'-5' exonuclease  65.37 
 
 		 208 aa  271  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2813  3'-5' exonuclease  66.67 
 
 		 204 aa  271  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1152  ribonuclease D  66.67 
 
 		 204 aa  271  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4954  3'-5' exonuclease  66.67 
 
 		 205 aa  270  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.332898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2775  3'-5' exonuclease  66.18 
 
 		 204 aa  269  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0109  3'-5' exonuclease  64.71 
 
 		 204 aa  268  2.9999999999999997e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.378562  normal  0.35649 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2343  3'-5' exonuclease  65.85 
 
 		 205 aa  268  4e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.151538 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4358  3'-5' exonuclease  63.9 
 
 		 208 aa  264  8e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00583903 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0015  3'-5' exonuclease  63.37 
 
 		 206 aa  261  4.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0333  3'-5' exonuclease  64.36 
 
 		 210 aa  261  6e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.273167  normal  0.287022 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3251  3'-5' exonuclease  62.93 
 
 		 205 aa  257  7e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1011  3'-5' exonuclease family protein  59.31 
 
 		 204 aa  252  3e-66  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0881939  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2903  3'-5' exonuclease  63.73 
 
 		 205 aa  251  4.0000000000000004e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.865613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1669  3'-5' exonuclease  62.32 
 
 		 218 aa  251  6e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.335885  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0816  3'-5' exonuclease  59.9 
 
 		 216 aa  250  1e-65  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00362431  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0529  3'-5' exonuclease family protein  58.29 
 
 		 206 aa  242  1.9999999999999999e-63  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0878  3'-5' exonuclease  58.54 
 
 		 206 aa  237  8e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1914  3'-5' exonuclease  56.91 
 
 		 209 aa  214  7e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.194823 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0327  3'-5' exonuclease  55.05 
 
 		 213 aa  210  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3799  3'-5' exonuclease  51.46 
 
 		 209 aa  210  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.954695 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2509  3'-5' exonuclease  54.04 
 
 		 209 aa  209  2e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1621  3'-5' exonuclease  54.55 
 
 		 207 aa  204  6e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.169628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0678  3'-5' exonuclease  52.45 
 
 		 211 aa  201  8e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2246  3'-5' exonuclease  55.08 
 
 		 217 aa  198  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1147  3'-5' exonuclease  51 
 
 		 210 aa  197  7.999999999999999e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.546163 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1118  3'-5' exonuclease  51 
 
 		 210 aa  197  7.999999999999999e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1922  3'-5' exonuclease  55.75 
 
 		 214 aa  193  1e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0431536  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0407  3'-5' exonuclease  55 
 
 		 214 aa  192  3e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.23143  normal  0.475558 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1676  putative ribonuclease D  50.25 
 
 		 211 aa  187  5.999999999999999e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.137272  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17921  putative ribonuclease D  50 
 
 		 211 aa  186  3e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17051  putative ribonuclease D  51.08 
 
 		 214 aa  185  4e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17761  putative ribonuclease D  49.49 
 
 		 211 aa  184  6e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17711  putative ribonuclease D  46.6 
 
 		 213 aa  182  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.606229  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20321  putative ribonuclease D  45.79 
 
 		 214 aa  169  3e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1157  putative ribonuclease D  45.26 
 
 		 214 aa  167  7e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22631  putative ribonuclease D  52.26 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.528712 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1164  3'-5' exonuclease  42.11 
 
 		 550 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0638405  normal  0.521406 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  35.06 
 
 		 389 aa  93.2  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  37.11 
 
 		 393 aa  90.1  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  32.39 
 
 		 381 aa  89.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  33.96 
 
 		 385 aa  87.8  9e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  33.77 
 
 		 389 aa  87  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  35.71 
 
 		 392 aa  87.8  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  35.71 
 
 		 386 aa  86.7  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  36.49 
 
 		 392 aa  87  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  33.54 
 
 		 385 aa  86.3  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  34.13 
 
 		 392 aa  85.5  4e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  33.12 
 
 		 394 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  31.52 
 
 		 375 aa  84.7  8e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  33.55 
 
 		 386 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2009  ribonuclease D  36.25 
 
 		 362 aa  84.3  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.815664  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  33.12 
 
 		 395 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  33.77 
 
 		 384 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  31.65 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  34.9 
 
 		 405 aa  83.6  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  30.68 
 
 		 381 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  33.77 
 
 		 384 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  33.12 
 
 		 388 aa  83.2  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  33.55 
 
 		 399 aa  82.8  0.000000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  33.12 
 
 		 384 aa  82  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  28.98 
 
 		 384 aa  82  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  35.57 
 
 		 358 aa  82  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  34.42 
 
 		 381 aa  82  0.000000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  32.52 
 
 		 381 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2088  ribonuclease D  35 
 
 		 362 aa  79.7  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.227904  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  29.75 
 
 		 405 aa  79.7  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  31.41 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  30.68 
 
 		 385 aa  79  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  30.68 
 
 		 385 aa  79  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  31.41 
 
 		 382 aa  78.6  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  28.49 
 
 		 384 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  32.32 
 
 		 393 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>