More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0579 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  88.83 
 
 		 395 aa  720    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  100 
 
 		 395 aa  814    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  83.29 
 
 		 395 aa  691    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  74.68 
 
 		 395 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0035  putative beta-lactamase  73.8 
 
 		 397 aa  592  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  50.79 
 
 		 437 aa  423  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  57.7 
 
 		 389 aa  415  9.999999999999999e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2728  beta-lactamase  55.56 
 
 		 387 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.144324 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  56.14 
 
 		 395 aa  407  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  51.82 
 
 		 419 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2104  beta-lactamase  49.74 
 
 		 396 aa  378  1e-103  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3549  beta-lactamase  50.13 
 
 		 400 aa  365  1e-100  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0089  beta-lactamase  48.52 
 
 		 401 aa  355  5.999999999999999e-97  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3905  beta-lactamase  47.03 
 
 		 397 aa  352  5e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2901  beta-lactamase  49.05 
 
 		 760 aa  348  8e-95  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.453349  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2284  hypothetical protein  46.13 
 
 		 395 aa  336  5e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1441  putative 1,4-butanediol diacrylate esterase  45.7 
 
 		 395 aa  333  4e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00263583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0394  putative 1,4-butanediol diacrylate esterase  42.34 
 
 		 397 aa  306  3e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3473  beta-lactamase  41.09 
 
 		 392 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.407682 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3462  beta-lactamase  38.76 
 
 		 406 aa  279  5e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00219099  normal  0.0121501 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1072  beta-lactamase  40.26 
 
 		 410 aa  268  1e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.22387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  35.71 
 
 		 447 aa  238  1e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  34.66 
 
 		 433 aa  224  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  38.89 
 
 		 402 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  32.35 
 
 		 438 aa  209  7e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  35.01 
 
 		 414 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_88817  1,4-butanediol diacrylate esterase  32.63 
 
 		 418 aa  207  2e-52  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.642668 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05422  beta-lactamase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G07500)  35.37 
 
 		 415 aa  207  3e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.300599  normal  0.931508 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  35.99 
 
 		 454 aa  205  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  34.22 
 
 		 406 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_44235  predicted protein  32.07 
 
 		 397 aa  202  9e-51  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  34.48 
 
 		 414 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  32.56 
 
 		 419 aa  200  3e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  38.27 
 
 		 427 aa  199  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  34.93 
 
 		 414 aa  199  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  34.13 
 
 		 420 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  32.4 
 
 		 408 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  37.09 
 
 		 399 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  35.22 
 
 		 407 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  34.54 
 
 		 424 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  35.09 
 
 		 399 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  35.16 
 
 		 407 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  33.59 
 
 		 424 aa  194  2e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  32.36 
 
 		 445 aa  191  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  33.07 
 
 		 422 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  33.16 
 
 		 405 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  33.16 
 
 		 417 aa  190  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  32.77 
 
 		 370 aa  189  5e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  31.96 
 
 		 424 aa  189  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  32.18 
 
 		 427 aa  189  8e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  33.33 
 
 		 613 aa  189  9e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  32.9 
 
 		 424 aa  189  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  33.7 
 
 		 409 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  32.37 
 
 		 440 aa  189  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  33.51 
 
 		 405 aa  188  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  31.61 
 
 		 408 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  33.87 
 
 		 407 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  32.88 
 
 		 407 aa  186  8e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  32.37 
 
 		 418 aa  186  9e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  32.54 
 
 		 420 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  32.07 
 
 		 420 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  32.07 
 
 		 420 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  32.18 
 
 		 436 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  32.79 
 
 		 405 aa  180  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  34.16 
 
 		 422 aa  180  4.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  32.11 
 
 		 417 aa  179  5.999999999999999e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  31.28 
 
 		 407 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  32.12 
 
 		 411 aa  177  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  31.17 
 
 		 420 aa  177  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  33.09 
 
 		 426 aa  176  6e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  33.33 
 
 		 440 aa  176  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  31.93 
 
 		 425 aa  175  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  31.03 
 
 		 382 aa  176  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  30.94 
 
 		 411 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  31.69 
 
 		 411 aa  172  5.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  29.84 
 
 		 452 aa  172  7.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  30.63 
 
 		 438 aa  172  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  33.94 
 
 		 453 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  31.98 
 
 		 444 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  30.59 
 
 		 415 aa  170  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  32.58 
 
 		 437 aa  170  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  32.89 
 
 		 412 aa  169  6e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  31.88 
 
 		 401 aa  169  9e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  30.53 
 
 		 430 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  33.69 
 
 		 423 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  30.75 
 
 		 410 aa  164  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  31.81 
 
 		 435 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  32.27 
 
 		 401 aa  164  3e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  31.82 
 
 		 401 aa  163  6e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  31.82 
 
 		 401 aa  163  6e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  31.82 
 
 		 401 aa  162  8.000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2251  beta-lactamase  31.36 
 
 		 432 aa  162  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  31.32 
 
 		 401 aa  160  5e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  29.41 
 
 		 430 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  28.88 
 
 		 426 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1611  beta-lactamase  30.71 
 
 		 411 aa  158  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  31.27 
 
 		 400 aa  156  8e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  28.61 
 
 		 431 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0454  beta-lactamase  31.64 
 
 		 409 aa  150  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2525  beta-lactamase  29.33 
 
 		 377 aa  150  4e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>