144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0551 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0551  CarD family transcriptional regulator  100 
 
 		 429 aa  837    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0207185  normal  0.0758016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0278  transcription factor CarD  77.14 
 
 		 432 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.197745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0548  CarD family transcriptional regulator  88.29 
 
 		 365 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.300109  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0412  transcription factor CarD  68.56 
 
 		 283 aa  369  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.595911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0507  CarD family transcriptional regulator  89.25 
 
 		 259 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0122387  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7543  CarD family transcriptional regulator  86.19 
 
 		 278 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.330727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0489  transcriptional regulator, CarD family  90.73 
 
 		 278 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1371  transcriptional regulator, CarD family  69.02 
 
 		 456 aa  291  1e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.401785 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3708  CarD family transcriptional regulator  72.16 
 
 		 201 aa  286  7e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.378672 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3138  CarD family transcriptional regulator  74.25 
 
 		 368 aa  282  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0187  CarD family transcriptional regulator  68.5 
 
 		 206 aa  280  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1718  transcriptional regulator, CarD family  71.28 
 
 		 197 aa  279  6e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3379  CarD family transcriptional regulator  70.39 
 
 		 190 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000818177  n/a   
 
 
 
NC_010172  Mext_3880  transcription factor CarD  75.44 
 
 		 196 aa  273  6e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.260556  normal  0.0799721 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4190  transcriptional regulator, CarD family  74.85 
 
 		 196 aa  272  7e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.627659  normal  0.224383 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4805  CarD family transcriptional regulator  74.27 
 
 		 197 aa  271  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0268969  hitchhiker  0.000256244 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4337  transcriptional regulator, CarD family  75.76 
 
 		 198 aa  271  2e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.529688 
 
 
-
 
NC_004310  BR1766  transcriptional regulator, putative  69.32 
 
 		 191 aa  262  6.999999999999999e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000100794  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1702  putative transcriptional regulator  69.32 
 
 		 191 aa  262  6.999999999999999e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000176532  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3112  CarD family transcriptional regulator  69.19 
 
 		 189 aa  262  8.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.0000522164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1134  CarD family transcriptional regulator  71.08 
 
 		 193 aa  260  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000250032  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1694  CarD family transcriptional regulator  74.21 
 
 		 350 aa  260  3e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.132221 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4143  transcriptional regulator, CarD family  65.76 
 
 		 190 aa  258  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0239678  normal  0.0810654 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3814  transcriptional regulator, CarD family  65.76 
 
 		 190 aa  258  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4352  transcriptional regulator CarD family  69.19 
 
 		 223 aa  257  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0123  CarD family transcriptional regulator  64.91 
 
 		 192 aa  248  2e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3308  CarD family transcriptional regulator  74.48 
 
 		 172 aa  236  9e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000178714  normal  0.0560372 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2425  CarD family transcriptional regulator  69.75 
 
 		 169 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.0000259686  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1089  CarD family transcriptional regulator  69.75 
 
 		 169 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1557  CarD family transcriptional regulator  69.75 
 
 		 169 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0486007  normal  0.568097 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0786  transcriptional regulator  70.7 
 
 		 170 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.000100342  normal  0.0526342 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1825  CarD family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 169 aa  232  8.000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  unclonable  0.00000000000495809  normal  0.361852 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0576  CarD family transcriptional regulator  67.31 
 
 		 169 aa  229  7e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.0000000000504519  unclonable  0.0000000218406 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2296  CarD family transcriptional regulator  63.82 
 
 		 169 aa  213  4.9999999999999996e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000229013  normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4112  CarD family transcriptional regulator  61.01 
 
 		 170 aa  209  6e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00258914  normal  0.616295 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3537  CarD family transcriptional regulator  64.83 
 
 		 172 aa  207  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.92305  normal  0.183465 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0124  CarD family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 174 aa  207  4e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0247  CarD family transcriptional regulator  62.07 
 
 		 175 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.246568 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0079  CarD family transcriptional regulator  58.6 
 
 		 165 aa  196  7e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3091  CarD family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 266 aa  166  8e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0077  transcriptional regulator, CarD family  48.23 
 
 		 196 aa  138  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.449378  hitchhiker  0.00491109 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0104  putative transcriptional regulator  38.16 
 
 		 161 aa  108  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2498  CarD family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 171 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.860997  hitchhiker  0.00028149 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1271  CarD family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 171 aa  101  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0355661  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2592  transcriptional regulator, CarD family  33.33 
 
 		 171 aa  101  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0112448  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2685  transcriptional regulator, CarD family  33.33 
 
 		 171 aa  101  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.000114953  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0490  transcriptional regulator, CarD family  34.62 
 
 		 171 aa  101  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00257809 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3655  CarD family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 159 aa  100  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000563805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1561  CarD family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 171 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0294353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0185  CarD family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 158 aa  95.5  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164199  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2821  CarD family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 188 aa  95.1  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000911518  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0842  transcriptional regulator, CarD family  33.91 
 
 		 174 aa  94  5e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000502927  normal  0.471539 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0676  transcriptional regulator, CarD family  33.89 
 
 		 176 aa  89.4  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000026469  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1687  transcriptional regulator, CarD family  37.3 
 
 		 171 aa  89  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.613225  normal  0.385121 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2129  CarD family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 171 aa  87.4  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000417327  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1455  transcriptional regulator, CarD family  33.11 
 
 		 171 aa  86.7  7e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000871292  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3388  CarD family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 159 aa  86.3  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2164  transcriptional regulator, CarD family  32.43 
 
 		 153 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0184  CarD family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 158 aa  85.1  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000461905  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0392  transcriptional regulator, CarD family  32.48 
 
 		 158 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000362697  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4319  transcriptional regulator, CarD family  35.81 
 
 		 160 aa  84  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3676  CarD family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 158 aa  83.2  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4522  transcriptional regulator, CarD family  30.61 
 
 		 162 aa  82.8  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.76792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0164  transcriptional regulator, CarD family  33.11 
 
 		 161 aa  82.4  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.475576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0703  transcriptional regulator, CarD family  35.14 
 
 		 160 aa  81.6  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0540347  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2907  CarD family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 160 aa  80.9  0.00000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03770  transcriptional regulator, CarD family  34.81 
 
 		 160 aa  80.5  0.00000000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0832449  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4740  CarD family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 162 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4826  CarD family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 162 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.652741  normal  0.999363 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5126  CarD family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 162 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.593452 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4255  CarD family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 160 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0362  CarD family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 160 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0755625  hitchhiker  0.00187432 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0142  transcriptional regulator, CarD family  33.78 
 
 		 161 aa  78.2  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.432895  normal  0.208842 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5340  CarD family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 162 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1444  CarD family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 162 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.250117 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1065  CarD family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 153 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0695746  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13616  transcription factor  34.53 
 
 		 162 aa  77.4  0.0000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.392977 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0259  transcriptional regulator, CarD family  32.48 
 
 		 158 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000116082  normal  0.0229238 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2290  transcriptional regulator, putative  34.46 
 
 		 208 aa  77  0.0000000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0651  transcriptional regulator, CarD family  34 
 
 		 160 aa  76.6  0.0000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.058243  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00900  transcriptional regulator, CarD family  28.57 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.92061e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3335  CarD family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 158 aa  76.6  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.512684  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0970  transcription factor CarD  29.11 
 
 		 162 aa  76.3  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0421613  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2880  CarD family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 158 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0399  transcriptional regulator, CarD family  36.91 
 
 		 159 aa  75.9  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00433509  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2940  CarD family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 158 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2613  transcriptional regulator, CarD family  34.46 
 
 		 163 aa  75.1  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4262  transcription factor CarD  33.78 
 
 		 161 aa  75.1  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.102192 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1516  transcriptional regulator, CarD family  30.22 
 
 		 191 aa  75.5  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4692  CarD family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 161 aa  75.1  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.372756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0751  transcriptional_regulator  31.48 
 
 		 197 aa  75.1  0.000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.024387  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1560  transcriptional regulator, CarD family  29.25 
 
 		 158 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.879343  normal  0.22005 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0364  transcriptional regulator, CarD family  34.46 
 
 		 162 aa  74.3  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.376987  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3756  transcriptional regulator, CarD family  29.25 
 
 		 158 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3401  CarD family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 158 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4040  CarD family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 161 aa  74.3  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3681  transcriptional regulator, CarD family  29.93 
 
 		 158 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0786327  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3350  CarD family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 158 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3708  CarD family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 158 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.672649  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0501  CarD family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 163 aa  73.9  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>