More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0505 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0536  ATP-dependent helicase HrpB  83.43 
 
 		 825 aa  1353    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1838  ATP-dependent helicase HrpB  47.45 
 
 		 846 aa  657    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0458406  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0147  ATP-dependent helicase HrpB  53.53 
 
 		 818 aa  828    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.210088  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0595  ATP-dependent helicase HrpB  61.56 
 
 		 821 aa  852    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.420753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3275  ATP-dependent helicase HrpB  52.44 
 
 		 821 aa  798    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4735  ATP-dependent helicase HrpB  44.9 
 
 		 840 aa  642    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.784057  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3991  ATP-dependent helicase HrpB  52.61 
 
 		 821 aa  787    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6547  ATP-dependent helicase HrpB  62.96 
 
 		 823 aa  874    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.10181  normal  0.639209 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4801  ATP-dependent helicase HrpB  60.86 
 
 		 826 aa  911    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.510158 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7352  ATP-dependent helicase  76.96 
 
 		 824 aa  1271    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4320  ATP-dependent helicase HrpB  47.11 
 
 		 844 aa  650    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.043486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0067  DEAD box-like helicase  52.26 
 
 		 820 aa  788    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0419076  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1590  ATP-dependent helicase HrpB  55.87 
 
 		 825 aa  828    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0359  ATP-dependent helicase HrpB  76.04 
 
 		 872 aa  1250    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.508853 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09990  DEAH-box ATP-dependent helicase HrpB  48.97 
 
 		 838 aa  645    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.371307  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4935  ATP-dependent helicase HrpB  45.87 
 
 		 839 aa  638    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557516 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0192  ATP-dependent helicase HrpB  47.88 
 
 		 917 aa  637    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135151 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0559  ATP-dependent helicase HrpB  45.25 
 
 		 822 aa  642    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4651  ATP-dependent helicase HrpB  59.95 
 
 		 833 aa  925    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262977  normal  0.748056 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3081  ATP-dependent helicase HrpB  46.6 
 
 		 827 aa  666    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.895104  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0505  ATP-dependent helicase HrpB  100 
 
 		 870 aa  1701    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.967773 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1180  ATP-dependent helicase HrpB  46.14 
 
 		 828 aa  658    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.9477e-16 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7107  ATP-dependent helicase HrpB  61.92 
 
 		 850 aa  909    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4854  ATP-dependent helicase HrpB  82.53 
 
 		 877 aa  1372    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.951101 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1261  ATP-dependent helicase HrpB  53.8 
 
 		 825 aa  850    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0343419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0302  ATP-dependent helicase HrpB  88.62 
 
 		 825 aa  1457    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.204863 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0455  ATP-dependent helicase HrpB  76.61 
 
 		 829 aa  1255    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4808  ATP-dependent helicase HrpB  45.5 
 
 		 844 aa  637    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0516  ATP-dependent helicase HrpB  45.13 
 
 		 822 aa  637    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.355693 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4043  ATP-dependent helicase HrpB  52.79 
 
 		 821 aa  739    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0127  ATP-dependent helicase HrpB  54.57 
 
 		 832 aa  834    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00299316  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4284  ATP-dependent helicase HrpB  60.12 
 
 		 854 aa  882    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4319  ATP-dependent helicase HrpB  52.03 
 
 		 821 aa  780    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2129  ATP-dependent helicase HrpB  63.98 
 
 		 837 aa  981    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1148  ATP-dependent helicase HrpB  47.54 
 
 		 838 aa  645    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658712  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3449  ATP-dependent helicase HrpB  49.53 
 
 		 814 aa  655    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.206852 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0073  ATP-dependent helicase HrpB  45.75 
 
 		 824 aa  638    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2232  ATP-dependent helicase HrpB  46.5 
 
 		 842 aa  676    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0479151  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1349  ATP-dependent helicase HrpB  45.91 
 
 		 842 aa  633  1e-180  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.228837  hitchhiker  0.00000000348515 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0648  ATP-dependent helicase HrpB  45.76 
 
 		 842 aa  634  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242487  normal  0.649022 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1588  ATP-dependent helicase HrpB  46.26 
 
 		 847 aa  622  1e-177  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.41464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4648  ATP-dependent helicase HrpB  46.18 
 
 		 842 aa  621  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.052727  normal  0.20008 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2348  ATP-dependent helicase HrpB  44.86 
 
 		 842 aa  619  1e-176  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0669  ATP-dependent helicase HrpB  46.58 
 
 		 841 aa  616  1e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4772  ATP-dependent helicase HrpB  46.42 
 
 		 842 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0178797 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2470  ATP-dependent helicase HrpB  44.96 
 
 		 844 aa  609  1e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.590615  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1306  ATP-dependent helicase HrpB  44.28 
 
 		 900 aa  609  1e-173  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.493804  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3739  ATP-dependent helicase HrpB  46.11 
 
 		 844 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0098  ATP-dependent helicase HrpB  45.77 
 
 		 826 aa  608  9.999999999999999e-173  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.310548 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0976  ATP-dependent helicase HrpB  47.26 
 
 		 848 aa  602  1.0000000000000001e-171  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0156609  normal  0.918373 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0688  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.8 
 
 		 809 aa  599  1e-170  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0972793  normal  0.531464 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2580  ATP-dependent RNA helicase  45.97 
 
 		 834 aa  597  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262395  hitchhiker  0.0000513711 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3110  ATP-dependent helicase  38.94 
 
 		 826 aa  586  1e-166  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.924657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12630  putative ATP-dependent helicase  46.85 
 
 		 830 aa  588  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0665  ATP-dependent helicase protein, putative  44.01 
 
 		 832 aa  582  1e-164  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1083  ATP-dependent helicase HrpB  44.88 
 
 		 829 aa  579  1e-164  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220902 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0152  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.21 
 
 		 809 aa  577  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00171749  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3111  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.87 
 
 		 820 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3454  ATP-dependent helicase HrpB  43.2 
 
 		 824 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629145  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1355  ATP-dependent helicase HrpB  45.75 
 
 		 817 aa  572  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.166416  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2816  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.58 
 
 		 812 aa  562  1e-158  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2061  ATP-dependent helicase HrpB  43.04 
 
 		 837 aa  560  1e-158  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0816695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0640  ATP-dependent helicase HrpB  46.75 
 
 		 802 aa  561  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163213  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1035  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.95 
 
 		 825 aa  556  1e-157  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1001  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.99 
 
 		 853 aa  548  1e-154  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3464  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.99 
 
 		 829 aa  548  1e-154  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4194  ATP-dependent helicase HrpB  36.36 
 
 		 823 aa  544  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3335  ATP-dependent RNA helicase HrpB  40.88 
 
 		 834 aa  545  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.825067  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0554  ATP-dependent helicase HrpB  37.41 
 
 		 848 aa  540  9.999999999999999e-153  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.164012  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3458  ATP-dependent helicase HrpB  43.29 
 
 		 798 aa  540  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03444  ATP-dependent RNA helicase HrpB  38.06 
 
 		 833 aa  538  1e-151  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0585  ATP-dependent helicase HrpB  35.72 
 
 		 835 aa  535  1e-150  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3407  ATP-dependent helicase HrpB  38.23 
 
 		 835 aa  531  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.982669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2972  ATP-dependent helicase HrpB  38.5 
 
 		 838 aa  531  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0632  ATP-dependent helicase HrpB  37.8 
 
 		 835 aa  529  1e-148  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0623  ATP-dependent helicase HrpB  38.23 
 
 		 835 aa  526  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0622  ATP-dependent helicase HrpB  38.12 
 
 		 835 aa  526  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.53674 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0130  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.1 
 
 		 820 aa  513  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07780  ATP-dependent helicase HrpB  42.66 
 
 		 830 aa  514  1e-144  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3686  ATP-dependent helicase HrpB  35.84 
 
 		 856 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3124  ATP-dependent helicase HrpB  38.7 
 
 		 843 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000637258 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3165  ATP-dependent helicase HrpB  36.77 
 
 		 850 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0704  ATP-dependent helicase HrpB  37.04 
 
 		 869 aa  509  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1990  ATP-dependent helicase HrpB  43.12 
 
 		 843 aa  502  1e-140  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00135733  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41641  predicted protein  41.35 
 
 		 936 aa  497  1e-139  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.000692526 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3743  ATP-dependent helicase HrpB  35.3 
 
 		 856 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3271  ATP-dependent helicase HrpB  37.56 
 
 		 848 aa  496  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2322  ATP-dependent helicase HrpB  38.43 
 
 		 834 aa  488  1e-136  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.334263 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0582  ATP-dependent helicase HrpB  35.3 
 
 		 854 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3869  ATP-dependent helicase HrpB  35.3 
 
 		 849 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4786  ATP-dependent helicase HrpB  42.78 
 
 		 697 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1727  ATP-dependent helicase HrpB  41.66 
 
 		 856 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.69515  normal  0.01898 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4745  ATP-dependent helicase HrpB, putative  43.5 
 
 		 689 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.455139  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3972  ATP-dependent helicase HrpB  39.4 
 
 		 841 aa  462  9.999999999999999e-129  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.120133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02411  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.93 
 
 		 853 aa  454  1.0000000000000001e-126  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4302  ATP-dependent helicase HrpB  34.95 
 
 		 845 aa  444  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2491  ATP-dependent helicase  37.69 
 
 		 718 aa  443  1e-123  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.041451 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0369  ATP-dependent helicase HrpB  37.5 
 
 		 834 aa  442  9.999999999999999e-123  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2159  ATP-dependent helicase HrpB  44.15 
 
 		 853 aa  439  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0785  ATP-dependent helicase HrpB  40.96 
 
 		 880 aa  438  1e-121  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0363712  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>