More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0488 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0488  hypothetical protein  100 
 
 		 371 aa  717    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0338  hypothetical protein  72.78 
 
 		 365 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88474  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0549  protein of unknown function UPF0118  71.16 
 
 		 384 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0941477  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2083  hypothetical protein  59.6 
 
 		 356 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.84015  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2998  hypothetical protein  61.06 
 
 		 359 aa  393  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7289  hypothetical protein  56.41 
 
 		 353 aa  383  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.815912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0987  hypothetical protein  52.91 
 
 		 394 aa  379  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.89372 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3950  protein of unknown function UPF0118  52.15 
 
 		 360 aa  376  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1226  hypothetical protein  54.76 
 
 		 352 aa  377  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3492  hypothetical protein  53.01 
 
 		 387 aa  376  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.705437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0737  hypothetical protein  54.84 
 
 		 356 aa  373  1e-102  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.203827  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2549  hypothetical protein  52.48 
 
 		 352 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0020  hypothetical protein  56.23 
 
 		 358 aa  370  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29820  hypothetical protein  52.48 
 
 		 352 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0125581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3717  hypothetical protein  52.68 
 
 		 353 aa  359  4e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.396811  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2289  hypothetical protein  51.72 
 
 		 353 aa  359  5e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.864507  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3210  hypothetical protein  51.5 
 
 		 354 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.212604 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3980  hypothetical protein  54.14 
 
 		 352 aa  355  5.999999999999999e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3378  hypothetical protein  51.8 
 
 		 354 aa  355  1e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3249  hypothetical protein  55.56 
 
 		 350 aa  352  8e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.691639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4053  hypothetical protein  53.74 
 
 		 361 aa  348  6e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.920687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2207  hypothetical protein  52.49 
 
 		 354 aa  348  9e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3708  hypothetical protein  50.86 
 
 		 355 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.860776  normal  0.168874 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5533  hypothetical protein  51.46 
 
 		 355 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1830  hypothetical protein  51.9 
 
 		 354 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1855  hypothetical protein  51.6 
 
 		 354 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0258165 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4556  hypothetical protein  51.17 
 
 		 398 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3807  hypothetical protein  51.17 
 
 		 353 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.911463  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3531  hypothetical protein  51.91 
 
 		 354 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3717  hypothetical protein  51.17 
 
 		 350 aa  344  2e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0661403  normal  0.22421 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1653  hypothetical protein  52.48 
 
 		 362 aa  342  7e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.212682  normal  0.81767 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1821  hypothetical protein  55.56 
 
 		 381 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1907  protein of unknown function UPF0118  55.56 
 
 		 352 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.492921  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11000  hypothetical protein  48.53 
 
 		 346 aa  335  7.999999999999999e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0540  protein of unknown function UPF0118  49.28 
 
 		 349 aa  333  4e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2642  hypothetical protein  50 
 
 		 352 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00776691  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0289  hypothetical protein  50 
 
 		 352 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.700262  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0253  hypothetical protein  50 
 
 		 352 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.077494  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0937  PerM family permease  50 
 
 		 374 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2503  hypothetical protein  50 
 
 		 352 aa  332  6e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1436  hypothetical protein  50 
 
 		 352 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1633  hypothetical protein  50 
 
 		 352 aa  332  6e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0529  hypothetical protein  49.71 
 
 		 352 aa  331  1e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4411  protein of unknown function UPF0118  46.94 
 
 		 389 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2050  hypothetical protein  45.48 
 
 		 373 aa  327  2.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4931  hypothetical protein  50.58 
 
 		 353 aa  325  6e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.850306  normal  0.602485 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4130  hypothetical protein  46.36 
 
 		 406 aa  325  6e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4931  hypothetical protein  51.63 
 
 		 351 aa  323  4e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0826  hypothetical protein  44.51 
 
 		 369 aa  319  5e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.981363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3427  hypothetical protein  47.23 
 
 		 355 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2868  hypothetical protein  44.8 
 
 		 358 aa  303  4.0000000000000003e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.838475  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4988  hypothetical protein  46.77 
 
 		 347 aa  298  1e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0901  protein of unknown function UPF0118  45.62 
 
 		 365 aa  297  2e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2425  hypothetical protein  46.01 
 
 		 363 aa  297  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0460  hypothetical protein  48.67 
 
 		 352 aa  295  7e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.353952  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0400  hypothetical protein  48.67 
 
 		 372 aa  295  8e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.413713  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1267  protein of unknown function UPF0118  43.38 
 
 		 371 aa  278  1e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0792338  normal  0.0741439 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2012  protein of unknown function UPF0118  34.01 
 
 		 363 aa  192  1e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.578603 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0338  protein of unknown function UPF0118  34.6 
 
 		 363 aa  187  2e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1563  hypothetical protein  36.83 
 
 		 398 aa  179  5.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.78708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0203  hypothetical protein  33.54 
 
 		 362 aa  176  5e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2238  protein of unknown function UPF0118  33.03 
 
 		 379 aa  176  8e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.605073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1154  hypothetical protein  32.44 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000550105  normal  0.0344505 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2181  protein of unknown function UPF0118  34.04 
 
 		 376 aa  170  4e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00612132  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0491  hypothetical protein  31.05 
 
 		 359 aa  167  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0783  hypothetical protein  33.23 
 
 		 353 aa  158  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0228  hypothetical protein  32.23 
 
 		 356 aa  151  2e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0152  putative lipoprotein  31.7 
 
 		 361 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0292  hypothetical protein  28.37 
 
 		 391 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2573  membrane protein  31.47 
 
 		 361 aa  145  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0854  membrane protein  31.96 
 
 		 363 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0563046  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4731  hypothetical protein  29.7 
 
 		 359 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.226742  hitchhiker  0.00240822 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2679  hypothetical protein  33.74 
 
 		 352 aa  138  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0689913  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2709  hypothetical protein  29.97 
 
 		 362 aa  139  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4026  hypothetical protein  30 
 
 		 360 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2369  hypothetical protein  32.11 
 
 		 357 aa  138  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00120754  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0560  protein of unknown function UPF0118  27.96 
 
 		 339 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2229  hypothetical protein  28.53 
 
 		 392 aa  135  8e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2294  hypothetical protein  33.33 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2413  hypothetical protein  29.84 
 
 		 345 aa  132  7.999999999999999e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.480547  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2610  protein of unknown function UPF0118  28.66 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002589  predicted permease  30.29 
 
 		 361 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00334796  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1102  hypothetical protein  30.12 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00400546  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0582  hypothetical protein  29.14 
 
 		 367 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0275552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2311  protein of unknown function UPF0118  31.27 
 
 		 393 aa  125  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3189  protein of unknown function UPF0118  28.87 
 
 		 361 aa  124  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000846761  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2098  hypothetical protein  29.81 
 
 		 368 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2448  hypothetical protein  26.86 
 
 		 415 aa  124  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0466557  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0398  protein of unknown function UPF0118  32.75 
 
 		 425 aa  123  5e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.0034127  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03420  hypothetical protein  29.15 
 
 		 361 aa  122  8e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2601  hypothetical protein  30.37 
 
 		 352 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.99204  normal  0.455316 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1950  protein of unknown function UPF0118  27.37 
 
 		 346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.863146  normal  0.537489 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0916  protein of unknown function UPF0118  25.71 
 
 		 355 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.116301  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0810  protein of unknown function UPF0118  28.53 
 
 		 351 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0661  hypothetical protein  28.53 
 
 		 351 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2029  hypothetical protein  29.52 
 
 		 348 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.850073 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2676  hypothetical protein  29.64 
 
 		 388 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1868  hypothetical protein  36.32 
 
 		 399 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0467497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3082  protein of unknown function UPF0118  33.16 
 
 		 397 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2958  protein of unknown function UPF0118  29.39 
 
 		 339 aa  113  5e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>