More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0425 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0425  ribonuclease PH  100 
 
 		 237 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0395  ribonuclease PH  97.05 
 
 		 237 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0332  ribonuclease PH  96.19 
 
 		 237 aa  467  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0178765  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0325  ribonuclease PH  93.31 
 
 		 239 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0151  ribonuclease PH  91.98 
 
 		 237 aa  453  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0186  ribonuclease PH  91.98 
 
 		 237 aa  450  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0193  ribonuclease PH  91.56 
 
 		 237 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.238367 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2535  ribonuclease PH  78.39 
 
 		 237 aa  392  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4016  ribonuclease PH  73.53 
 
 		 238 aa  373  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.761364  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0173  ribonuclease PH  73.95 
 
 		 238 aa  369  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0167  ribonuclease PH  74.37 
 
 		 238 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.685694  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0397  ribonuclease PH  71.85 
 
 		 239 aa  365  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0182  ribonuclease PH  73.11 
 
 		 238 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0006  ribonuclease PH  72.27 
 
 		 239 aa  363  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.105449 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4763  ribonuclease PH  72.46 
 
 		 237 aa  361  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.125649  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3580  ribonuclease PH  72.15 
 
 		 238 aa  361  5.0000000000000005e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0006  ribonuclease PH  73 
 
 		 239 aa  361  6e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173681 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0010  ribonuclease PH  70.17 
 
 		 239 aa  356  1.9999999999999998e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000167054 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4253  ribonuclease PH  72.03 
 
 		 237 aa  355  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0469  ribonuclease PH  70.89 
 
 		 237 aa  353  1e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.221251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0401  ribonuclease PH  70.89 
 
 		 237 aa  350  1e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0434  ribonuclease PH  70.89 
 
 		 237 aa  350  1e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.197772  normal  0.874562 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2943  ribonuclease PH  71.73 
 
 		 237 aa  345  3e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.773664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2151  ribonuclease PH  67.93 
 
 		 237 aa  342  2.9999999999999997e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0778  ribonuclease PH  68.64 
 
 		 237 aa  340  1e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.225332  normal  0.269396 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3641  ribonuclease PH  63.29 
 
 		 240 aa  311  5.999999999999999e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0167  ribonuclease PH  64.14 
 
 		 242 aa  306  2.0000000000000002e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2872  ribonuclease PH  64.56 
 
 		 237 aa  305  3e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.51038  normal  0.0590595 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3463  ribonuclease PH  64.14 
 
 		 237 aa  300  9e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0973  ribonuclease PH  62.87 
 
 		 238 aa  299  3e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2446  ribonuclease PH  62.71 
 
 		 238 aa  298  4e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3851  ribonuclease PH  62.03 
 
 		 238 aa  298  6e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.92407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4386  ribonuclease PH  61.7 
 
 		 239 aa  296  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0782226 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3683  ribonuclease PH  61.86 
 
 		 239 aa  296  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0449428 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0043  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 238 aa  295  4e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2159  ribonuclease PH  60.76 
 
 		 238 aa  294  7e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0019254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1221  ribonuclease PH  61.86 
 
 		 241 aa  294  8e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0468806  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0010  ribonuclease PH  61.18 
 
 		 241 aa  294  9e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2882  ribonuclease PH  61.86 
 
 		 237 aa  294  9e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0207  ribonuclease PH  59.92 
 
 		 238 aa  293  1e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2474  ribonuclease PH  59.49 
 
 		 242 aa  292  2e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3006  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 238 aa  292  3e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0051  ribonuclease PH  59.75 
 
 		 243 aa  292  3e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.264051  normal  0.249454 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2589  ribonuclease PH  59.75 
 
 		 238 aa  292  4e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.704715  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3844  ribonuclease PH  59.07 
 
 		 237 aa  292  4e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0548  ribonuclease PH  59.49 
 
 		 238 aa  291  6e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0112  ribonuclease PH  58.65 
 
 		 237 aa  290  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1960  ribonuclease PH  60.76 
 
 		 238 aa  290  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0244748  normal  0.445772 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2280  ribonuclease PH  60.76 
 
 		 238 aa  290  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.865381 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2658  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 237 aa  290  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.624871  normal  0.811384 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2960  ribonuclease PH  60.59 
 
 		 239 aa  290  2e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.552332  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6110  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 239 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70420  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 239 aa  287  9e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0213  ribonuclease PH  60.76 
 
 		 240 aa  287  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3488  ribonuclease PH  57.81 
 
 		 237 aa  286  1e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0518  ribonuclease PH  62.93 
 
 		 246 aa  286  1e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02369  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 241 aa  287  1e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0997  ribonuclease PH  62.93 
 
 		 246 aa  286  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0957  ribonuclease PH  62.93 
 
 		 246 aa  286  1e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.88797  normal  0.461387 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0077  ribonuclease PH  60.34 
 
 		 240 aa  286  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3965  ribonuclease PH  61.18 
 
 		 238 aa  286  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0503837  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02850  ribonuclease PH  59.75 
 
 		 239 aa  285  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2403  ribonuclease PH  62.5 
 
 		 246 aa  285  4e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0319  ribonuclease PH  57.63 
 
 		 237 aa  285  4e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3270  ribonuclease PH  61.02 
 
 		 241 aa  285  4e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04048  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 237 aa  285  5e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3604  ribonuclease PH  57.63 
 
 		 237 aa  285  5e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0352  ribonuclease PH  57.63 
 
 		 237 aa  285  5e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.666936 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3777  ribonuclease PH  57.63 
 
 		 237 aa  285  5e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4105  ribonuclease PH  62.07 
 
 		 243 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12332  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0869  ribonuclease PH  61.64 
 
 		 246 aa  284  7e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0857  ribonuclease PH  61.64 
 
 		 246 aa  284  9e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4024  ribonuclease PH  64.41 
 
 		 243 aa  283  1.0000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4256  ribonuclease PH  57.2 
 
 		 237 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0179  ribonuclease PH  59.49 
 
 		 240 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.308415  hitchhiker  0.00000767641 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00648  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 240 aa  283  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001827  ribonuclease PH  57.81 
 
 		 238 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0308379  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5342  ribonuclease PH  59.49 
 
 		 240 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.452896  normal  0.0235575 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1629  ribonuclease PH  59.32 
 
 		 243 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.230363  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0378  ribonuclease PH  59.49 
 
 		 237 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0852  ribonuclease PH  60.59 
 
 		 238 aa  281  6.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159871  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5294  ribonuclease PH  59.07 
 
 		 240 aa  280  9e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.475514 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5202  ribonuclease PH  59.07 
 
 		 240 aa  280  9e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.883526  normal  0.399595 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0456  ribonuclease PH  56.78 
 
 		 237 aa  281  9e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5547  ribonuclease PH  59.07 
 
 		 240 aa  280  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376694 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0254  ribonuclease PH  60.59 
 
 		 238 aa  280  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1292  ribonuclease PH  59.49 
 
 		 238 aa  280  2e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0523013  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3479  ribonuclease PH  57.63 
 
 		 239 aa  279  3e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.36463 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1977  ribonuclease PH  61.37 
 
 		 242 aa  278  4e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.87042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2343  ribonuclease PH  61.37 
 
 		 242 aa  278  4e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1994  ribonuclease PH  56.6 
 
 		 235 aa  278  5e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1989  ribonuclease PH  56.6 
 
 		 235 aa  278  5e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0705  ribonuclease PH  60.85 
 
 		 241 aa  278  6e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.531661 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2311  ribonuclease PH  59.32 
 
 		 239 aa  278  6e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0320  ribonuclease PH  56.36 
 
 		 237 aa  278  6e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4282  ribonuclease PH  56.78 
 
 		 237 aa  278  7e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.887311  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4847  ribonuclease PH  62.45 
 
 		 238 aa  277  8e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.104243  hitchhiker  0.00000603572 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0066  ribonuclease PH  55.08 
 
 		 238 aa  277  1e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3024  ribonuclease PH  58.05 
 
 		 243 aa  276  2e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4144  ribonuclease PH  62.45 
 
 		 238 aa  276  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00364124  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>