More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0418 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  84.71 
 
 		 242 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  75.72 
 
 		 243 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  51.05 
 
 		 242 aa  248  8e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  37.71 
 
 		 245 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  36.67 
 
 		 246 aa  145  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 248 aa  143  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 248 aa  143  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 240 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  33.47 
 
 		 240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  33.47 
 
 		 240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 241 aa  121  9e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  34.19 
 
 		 240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  32.2 
 
 		 243 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 242 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  33.91 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  31.78 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  31.78 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  33.03 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  33.03 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  33.03 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.03 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 230 aa  108  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 321 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  31.53 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.56 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 246 aa  106  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.56 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 245 aa  106  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.56 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.56 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.56 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  32.55 
 
 		 246 aa  105  8e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.73 
 
 		 425 aa  104  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.84 
 
 		 394 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  33.02 
 
 		 250 aa  103  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  33.78 
 
 		 254 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  30.26 
 
 		 236 aa  101  9e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  35.42 
 
 		 251 aa  101  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 231 aa  101  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 248 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  29.83 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  32.19 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  27.78 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  36.9 
 
 		 253 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  30.93 
 
 		 243 aa  99.8  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  30.53 
 
 		 230 aa  99.8  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  30.54 
 
 		 239 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  29.57 
 
 		 247 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  29.86 
 
 		 246 aa  97.1  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  33 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 245 aa  96.7  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 247 aa  96.7  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 245 aa  96.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 250 aa  96.7  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 245 aa  96.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  30.43 
 
 		 247 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  26.39 
 
 		 245 aa  95.5  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 260 aa  95.5  7e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 235 aa  95.1  8e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 235 aa  95.1  8e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  33.67 
 
 		 244 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  32.89 
 
 		 236 aa  94  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  34.41 
 
 		 244 aa  94  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  26.51 
 
 		 245 aa  94  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 268 aa  93.2  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  32.97 
 
 		 213 aa  93.2  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 262 aa  92.8  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 239 aa  93.2  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  34.07 
 
 		 206 aa  92.4  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 		 237 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  30.65 
 
 		 247 aa  92  7e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  37.04 
 
 		 237 aa  92  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  37.04 
 
 		 237 aa  92  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  28.64 
 
 		 242 aa  91.7  9e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  31.8 
 
 		 235 aa  91.3  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  33.17 
 
 		 244 aa  90.9  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 		 237 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 237 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 237 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 237 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 247 aa  89.4  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 247 aa  89.4  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 247 aa  89.4  5e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  29.76 
 
 		 248 aa  89  6e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.98 
 
 		 241 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.98 
 
 		 237 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>