More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0390 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0390  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 		 237 aa  480  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0431  16S rRNA methyltransferase GidB  87.07 
 
 		 233 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0295  16S rRNA methyltransferase GidB  81.64 
 
 		 223 aa  339  2e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408188  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0289  16S rRNA methyltransferase GidB  71.24 
 
 		 234 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0104  16S rRNA methyltransferase GidB  73.74 
 
 		 260 aa  307  9e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0166  16S rRNA methyltransferase GidB  73.23 
 
 		 222 aa  301  7.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.851437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0096  16S rRNA methyltransferase GidB  70.19 
 
 		 277 aa  298  5e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.118813 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1655  methyltransferase GidB  50.51 
 
 		 211 aa  176  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145416  normal  0.36216 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1835  16S rRNA methyltransferase GidB  47.6 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0884797  normal  0.317572 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1863  methyltransferase GidB  48.48 
 
 		 211 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0828096 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1584  methyltransferase GidB  48.48 
 
 		 211 aa  169  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.047924 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1027  methyltransferase GidB  44.81 
 
 		 212 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.707991  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4092  methyltransferase GidB  47.5 
 
 		 211 aa  168  6e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.295538  normal  0.0121134 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1409  methyltransferase GidB  46.83 
 
 		 212 aa  167  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302587  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3470  16S rRNA methyltransferase GidB  47.45 
 
 		 210 aa  167  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1275  methyltransferase GidB  44.02 
 
 		 226 aa  165  6.9999999999999995e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1980  16S rRNA methyltransferase GidB  45.13 
 
 		 213 aa  155  5.0000000000000005e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2060  16S rRNA methyltransferase GidB  45.13 
 
 		 213 aa  154  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.774916  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3203  16S rRNA methyltransferase GidB  42.93 
 
 		 213 aa  153  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0860  16S rRNA methyltransferase GidB  44.1 
 
 		 213 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5025  methyltransferase GidB  39.35 
 
 		 221 aa  148  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.692099 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4255  16S rRNA methyltransferase GidB  44.16 
 
 		 205 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.412528  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4387  16S rRNA methyltransferase GidB  42.13 
 
 		 211 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1286  methyltransferase GidB  43.01 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2589  methyltransferase GidB  45.24 
 
 		 219 aa  139  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.103455 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3929  16S rRNA methyltransferase GidB  42.13 
 
 		 205 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.441954 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3626  glucose inhibited division protein  44.44 
 
 		 201 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0201  methyltransferase GidB  43.81 
 
 		 211 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0012  16S rRNA methyltransferase GidB  36.73 
 
 		 215 aa  132  6.999999999999999e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.017889  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3456  methyltransferase GidB  40.31 
 
 		 195 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1938  methyltransferase GidB  42.19 
 
 		 209 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.599081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2665  methyltransferase GidB  41.26 
 
 		 208 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102332  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2866  methyltransferase GidB  39.34 
 
 		 205 aa  126  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0426802  normal  0.092936 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0005  methyltransferase GidB  38.89 
 
 		 193 aa  124  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2962  methyltransferase GidB  38.65 
 
 		 207 aa  122  6e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1228  putative GidB, glucose inhibited division protein  40.1 
 
 		 206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2889  methyltransferase GidB  39.58 
 
 		 206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2405  methyltransferase GidB  41.38 
 
 		 217 aa  93.6  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.897894  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2847  methyltransferase GidB  32.06 
 
 		 217 aa  85.9  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.165278 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0051  16S rRNA methyltransferase GidB  33.55 
 
 		 255 aa  85.1  8e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0180  16S rRNA methyltransferase GidB  38.18 
 
 		 236 aa  84  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235371  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2855  methyltransferase GidB  35.26 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9051  16S rRNA methyltransferase GidB  32.37 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0166723  normal  0.835328 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3365  16S rRNA methyltransferase GidB  36.77 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.653683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3754  methyltransferase GidB  29.02 
 
 		 219 aa  81.6  0.000000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0139272 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  32.32 
 
 		 239 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0135  methyltransferase GidB  33.7 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4508  methyltransferase GidB  29.38 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0275677 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2553  methyltransferase GidB  33.55 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000314957  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3112  16S rRNA methyltransferase GidB  35.86 
 
 		 237 aa  79  0.00000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.26699  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2156  methyltransferase GidB  35.53 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3590  methyltransferase GidB  30.68 
 
 		 226 aa  79  0.00000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6482  methyltransferase GidB  34.22 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0936076 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3084  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.247732  unclonable  0.0000000260442 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5784  16S rRNA methyltransferase GidB  32.9 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0206259 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9385  S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase involved in cell division-like protein  29.89 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4980  methyltransferase GidB  33.78 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0001  methyltransferase GidB  37.06 
 
 		 209 aa  75.9  0.0000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0073145  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1318  methyltransferase GidB  33.12 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0582047 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39750  glucose-inhibited division protein B  32.04 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.201257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4588  16S rRNA methyltransferase GidB  34.97 
 
 		 242 aa  75.5  0.0000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.188204  hitchhiker  0.000465387 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5408  16S rRNA methyltransferase GidB  32.05 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  32.05 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0894552  normal  0.113174 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0833  16S rRNA methyltransferase GidB  31.65 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4492  methyltransferase GidB  33.53 
 
 		 215 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  35.39 
 
 		 218 aa  75.1  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0693  methyltransferase GidB  27.95 
 
 		 201 aa  74.3  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.108298  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18741  16S rRNA methyltransferase GidB  31.21 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.947759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2216  16S rRNA methyltransferase GidB  36.13 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5091  methyltransferase GidB  36.11 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7094  methyltransferase GidB  34.27 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  30.37 
 
 		 216 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113806  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5305  16S rRNA methyltransferase GidB  30.37 
 
 		 216 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0807  16S rRNA methyltransferase GidB  26.11 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5441  16S rRNA methyltransferase GidB  30.37 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2126  16S rRNA methyltransferase GidB  32.53 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2147  methyltransferase GidB  32.97 
 
 		 241 aa  73.2  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1812  glucose inhibited division protein  32.79 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0197  16S rRNA methyltransferase GidB  32.53 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5410  methyltransferase GidB  33.77 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3932  16S rRNA methyltransferase GidB  28.97 
 
 		 216 aa  72.4  0.000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000765398 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0911  16S rRNA methyltransferase GidB  33.68 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3967  16S rRNA methyltransferase GidB  34.16 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  30.37 
 
 		 216 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  30.98 
 
 		 214 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  30.43 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4356  methyltransferase GidB  33.73 
 
 		 215 aa  71.6  0.000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1005  16S rRNA methyltransferase GidB  27.09 
 
 		 235 aa  71.2  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2407  16S rRNA methyltransferase GidB  27.22 
 
 		 240 aa  71.2  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4011  glucose inhibited division protein B  28.64 
 
 		 223 aa  71.6  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.256555 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1035  16S rRNA methyltransferase GidB  33 
 
 		 238 aa  71.2  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.943257  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23540  methyltransferase GidB  29.45 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  36.13 
 
 		 214 aa  70.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4511  methyltransferase GidB  33.13 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0042  methyltransferase GidB  32.95 
 
 		 219 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7334  16S rRNA methyltransferase GidB  30.19 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.665559 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1731  methyltransferase GidB  30.05 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.365067  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3374  methyltransferase GidB  31.18 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3294  methyltransferase GidB  35.14 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1441  16S rRNA methyltransferase GidB  28.85 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>