91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0387 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 
342 aa  670    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  87.46 
 
 
343 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  91.81 
 
 
342 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  71.55 
 
 
342 aa  501  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  70.97 
 
 
342 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  71.26 
 
 
342 aa  481  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  69.79 
 
 
342 aa  484  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  45.29 
 
 
342 aa  264  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  44.87 
 
 
338 aa  253  3e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  42.11 
 
 
340 aa  248  1e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  43.31 
 
 
342 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  42.57 
 
 
343 aa  247  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  42.27 
 
 
343 aa  243  3e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  44.55 
 
 
345 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  42.61 
 
 
343 aa  241  9e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  41.28 
 
 
342 aa  227  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  39.42 
 
 
388 aa  224  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  38.84 
 
 
347 aa  222  6e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  36.23 
 
 
347 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  37.5 
 
 
345 aa  202  5e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  34.88 
 
 
347 aa  202  7e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  35.47 
 
 
343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  35.07 
 
 
346 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  35.65 
 
 
346 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  33.91 
 
 
347 aa  173  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  32.25 
 
 
342 aa  159  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  32.87 
 
 
350 aa  145  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  35.8 
 
 
347 aa  136  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0639  DNA polymerase III subunit delta  31.27 
 
 
337 aa  125  7e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.858672 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  32.15 
 
 
334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  29.74 
 
 
350 aa  96.3  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  26.35 
 
 
342 aa  93.2  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  32.61 
 
 
341 aa  90.1  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000100325 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  28.86 
 
 
342 aa  86.3  7e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  25.39 
 
 
334 aa  82.4  0.00000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  25.97 
 
 
334 aa  80.1  0.00000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  26.84 
 
 
340 aa  75.1  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  28.79 
 
 
340 aa  74.7  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  27.51 
 
 
330 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2496  DNA polymerase III, delta  27.22 
 
 
330 aa  74.3  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3137  DNA polymerase III, delta  26.47 
 
 
330 aa  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  hitchhiker  0.0000037205 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  24.37 
 
 
329 aa  64.3  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0409  DNA polymerase III, delta subunit  26.8 
 
 
343 aa  64.3  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  23.73 
 
 
329 aa  63.9  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0364  hypothetical protein  20.37 
 
 
330 aa  63.2  0.000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  23.47 
 
 
345 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  25.63 
 
 
346 aa  59.7  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3591  DNA polymerase III, delta subunit  26.99 
 
 
328 aa  59.3  0.00000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.490351  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  27.38 
 
 
348 aa  59.3  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3018  DNA polymerase III, delta subunit  27.22 
 
 
343 aa  59.3  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  24.67 
 
 
345 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  24.67 
 
 
345 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  24.67 
 
 
351 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  23.01 
 
 
331 aa  55.8  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  23.39 
 
 
351 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07750  DNA polymerase III, delta subunit  29.52 
 
 
330 aa  53.1  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.648586 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  23.9 
 
 
330 aa  53.1  0.000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  27.15 
 
 
344 aa  53.1  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1404  DNA polymerase III, delta subunit  27.37 
 
 
389 aa  52.8  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1004  DNA polymerase III subunit delta  28.17 
 
 
348 aa  52.8  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4174  DNA polymerase III subunit delta  23.94 
 
 
336 aa  50.8  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0277234  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2931  DNA polymerase III, delta subunit  22.52 
 
 
343 aa  50.8  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118412  decreased coverage  0.00725914 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2068  DNA polymerase III, delta subunit  24.07 
 
 
335 aa  50.1  0.00006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4222  DNA polymerase III subunit delta  23.4 
 
 
336 aa  48.5  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00283981  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4060  DNA polymerase III subunit delta  23.4 
 
 
336 aa  48.1  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4070  DNA polymerase III subunit delta  23.4 
 
 
336 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.091796  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0179  DNA polymerase III, delta subunit  25.69 
 
 
331 aa  48.1  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3050  DNA polymerase III subunit delta  22.87 
 
 
336 aa  48.5  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.132953  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4345  DNA polymerase III subunit delta  23.4 
 
 
336 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000369985 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0794  DNA polymerase III subunit delta  22.91 
 
 
336 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.307001  hitchhiker  0.0000000000929908 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4548  DNA polymerase III subunit delta  23.4 
 
 
336 aa  48.5  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4456  DNA polymerase III subunit delta  23.4 
 
 
336 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000585392  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4442  DNA polymerase III subunit delta  22.91 
 
 
336 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000347151  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1577  DNA polymerase III, delta subunit  26.67 
 
 
336 aa  47  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.475992  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4404  DNA polymerase III subunit delta  22.87 
 
 
336 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0402  DNA polymerase III, delta subunit  27.7 
 
 
338 aa  45.4  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.745977  normal  0.62254 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2865  DNA polymerase III, delta subunit  21.4 
 
 
343 aa  45.8  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00085099  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2086  DNA polymerase III, delta subunit  22.93 
 
 
332 aa  45.8  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11707  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  24.9 
 
 
334 aa  45.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4181  DNA polymerase III subunit delta  25.73 
 
 
327 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3075  DNA polymerase III, delta subunit  27.05 
 
 
315 aa  44.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000036033  hitchhiker  0.00284668 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4220  DNA polymerase III subunit delta  25.73 
 
 
327 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0460  DNA polymerase III, delta subunit  23.78 
 
 
338 aa  43.9  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0203  DNA polymerase III, delta subunit  24.38 
 
 
334 aa  43.5  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  24.86 
 
 
338 aa  43.5  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  23.81 
 
 
345 aa  43.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1587  DNA polymerase III, delta subunit  27.27 
 
 
333 aa  43.1  0.006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1655  DNA polymerase III, delta subunit  23.33 
 
 
328 aa  43.1  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.61853  hitchhiker  0.00217926 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1679  DNA polymerase III subunit delta  22.22 
 
 
324 aa  42.7  0.008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348184  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3192  DNA polymerase III, delta subunit  25.12 
 
 
354 aa  43.1  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000207223  normal  0.0841532 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1644  DNA polymerase III subunit delta  22.22 
 
 
324 aa  42.7  0.008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.240012  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>