More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0329 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0574  malonyl-CoA synthase  65.53 
 
 		 504 aa  670    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0836  malonyl-CoA synthase  67.21 
 
 		 510 aa  685    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.141452  normal  0.0577882 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0802  malonyl-CoA synthase  67.95 
 
 		 510 aa  684    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756606  normal  0.0286315 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1480  malonyl-CoA synthase  66.08 
 
 		 509 aa  652    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000189244 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2797  malonyl-CoA synthase  75.1 
 
 		 518 aa  776    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.676577 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0220  malonyl-CoA synthase  86.08 
 
 		 503 aa  874    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601636  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0329  malonyl-CoA synthase  100 
 
 		 511 aa  1042    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5138  malonyl-CoA synthase  67.81 
 
 		 510 aa  704    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.809655  normal  0.695279 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0245  malonyl-CoA synthase  81.27 
 
 		 504 aa  805    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0395238 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0483  malonyl-CoA synthase  89.26 
 
 		 503 aa  902    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3600  malonyl-CoA synthase  77.53 
 
 		 505 aa  794    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3408  malonyl-CoA synthase  62.45 
 
 		 504 aa  651    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0226  malonyl-CoA synthase  82.38 
 
 		 508 aa  861    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0526846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1586  malonyl-CoA synthase  66 
 
 		 506 aa  668    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7251  malonyl-CoA synthase  68.85 
 
 		 507 aa  697    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1719  malonyl-CoA synthase  68.73 
 
 		 503 aa  702    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.982236 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  65.79 
 
 		 504 aa  672    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0876  malonyl-CoA synthase  67.21 
 
 		 510 aa  684    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768548 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6034  malonyl-CoA synthase  67.46 
 
 		 507 aa  678    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224104  normal  0.165563 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0616  malonyl-CoA synthase  65.53 
 
 		 504 aa  660    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.562715  normal  0.268093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0518  malonyl-CoA synthase  69.71 
 
 		 509 aa  681    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2999  malonyl-CoA synthase  59.64 
 
 		 506 aa  608  1e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2492  malonyl-CoA synthase  57.2 
 
 		 504 aa  578  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3834  malonyl-CoA synthase  55.98 
 
 		 504 aa  574  1.0000000000000001e-162  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.610168  normal  0.151644 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1041  malonyl-CoA synthase  57.83 
 
 		 501 aa  567  1e-160  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.200492  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2794  malonyl-CoA synthase  58.53 
 
 		 517 aa  565  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.71549  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2702  malonyl-CoA synthase  57.95 
 
 		 501 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0670195 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3566  malonyl-CoA synthase  60.04 
 
 		 503 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.676985  normal  0.895128 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  58.22 
 
 		 512 aa  559  1e-158  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2771  malonyl-CoA synthase  55.92 
 
 		 536 aa  555  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.594073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2870  malonyl-CoA synthase  58.4 
 
 		 506 aa  556  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.689672  normal  0.236454 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0996  malonyl-CoA synthase  57.47 
 
 		 519 aa  553  1e-156  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2094  malonyl-CoA synthase  57.14 
 
 		 506 aa  554  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0754737  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0422  malonyl-CoA synthase  57.47 
 
 		 526 aa  551  1e-155  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1080  malonyl-CoA synthase  57.26 
 
 		 519 aa  549  1e-155  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.261639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0648  malonyl-CoA synthase  58.19 
 
 		 517 aa  543  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2538  malonyl-CoA synthase  54.71 
 
 		 511 aa  542  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1293  malonyl-CoA synthase  57.51 
 
 		 510 aa  540  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00112545 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1515  malonyl-CoA synthase  53.18 
 
 		 539 aa  533  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.624521  normal  0.177064 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1101  malonyl-CoA synthase  55.91 
 
 		 530 aa  534  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2752  malonyl-CoA synthase  54.16 
 
 		 547 aa  531  1e-149  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0433908 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  55.4 
 
 		 501 aa  528  1e-149  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1925  malonyl-CoA synthase  55.87 
 
 		 500 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0631  malonyl-CoA synthase  53.07 
 
 		 507 aa  506  9.999999999999999e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3119  malonyl-CoA synthase  55.95 
 
 		 485 aa  494  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.646837  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  42.28 
 
 		 507 aa  356  5e-97  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  42.56 
 
 		 504 aa  345  2e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  41.03 
 
 		 502 aa  343  5e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1867  AMP-dependent synthetase and ligase  38.59 
 
 		 507 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  37.47 
 
 		 510 aa  297  2e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.04 
 
 		 514 aa  290  6e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2136  AMP-dependent synthetase and ligase  35.25 
 
 		 493 aa  286  5e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.98 
 
 		 512 aa  286  5e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 		 518 aa  286  5e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.38 
 
 		 513 aa  286  7e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2184  AMP-dependent synthetase and ligase  35.25 
 
 		 493 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.944129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 		 539 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.75 
 
 		 521 aa  283  5.000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  36.69 
 
 		 499 aa  281  2e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  36.49 
 
 		 498 aa  278  2e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.292337 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  36.04 
 
 		 521 aa  277  3e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.02 
 
 		 510 aa  276  5e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.23 
 
 		 510 aa  276  8e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1330  AMP-dependent synthetase and ligase  34.75 
 
 		 502 aa  276  9e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.982491 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.82 
 
 		 510 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0079  AMP-dependent synthetase and ligase  38.39 
 
 		 553 aa  275  1.0000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.737985 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 492 aa  275  1.0000000000000001e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.02 
 
 		 510 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  38.27 
 
 		 510 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.82 
 
 		 510 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.82 
 
 		 510 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  36.62 
 
 		 499 aa  274  2.0000000000000002e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.82 
 
 		 510 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.82 
 
 		 510 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.02 
 
 		 510 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.82 
 
 		 510 aa  274  3e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 512 aa  273  6e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.62 
 
 		 561 aa  273  7e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 561 aa  273  7e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.2 
 
 		 582 aa  271  1e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.2 
 
 		 563 aa  271  1e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.2 
 
 		 561 aa  271  2e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.2 
 
 		 563 aa  271  2e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.65 
 
 		 561 aa  271  2e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  37.65 
 
 		 512 aa  271  2.9999999999999997e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  34.11 
 
 		 500 aa  270  5e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 551 aa  270  5e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 559 aa  268  1e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  31.84 
 
 		 569 aa  268  2e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  33.67 
 
 		 495 aa  267  2.9999999999999995e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.215812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 		 522 aa  267  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  34.38 
 
 		 516 aa  266  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.01 
 
 		 582 aa  266  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  34.33 
 
 		 544 aa  266  5.999999999999999e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.01 
 
 		 563 aa  266  8e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.01 
 
 		 563 aa  266  8e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 508 aa  266  8e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.23 
 
 		 561 aa  266  8e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  31.58 
 
 		 557 aa  265  2e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 566 aa  264  3e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>