More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0296 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0296  thioredoxin  100 
 
 		 306 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0166723 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0456  thioredoxin  92.48 
 
 		 306 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666195  normal  0.0589835 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0268  thioredoxin  86.93 
 
 		 306 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0306  putative thioredoxin  78.18 
 
 		 305 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351153 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0264  thioredoxin-related  77.12 
 
 		 305 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0081  thioredoxin-related  69.45 
 
 		 310 aa  434  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0073  thioredoxin-related  70.51 
 
 		 336 aa  410  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1982  thioredoxin  57.29 
 
 		 317 aa  333  2e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00653306  normal  0.106397 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3272  thioredoxin  56.55 
 
 		 326 aa  333  3e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315754  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  59.06 
 
 		 302 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5188  thioredoxin  58.39 
 
 		 302 aa  328  6e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3284  thioredoxin  56 
 
 		 320 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3775  thioredoxin  54.11 
 
 		 324 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4245  thioredoxin  54.11 
 
 		 334 aa  323  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.902531  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0837  thioredoxin  53.44 
 
 		 329 aa  321  7e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24068  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0893  thioredoxin  53.44 
 
 		 324 aa  321  8e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3045  thioredoxin  53.58 
 
 		 330 aa  318  9e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4099  thioredoxin  52.05 
 
 		 324 aa  315  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.809641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2208  Thioredoxin domain  55.41 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210633  normal  0.190287 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1865  thioredoxin  55.63 
 
 		 306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.938725 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2251  thioredoxin domain-containing protein  54.95 
 
 		 302 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.285443 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2526  Thioredoxin domain  54.95 
 
 		 302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1312  thioredoxin  55.14 
 
 		 302 aa  302  5.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.968155  hitchhiker  0.00158392 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0835  thioredoxin  56.06 
 
 		 304 aa  299  4e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0466449 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2792  thioredoxin  53.57 
 
 		 307 aa  285  5e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.336164  normal  0.284427 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3711  thioredoxin-related  45.71 
 
 		 312 aa  267  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2894  thioredoxin  47.16 
 
 		 304 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.225286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0139  thioredoxin  49.5 
 
 		 304 aa  262  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.47686 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0054  thioredoxin domain-containing protein  46.28 
 
 		 311 aa  262  4.999999999999999e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.621806 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0422  thioredoxin-related  47.77 
 
 		 306 aa  261  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2938  thioredoxin  47.42 
 
 		 315 aa  261  1e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1489  thioredoxin domain-containing protein  49.16 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481302  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0035  thioredoxin domain protein  45.42 
 
 		 303 aa  259  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000613737 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4590  thioredoxin  51.9 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.315091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2254  Thioredoxin domain  46.1 
 
 		 338 aa  251  9.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.708544  normal  0.526752 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2371  thioredoxin domain-containing protein  48.03 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2127  thioredoxin domain-containing protein  42.52 
 
 		 311 aa  235  8e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  42.51 
 
 		 282 aa  199  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3667  thioredoxin domain-containing protein  41.52 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0743  thioredoxin  42.16 
 
 		 282 aa  192  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0822  thioredoxin  39.24 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606093  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  40.56 
 
 		 282 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.695523 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0266  thioredoxin  38.1 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2636  thioredoxin  39.24 
 
 		 280 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5898  thioredoxin  39.16 
 
 		 282 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.769716  normal  0.516195 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0730  thioredoxin  38.46 
 
 		 282 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2665  thioredoxin-related  41.87 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1818  thioredoxin  38.54 
 
 		 293 aa  177  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314014 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2527  thioredoxin  37.84 
 
 		 293 aa  177  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0179199 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2590  thioredoxin  37.76 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2566  thioredoxin  38.11 
 
 		 282 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1955  thioredoxin  38.11 
 
 		 282 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180401  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2485  thioredoxin  37.76 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194267 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2614  thioredoxin  37.76 
 
 		 282 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0519  thioredoxin  39.93 
 
 		 280 aa  169  5e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  36.36 
 
 		 281 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  35.31 
 
 		 281 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  33.8 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0903  thioredoxin  38.11 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0719  thioredoxin  39.02 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0060777  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0906  thioredoxin  38.11 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0661  thioredoxin domain-containing protein  37.76 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3279  thioredoxin  36.63 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  35.19 
 
 		 290 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0779  putative thioredoxin protein  37.22 
 
 		 280 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.297357  decreased coverage  0.00262303 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  34.84 
 
 		 290 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  34.03 
 
 		 290 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  35.19 
 
 		 290 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  34.49 
 
 		 287 aa  163  4.0000000000000004e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  34.49 
 
 		 290 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3931  thioredoxin  36.3 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1063  thioredoxin  37.76 
 
 		 918 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460797  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3035  thioredoxin-related  35.11 
 
 		 274 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1547  thioredoxin  34.2 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2376  thioredoxin-related  36.33 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.036483  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  34.15 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0198  thioredoxin  33.76 
 
 		 326 aa  156  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  34.6 
 
 		 289 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3331  thioredoxin  30.66 
 
 		 287 aa  155  8e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.108459  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4561  thioredoxin  35.64 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.712523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  34.6 
 
 		 287 aa  152  7e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0943  thioredoxin domain-containing protein  34.46 
 
 		 286 aa  152  8e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1276  thioredoxin domain protein  34.32 
 
 		 337 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0993  thioredoxin  37.73 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3232  thioredoxin domain-containing protein  36.15 
 
 		 285 aa  151  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.941804  normal  0.328637 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1535  thioredoxin  31.83 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  32.3 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  35.19 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0364  thioredoxin domain-containing protein  35.14 
 
 		 312 aa  145  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000110184 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5094  thioredoxin  33.12 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.443129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4628  thioredoxin  33.77 
 
 		 341 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2614  thioredoxin family protein  35.48 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06670  Thioredoxin protein  33.8 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.697288  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0294  putative thioredoxin protein  37.17 
 
 		 314 aa  144  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.918989  normal  0.0369237 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2125  thioredoxin  33.22 
 
 		 286 aa  143  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1467  thioredoxin  34.51 
 
 		 268 aa  142  6e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00581  Thioredoxin domain-containing protein  31.71 
 
 		 289 aa  142  9e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0664  Thioredoxin domain protein  38.65 
 
 		 282 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000362321  hitchhiker  0.00000255831 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3864  thioredoxin domain-containing protein  33.11 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  31.94 
 
 		 285 aa  139  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>