287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0256 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0256  rRNA large subunit methyltransferase  100 
 
 		 160 aa  320  7e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0568  rRNA large subunit methyltransferase  93.75 
 
 		 185 aa  281  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0162  rRNA large subunit methyltransferase  86.25 
 
 		 160 aa  266  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0416  rRNA large subunit methyltransferase  78.12 
 
 		 160 aa  252  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.852231 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0523  rRNA large subunit methyltransferase  78.62 
 
 		 160 aa  246  8e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.238061  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0164  rRNA large subunit methyltransferase  80.62 
 
 		 160 aa  245  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0447  rRNA large subunit methyltransferase  77.36 
 
 		 160 aa  239  1e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399021  normal  0.903772 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4731  rRNA large subunit methyltransferase  58.49 
 
 		 162 aa  184  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14241  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4221  rRNA large subunit methyltransferase  56.6 
 
 		 162 aa  180  8.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.567617  normal  0.0594421 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0100  rRNA large subunit methyltransferase  58.13 
 
 		 164 aa  174  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.465557 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4277  rRNA large subunit methyltransferase  51.25 
 
 		 160 aa  166  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1059  rRNA large subunit methyltransferase  53.12 
 
 		 160 aa  164  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3883  rRNA large subunit methyltransferase  50.94 
 
 		 160 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.320389  normal  0.0327662 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4207  rRNA large subunit methyltransferase  50.31 
 
 		 160 aa  159  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0647  rRNA large subunit methyltransferase  52.2 
 
 		 160 aa  157  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0130752 
 
 
-
 
NC_004310  BR1840  rRNA large subunit methyltransferase  49.43 
 
 		 174 aa  156  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3014  rRNA large subunit methyltransferase  50.62 
 
 		 160 aa  156  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0634983  normal  0.903693 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1773  rRNA large subunit methyltransferase  50.3 
 
 		 169 aa  156  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2933  rRNA large subunit methyltransferase  50.62 
 
 		 170 aa  155  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1475  hypothetical protein  47.5 
 
 		 160 aa  155  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.710814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2564  rRNA large subunit methyltransferase  56.25 
 
 		 165 aa  150  8e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00528144 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2289  rRNA large subunit methyltransferase  56.25 
 
 		 165 aa  150  8e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.080755 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0866  rRNA large subunit methyltransferase  51.57 
 
 		 155 aa  148  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0322  rRNA large subunit methyltransferase  44.65 
 
 		 160 aa  147  6e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2517  rRNA large subunit methyltransferase  50.31 
 
 		 155 aa  147  7e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2526  rRNA large subunit methyltransferase  50.94 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.631198  normal  0.935869 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0155  rRNA large subunit methyltransferase  49.69 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2061  rRNA large subunit methyltransferase  54.37 
 
 		 160 aa  144  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2505  rRNA large subunit methyltransferase  46.54 
 
 		 156 aa  143  8.000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2246  rRNA large subunit methyltransferase  57.5 
 
 		 165 aa  141  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.37412  normal  0.418544 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3453  rRNA large subunit methyltransferase  47.8 
 
 		 159 aa  140  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0088  rRNA large subunit methyltransferase  47.17 
 
 		 156 aa  137  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0114414  normal  0.53865 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2794  hypothetical protein  45.91 
 
 		 156 aa  129  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0057  hypothetical protein  42.77 
 
 		 141 aa  115  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0378  hypothetical protein  46.81 
 
 		 137 aa  114  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4722  rRNA large subunit methyltransferase  42.24 
 
 		 154 aa  113  8.999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.108427 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2545  hypothetical protein  41.61 
 
 		 140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146464  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1235  hypothetical protein  42.5 
 
 		 152 aa  112  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3202  hypothetical protein  40 
 
 		 154 aa  107  9.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  2.69553e-19  unclonable  6.7014e-24 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1993  rRNA large subunit methyltransferase  44.1 
 
 		 156 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350093  normal  0.83098 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0613  rRNA large subunit methyltransferase  42.14 
 
 		 147 aa  106  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1242  rRNA large subunit methyltransferase  50.96 
 
 		 135 aa  105  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1082  protein of unknown function DUF163  42.41 
 
 		 152 aa  106  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0576  hypothetical protein  41.51 
 
 		 142 aa  106  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262239 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3859  protein of unknown function DUF163  40.51 
 
 		 154 aa  105  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.161132 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2393  rRNA large subunit methyltransferase  43.48 
 
 		 156 aa  105  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3775  protein of unknown function DUF163  39.87 
 
 		 154 aa  104  6e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000455884  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2576  hypothetical protein  38.61 
 
 		 156 aa  102  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709351  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3208  hypothetical protein  40.51 
 
 		 153 aa  101  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0200038  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2195  rRNA large subunit methyltransferase  42.86 
 
 		 156 aa  101  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1551  hypothetical protein  42.86 
 
 		 158 aa  100  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.923861  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0655  protein of unknown function DUF163  33.33 
 
 		 157 aa  99.8  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0362  hypothetical protein  38.18 
 
 		 156 aa  98.6  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2326  rRNA large subunit methyltransferase  35.15 
 
 		 159 aa  98.2  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000881248  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0291  protein of unknown function DUF163  34.71 
 
 		 160 aa  97.8  5e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0186032  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0979  rRNA large subunit methyltransferase  39.02 
 
 		 156 aa  97.1  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0360  rRNA large subunit methyltransferase  32.73 
 
 		 159 aa  96.7  1e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.615006  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5626  rRNA large subunit methyltransferase  39.88 
 
 		 156 aa  96.3  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2216  rRNA large subunit methyltransferase  39.26 
 
 		 156 aa  96.7  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2069  rRNA large subunit methyltransferase  36.81 
 
 		 156 aa  96.7  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.608211  normal  0.214177 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08411  hypothetical protein  32.28 
 
 		 157 aa  96.3  1e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2322  rRNA large subunit methyltransferase  39.26 
 
 		 156 aa  95.9  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.810756  normal  0.749932 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0024  hypothetical protein  37.97 
 
 		 146 aa  95.9  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.820161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1687  rRNA large subunit methyltransferase  39.26 
 
 		 156 aa  95.9  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2337  rRNA large subunit methyltransferase  39.26 
 
 		 156 aa  95.9  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.390809  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2299  rRNA large subunit methyltransferase  39.26 
 
 		 156 aa  95.9  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3264  rRNA large subunit methyltransferase  36.81 
 
 		 156 aa  95.5  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2927  rRNA large subunit methyltransferase  32.12 
 
 		 159 aa  95.5  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2610  rRNA large subunit methyltransferase  32.12 
 
 		 159 aa  95.5  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0024  rRNA large subunit methyltransferase  31.93 
 
 		 159 aa  95.1  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000287275  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2126  protein of unknown function DUF163  35.98 
 
 		 156 aa  95.1  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.933959  normal  0.0354668 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0024  rRNA large subunit methyltransferase  31.93 
 
 		 159 aa  95.1  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000337367  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1070  rRNA large subunit methyltransferase  37.2 
 
 		 156 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503879  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2139  hypothetical protein  37.65 
 
 		 154 aa  94.7  5e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.895316  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1889  rRNA large subunit methyltransferase  37.2 
 
 		 156 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.841126  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1379  rRNA large subunit methyltransferase  37.2 
 
 		 156 aa  94.4  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.588338  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0797  rRNA large subunit methyltransferase  37.2 
 
 		 156 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1226  rRNA large subunit methyltransferase  37.2 
 
 		 156 aa  94.4  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0353  rRNA large subunit methyltransferase  37.2 
 
 		 156 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389517  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2090  rRNA large subunit methyltransferase  33.33 
 
 		 157 aa  94.7  5e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1235  rRNA large subunit methyltransferase  37.2 
 
 		 156 aa  94.4  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1010  rRNA large subunit methyltransferase  37.2 
 
 		 156 aa  94.4  6e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1296  rRNA large subunit methyltransferase  36.2 
 
 		 156 aa  94  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433807  normal  0.073248 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3612  hypothetical protein  36.71 
 
 		 152 aa  94.4  7e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000547821  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2080  rRNA large subunit methyltransferase  36.42 
 
 		 155 aa  93.2  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0544  protein of unknown function DUF163  38.61 
 
 		 155 aa  92.4  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0073  protein of unknown function DUF163  32.73 
 
 		 159 aa  92.8  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00804321  normal  0.0154947 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3630  protein of unknown function DUF163  34.81 
 
 		 153 aa  92  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000133759  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2894  protein of unknown function DUF163  31.93 
 
 		 159 aa  92  3e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.577579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19420  hypothetical protein  32.72 
 
 		 156 aa  92  3e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000114035 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16031  hypothetical protein  38.71 
 
 		 150 aa  92.4  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09451  hypothetical protein  35.48 
 
 		 145 aa  91.7  4e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.499948  normal  0.0862143 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0780  rRNA large subunit methyltransferase  39.39 
 
 		 159 aa  91.3  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.329962  normal  0.230436 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0556  rRNA large subunit methyltransferase  32.74 
 
 		 159 aa  90.9  6e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_2001  rRNA large subunit methyltransferase  33.33 
 
 		 159 aa  90.9  7e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.554964  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1512  rRNA large subunit methyltransferase  32.32 
 
 		 155 aa  90.5  7e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000386318  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0291  rRNA large subunit methyltransferase  31.55 
 
 		 159 aa  90.5  9e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.191259  normal  0.200135 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1287  hypothetical protein  37.5 
 
 		 144 aa  89.7  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1137  protein of unknown function DUF163  33.96 
 
 		 145 aa  90.1  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.240121  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0845  protein of unknown function DUF163  37.65 
 
 		 155 aa  89.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0190186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>