More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0193 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0193  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
327 aa  671    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0064  helix-turn-helix, AraC type  88.42 
 
 
318 aa  544  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.585972  normal  0.173321 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 
300 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 
296 aa  90.5  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  30.67 
 
 
291 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  32.74 
 
 
318 aa  86.7  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 
291 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 
304 aa  85.9  8e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  28.48 
 
 
295 aa  85.9  8e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 
305 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  32.12 
 
 
306 aa  85.1  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 
293 aa  85.1  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 
292 aa  83.6  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 
291 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  40.95 
 
 
331 aa  81.6  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 
291 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 
295 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  31.48 
 
 
291 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 
291 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 
291 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 
304 aa  77  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 
338 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2022  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 
311 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00965402  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  27.75 
 
 
346 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 
307 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  30.14 
 
 
309 aa  76.3  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  27.32 
 
 
296 aa  76.3  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 
296 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 
312 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 
322 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  41.12 
 
 
287 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  26.78 
 
 
316 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 
291 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  40.45 
 
 
327 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 
300 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 
293 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 
278 aa  74.3  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  23.65 
 
 
285 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 
160 aa  73.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
300 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 
204 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 
303 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 
293 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  28.18 
 
 
304 aa  72.4  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 
291 aa  72.4  0.000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  28.18 
 
 
293 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  46.84 
 
 
336 aa  72  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  36.11 
 
 
360 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  33.02 
 
 
337 aa  72.4  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 
360 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 
522 aa  72  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 
316 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
301 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 
307 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 
350 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
301 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
301 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 
290 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6896  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 
275 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.770331  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0309  transcriptional regulator  35.23 
 
 
320 aa  70.5  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312356  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 
279 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  36.27 
 
 
330 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  31.61 
 
 
409 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  31.61 
 
 
409 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
261 aa  70.1  0.00000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 
519 aa  70.1  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 
462 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  27.75 
 
 
303 aa  70.1  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
296 aa  70.1  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 
306 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 
306 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  37.36 
 
 
330 aa  69.3  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 
306 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 
289 aa  69.3  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 
409 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  29.38 
 
 
292 aa  68.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 
361 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 
288 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 
202 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  25.25 
 
 
297 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 
312 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3772  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  34.34 
 
 
198 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 
299 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  34.34 
 
 
257 aa  68.2  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 
157 aa  68.2  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
301 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 
294 aa  68.2  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 
330 aa  67.8  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1537  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 
370 aa  68.6  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  33.93 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  34.74 
 
 
265 aa  67.8  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 
285 aa  68.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  35.04 
 
 
293 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 
143 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  37.14 
 
 
316 aa  67.4  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  36.17 
 
 
291 aa  67.4  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  35.04 
 
 
303 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 
188 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>