More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0175 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0175  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
278 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.419307  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.73 
 
 
278 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.198934  normal  0.328694 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.42 
 
 
278 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.519096  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.81 
 
 
278 aa  291  8e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.247305  normal  0.0147322 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0638  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.62 
 
 
295 aa  280  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.36 
 
 
273 aa  276  3e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.63709  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1084  putative sugar ABC transporter, permease protein  56.23 
 
 
273 aa  272  5.000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1181  sugar ABC transporter, permease protein, putative  56.23 
 
 
273 aa  264  1e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301869  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5330  ABC transporter  48.12 
 
 
274 aa  256  4e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3552  hypothetical protein  48.69 
 
 
270 aa  252  6e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60541  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7591  ABC transporter membrane spanning protein  45.9 
 
 
275 aa  245  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2917  ABC-type sugar transport system, permease component  44.57 
 
 
273 aa  212  3.9999999999999995e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
270 aa  210  2e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.668515  normal  0.267306 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3420  proteophosphoglycan ppg4  42.91 
 
 
272 aa  210  2e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.257772  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
272 aa  210  2e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00685083  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
270 aa  209  4e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
273 aa  209  5e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0956  monosaccharide-transporting ATPase  43.18 
 
 
277 aa  199  3e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0922285  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1636  sugar ABC transporter, permease  39.85 
 
 
277 aa  198  7e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1901  sugar ABC transporter, permease protein  39.85 
 
 
277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.682079  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
275 aa  194  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
300 aa  193  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
310 aa  192  4e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29030  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.22 
 
 
275 aa  191  8e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
297 aa  190  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000227991  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 
275 aa  190  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21170  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.02 
 
 
302 aa  188  7e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.281989  normal  0.140209 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
301 aa  188  9e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
321 aa  187  1e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0784866  normal  0.30892 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
295 aa  187  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.574995  hitchhiker  0.00173435 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
300 aa  187  1e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17142  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
315 aa  186  3e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
311 aa  186  4e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00417428  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
274 aa  186  4e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270796  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7693  putative transmembrane permease component of ABC transporter  37.26 
 
 
286 aa  185  5e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
281 aa  185  8e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
285 aa  185  8e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
271 aa  185  8e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
290 aa  183  3e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.787566  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0478  ABC transporter, permease protein  37.88 
 
 
275 aa  183  3e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18870  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.47 
 
 
319 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.858818  normal  0.355174 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
307 aa  182  7e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.861609 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.85 
 
 
268 aa  181  9.000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.353997  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
275 aa  180  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1482  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.75 
 
 
272 aa  180  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00114182  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
283 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0788706  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1314  ABC transporter, permease protein  37.09 
 
 
273 aa  179  4.999999999999999e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.85 
 
 
279 aa  178  7e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.179988  hitchhiker  0.00000184258 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
273 aa  178  8e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.256296  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
278 aa  178  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.482027  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29880  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.09 
 
 
304 aa  178  9e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
287 aa  178  9e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
307 aa  178  1e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.556058 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
278 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.716321  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2532  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.53 
 
 
275 aa  177  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
299 aa  177  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
296 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.982521  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
284 aa  176  3e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.354053  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2199  monosaccharide-transporting ATPase  36.47 
 
 
269 aa  176  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.139368  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
304 aa  175  6e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
306 aa  175  6e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.250656  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 
324 aa  175  8e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00882  L-arabinose transport system permease protein AraQ  36.94 
 
 
278 aa  175  8e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0407955  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3574  Monosaccharide-transporting ATPase  36.1 
 
 
290 aa  175  8e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.83 
 
 
299 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
299 aa  174  9.999999999999999e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0163331  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
298 aa  174  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2681  Monosaccharide-transporting ATPase  36.65 
 
 
278 aa  173  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.515759  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7346  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  35.61 
 
 
278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
297 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1550  MalG-type ABC sugar transport system permease component  36.33 
 
 
308 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
286 aa  172  5e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.143013 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
290 aa  172  5.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.3 
 
 
277 aa  172  5.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000457855  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
294 aa  172  6.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000948808  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
275 aa  172  6.999999999999999e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05110  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.27 
 
 
295 aa  172  6.999999999999999e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3392  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  37.01 
 
 
278 aa  172  7.999999999999999e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.196448  normal  0.954202 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3639  monosaccharide-transporting ATPase  37.46 
 
 
292 aa  171  7.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
299 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0352539  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12076  sugar ABC transporter membrane protein  38.52 
 
 
280 aa  171  9e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.58 
 
 
290 aa  171  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2231  Monosaccharide-transporting ATPase  37.3 
 
 
271 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
303 aa  171  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.659062  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0497  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
306 aa  171  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000825086 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
271 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00314445 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2748  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.19 
 
 
306 aa  170  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.925228  normal  0.18236 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2023  Monosaccharide-transporting ATPase  39.33 
 
 
295 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000143411  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03070  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.33 
 
 
296 aa  170  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.386443  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
284 aa  170  3e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
294 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.466926 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05240  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.77 
 
 
312 aa  170  3e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
295 aa  169  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4398  Monosaccharide-transporting ATPase  38.43 
 
 
281 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000709548  normal  0.804646 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
274 aa  169  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
308 aa  169  5e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.47 
 
 
272 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
308 aa  169  5e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.013285 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1548  monosaccharide-transporting ATPase  38.52 
 
 
278 aa  168  9e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>