More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0162 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2415  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  79.9 
 
 
779 aa  1293    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0162  TonB-dependent iron siderophore receptor  100 
 
 
778 aa  1578    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1973  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  72.97 
 
 
783 aa  1146    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41369  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2354  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  85.93 
 
 
778 aa  1384    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548378  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4191  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  46.99 
 
 
734 aa  621  1e-176  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398881  normal  0.278972 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3446  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  39.91 
 
 
717 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.494808  decreased coverage  0.00031135 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4591  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  38.83 
 
 
743 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.880102  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1935  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  37.31 
 
 
722 aa  420  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1440  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  36.06 
 
 
685 aa  344  2.9999999999999997e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0111178  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3623  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  29.27 
 
 
669 aa  231  4e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4004  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.18 
 
 
681 aa  207  6e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.371484 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  27.03 
 
 
676 aa  207  7e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3327  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.75 
 
 
688 aa  204  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0926253  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0966  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.28 
 
 
696 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942987  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20010  heme uptake outer membrane receptor HasR precursor  26.45 
 
 
891 aa  193  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0486368  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1720  heme uptake outer membrane receptor HasR precursor  26.11 
 
 
885 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95463  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1814  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.08 
 
 
892 aa  187  6e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.290251  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3338  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.31 
 
 
696 aa  187  9e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000719833  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1054  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.06 
 
 
696 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000147815  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1411  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.77 
 
 
892 aa  183  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3235  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.92 
 
 
695 aa  182  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000386167  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3669  heme transport protein  26.87 
 
 
697 aa  181  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0790  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  25.54 
 
 
690 aa  179  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000110471  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1021  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.73 
 
 
696 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000037848  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0952  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.36 
 
 
696 aa  170  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000391517  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4086  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.28 
 
 
783 aa  162  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3894  TonB-dependent heme receptor HasR  26.28 
 
 
830 aa  162  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1017  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.93 
 
 
704 aa  162  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0112436  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0130  TonB-dependent heme receptor HasR  26.13 
 
 
830 aa  159  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0672  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.71 
 
 
694 aa  158  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41127  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.76 
 
 
661 aa  152  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4857  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  25.64 
 
 
660 aa  146  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.803267 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3802  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  25.33 
 
 
660 aa  144  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.241464 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2132  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  26.38 
 
 
689 aa  128  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100193  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1602  TonB-dependent receptor, plug  25.26 
 
 
652 aa  121  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4195  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.11 
 
 
849 aa  121  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3801  TonB-dependent hemin receptor HmuR  23.69 
 
 
676 aa  120  7.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0122148  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3889  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.69 
 
 
676 aa  120  7.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000356309  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3466  TonB-dependent receptor  22.94 
 
 
747 aa  119  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1284  TonB-dependent outer membrane heme receptor  25.22 
 
 
857 aa  115  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5620  putative extracellular heme-binding protein  24.83 
 
 
930 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.253718  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2169  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.69 
 
 
694 aa  113  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108589 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1858  heme transport protein HugA  24.48 
 
 
683 aa  110  8.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06114  hypothetical protein  26.8 
 
 
490 aa  108  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0115  tonB-dependent receptor  24.17 
 
 
753 aa  108  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5070  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.93 
 
 
762 aa  107  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565094  normal  0.157746 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2389  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 
823 aa  106  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.687523  normal  0.211986 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64710  putative extracellular heme-binding protein  24.34 
 
 
989 aa  105  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.572363  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1110  TonB-dependent receptor domain-containing protein  23.53 
 
 
716 aa  104  7e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.72 
 
 
728 aa  102  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3532  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.84 
 
 
657 aa  102  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.339275  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3699  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  38.95 
 
 
1186 aa  101  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0724462  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0460  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.04 
 
 
731 aa  101  5e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0435  heavy metal transport/detoxification protein  25.51 
 
 
668 aa  101  5e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1599  TonB-dependent receptor, plug  26.45 
 
 
800 aa  100  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000304489  unclonable  0.000000404036 
 
 
 
NC_008463  PA14_47380  putative heme utilization protein precursor  23.55 
 
 
851 aa  100  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0440985  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0796  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 
649 aa  99.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0550386  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000326  enterobactin receptor VctA  22.53 
 
 
668 aa  100  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000334593  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3918  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 
681 aa  100  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  23.73 
 
 
656 aa  99  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1603  TonB-dependent receptor, plug  27.82 
 
 
771 aa  98.6  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0535477  unclonable  0.000000514373 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2550  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 
775 aa  97.8  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182788  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03722  outer membrane hemin receptor signal peptide protein  25.89 
 
 
741 aa  97.4  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000281288  normal  0.0836882 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0566  heme receptor HasR  21.66 
 
 
784 aa  97.4  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1239  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  25.27 
 
 
646 aa  95.9  3e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0389  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 
667 aa  94.4  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62350  putative haem/haemoglobin uptake outer membrane receptor PhuR precursor  22.89 
 
 
764 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  22.94 
 
 
698 aa  92.8  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1906  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 
693 aa  92.8  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4089  putative heme utilization protein precursor  23.53 
 
 
851 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3314  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 
973 aa  91.7  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.510297 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5426  outer membrane hemin receptor  24.22 
 
 
764 aa  91.3  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0221  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  25.37 
 
 
755 aa  90.9  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  23.07 
 
 
659 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  22.82 
 
 
663 aa  89.7  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  22.82 
 
 
663 aa  89.7  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  22.82 
 
 
663 aa  89.7  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  31.67 
 
 
859 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  22.82 
 
 
663 aa  89.7  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  29.24 
 
 
693 aa  89.4  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  22.82 
 
 
663 aa  89.7  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  22.82 
 
 
663 aa  89  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  22.82 
 
 
641 aa  88.6  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1564  TonB-dependent receptor  23.3 
 
 
654 aa  88.2  5e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.364337  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2503  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  22.05 
 
 
744 aa  88.2  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.955771  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  30 
 
 
712 aa  87.4  8e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0996  enterobactin receptor VctA  23.54 
 
 
659 aa  87  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000420276  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  30.8 
 
 
759 aa  84.7  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  30.8 
 
 
862 aa  85.1  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  29.82 
 
 
861 aa  84.7  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4201  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.62 
 
 
686 aa  84.3  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325691  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  31.05 
 
 
862 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3414  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 
687 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0449  transferrin-binding protein A  30.51 
 
 
992 aa  83.2  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0459359  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  24.35 
 
 
673 aa  82.8  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  22.47 
 
 
615 aa  82.4  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2303  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 
982 aa  82.4  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243733  normal  0.193127 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  23.46 
 
 
747 aa  81.6  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4838  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.96 
 
 
757 aa  81.6  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982435 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3124  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 
791 aa  81.3  0.00000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>