More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0156 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0156  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 
232 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3849  cytochrome c oxidase, subunit II  78.02 
 
 
235 aa  308  5e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26025  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2313  cytochrome c oxidase, subunit II  51.63 
 
 
244 aa  209  3e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.210732  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3098  QoxB, quinol oxidase subunit II  55.56 
 
 
261 aa  201  6e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  51.16 
 
 
336 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3668  cytochrome-c oxidase  53.3 
 
 
378 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.253259  normal  0.882679 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3825  cytochrome c oxidase, subunit II  55.62 
 
 
189 aa  181  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0563  cytochrome c oxidase subunit II  48.77 
 
 
394 aa  180  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01475  chain II protein of putative cytochrome c oxidase  42.66 
 
 
234 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  41.05 
 
 
352 aa  163  3e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  40.53 
 
 
327 aa  158  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1993  cytochrome c oxidase, subunit II  42.57 
 
 
314 aa  149  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11170  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  45.93 
 
 
315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.761021  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0118  cytochrome c oxidase, subunit IIC  41.83 
 
 
324 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134505  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  41.35 
 
 
324 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  40.95 
 
 
324 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  35.05 
 
 
346 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  36.49 
 
 
326 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  37.08 
 
 
367 aa  132  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  37.95 
 
 
345 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  39.23 
 
 
330 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  40.28 
 
 
330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  39.9 
 
 
352 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  35.75 
 
 
370 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  37.44 
 
 
354 aa  126  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  37.38 
 
 
371 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  38.86 
 
 
354 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  38.68 
 
 
352 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  35 
 
 
425 aa  125  5e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  38.39 
 
 
434 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  37.89 
 
 
334 aa  123  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  38.1 
 
 
355 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  36.84 
 
 
334 aa  122  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  37.67 
 
 
338 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  34.78 
 
 
338 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  35.9 
 
 
346 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  36.18 
 
 
311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  37.76 
 
 
372 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  36.49 
 
 
342 aa  118  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  39.38 
 
 
353 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  37.24 
 
 
372 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  38.97 
 
 
370 aa  116  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  37.24 
 
 
381 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  38.21 
 
 
334 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  38.19 
 
 
353 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  30 
 
 
377 aa  108  8.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  44.63 
 
 
322 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2529  caa3-type cytochrome c oxidase, subunit II  36.36 
 
 
318 aa  107  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.176117  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1538  cytochrome c oxidase, subunit II  32.83 
 
 
399 aa  105  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1348  cytochrome c, monohaem  39.01 
 
 
426 aa  105  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.195405  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3078  cytochrome c oxidase, subunit II  30.89 
 
 
260 aa  103  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000302907  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2572  ubiquinol oxidase, subunit II  32.91 
 
 
330 aa  102  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0414  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  31.89 
 
 
311 aa  102  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0194  ubiquinol oxidase, subunit II  32.91 
 
 
300 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0225  ubiquinol oxidase, subunit II  32.91 
 
 
295 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1369  ubiquinol oxidase, subunit II  32.91 
 
 
300 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1566  ubiquinol oxidase, subunit II  32.91 
 
 
295 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  35.14 
 
 
316 aa  100  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2716  ubiquinol oxidase, subunit II  32.48 
 
 
330 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2082  cytochrome c oxidase, subunit II  31.4 
 
 
289 aa  101  1e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0993  ubiquinol oxidase, subunit II  32.48 
 
 
300 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.616609  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16250  cytochrome c oxidase, subunit II  29.51 
 
 
304 aa  101  1e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.178752  normal  0.538576 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5948  cytochrome c oxidase, subunit II  43.2 
 
 
318 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  47.32 
 
 
389 aa  100  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  35.39 
 
 
350 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  35.39 
 
 
350 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2217  cytochrome c oxidase, subunit II  31.65 
 
 
290 aa  100  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  42.86 
 
 
321 aa  100  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1954  cytochrome c oxidase, subunit II  29.07 
 
 
290 aa  99.8  3e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000330547 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1209  ubiquinol oxidase, subunit II  31.84 
 
 
295 aa  99.4  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0864701  normal  0.353676 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0045  cytochrome c oxidase, subunit II  34.24 
 
 
300 aa  99  5e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101143 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  36.75 
 
 
350 aa  99  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1405  cytochrome-c oxidase  31.69 
 
 
343 aa  99.4  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0686645  normal  0.926821 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6006  ubiquinol oxidase, subunit II  31.84 
 
 
295 aa  99.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2071  ubiquinol oxidase, subunit II  31.84 
 
 
295 aa  99.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.741779  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2772  ubiquinol oxidase, subunit II  32.26 
 
 
296 aa  99  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2489  cytochrome c oxidase, subunit II  32.75 
 
 
243 aa  99  6e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.500427  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  41.38 
 
 
316 aa  99  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2833  ubiquinol oxidase polypeptide II precursor  32.26 
 
 
296 aa  99  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0603  ubiquinol oxidase, subunit II  32.26 
 
 
296 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1722  ubiquinol oxidase, subunit II  32.26 
 
 
282 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.243968  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2410  ubiquinol oxidase, subunit II  32.26 
 
 
282 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2880  ubiquinol oxidase, subunit II  32.26 
 
 
282 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0479  ubiquinol oxidase, subunit II  32.26 
 
 
295 aa  98.2  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.607947  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  31.8 
 
 
351 aa  98.6  8e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  44.14 
 
 
337 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1237  cytochrome c oxidase, subunit II  29.36 
 
 
303 aa  98.2  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109976 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2714  ubiquinol oxidase, subunit II  31.8 
 
 
296 aa  97.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.218735  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  44.14 
 
 
337 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  40.35 
 
 
342 aa  97.1  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1903  cytochrome c oxidase, subunit II  39.34 
 
 
344 aa  97.4  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1667  cytochrome c oxidase, subunit II  30.45 
 
 
287 aa  97.4  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.23675 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2090  ubiquinol oxidase, subunit II  32.03 
 
 
281 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158358  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1788  ubiquinol oxidase, subunit II  31.62 
 
 
377 aa  97.1  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0548313  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1453  cytochrome c oxidase, subunit II  30.59 
 
 
299 aa  97.4  2e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0600133  normal  0.252589 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0046  cytochrome c oxidase, subunit II  30.85 
 
 
301 aa  96.7  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0511  cytochrome c oxidase subunit II  32.33 
 
 
298 aa  96.7  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.263206  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3117  cytochrome c oxidase, subunit II  31.86 
 
 
316 aa  96.7  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.762727  normal  0.80653 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0658  cytochrome C oxidase subunit II transmembrane region  29.71 
 
 
279 aa  96.7  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.508316  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  28.93 
 
 
349 aa  95.9  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>