More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0142 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0142  inner-membrane translocator  100 
 
 		 288 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  41.99 
 
 		 287 aa  206  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2141  inner-membrane translocator  42.35 
 
 		 292 aa  200  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.694846 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 287 aa  196  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 287 aa  196  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 288 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  39.15 
 
 		 288 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  38.79 
 
 		 288 aa  185  9e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1707  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.666506  normal  0.0117709 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5641  inner-membrane translocator  43.46 
 
 		 289 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1454  inner-membrane translocator  38.43 
 
 		 288 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.566264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  36.92 
 
 		 290 aa  179  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 290 aa  178  9e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  36.75 
 
 		 290 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  38.25 
 
 		 295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0005  inner-membrane translocator  38.73 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.901395  hitchhiker  0.00000431174 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  39.65 
 
 		 325 aa  161  1e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0896  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  39.43 
 
 		 283 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.87 
 
 		 292 aa  159  8e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2127  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172623  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1099  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 292 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110891  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2006  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.52 
 
 		 288 aa  155  8e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.766894  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0362  inner-membrane translocator  39.12 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 301 aa  152  4e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1581  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  33.9 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  32.3 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 287 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  32.64 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 301 aa  145  5e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 287 aa  145  8.000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1949  inner-membrane translocator  33.09 
 
 		 292 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.926324  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0852  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.72 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.416371  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3619  inner-membrane translocator  32.22 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.551009 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1848  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.623579  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  33.69 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.35 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2885  putative ABC transporter permiase component  34.53 
 
 		 277 aa  142  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.65 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.65 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.66 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.65 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.65 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  31.92 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0399  branched chain amino acid ABC transporter permease  31.93 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.615306  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0313  inner-membrane translocator  31.12 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7434  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  32.63 
 
 		 287 aa  139  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.6 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.6 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  30.14 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5536  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0898761  hitchhiker  0.00000762258 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.06 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5975  inner-membrane translocator  35 
 
 		 285 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 309 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0116  inner-membrane translocator  32.64 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0483  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4442  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 316 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2331  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.729625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1501  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  30.56 
 
 		 309 aa  133  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0612  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3552  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 		 289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  30.33 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1676  inner-membrane translocator  36.6 
 
 		 285 aa  132  5e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0527356 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  32.64 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 316 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1664  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 292 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 316 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 316 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 316 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  32.3 
 
 		 336 aa  132  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 316 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0327  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0975712  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>