More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0107 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0416  hypothetical protein  84.58 
 
 		 493 aa  870    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0107  hypothetical protein  100 
 
 		 493 aa  998    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0041  hypothetical protein  82.76 
 
 		 493 aa  797    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0695  hypothetical protein  89.66 
 
 		 493 aa  895    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00365  hypothetical protein  57.59 
 
 		 510 aa  552  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4704  hypothetical protein  57.75 
 
 		 507 aa  543  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0146867 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3627  hypothetical protein  57.75 
 
 		 507 aa  543  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2924  hypothetical protein  54.76 
 
 		 491 aa  531  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0110  hypothetical protein  45.18 
 
 		 549 aa  395  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12324  normal  0.549417 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1037  peptidase M20  45.68 
 
 		 497 aa  383  1e-105  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  39.01 
 
 		 487 aa  362  6e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6284  peptidase M20  42.83 
 
 		 489 aa  355  1e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1065  hypothetical protein  42.86 
 
 		 490 aa  355  1e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0982  hypothetical protein  37.75 
 
 		 508 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4389  hypothetical protein  36.9 
 
 		 440 aa  278  1e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0450  hypothetical protein  33.33 
 
 		 477 aa  274  3e-72  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000307009  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3615  hypothetical protein  32.65 
 
 		 494 aa  238  2e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0748  hypothetical protein  35.24 
 
 		 465 aa  235  1.0000000000000001e-60  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000168707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10500  hypothetical protein  30.48 
 
 		 483 aa  220  3e-56  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02790  vacuole protein, putative  31.24 
 
 		 591 aa  218  2e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02910  Gly-X carboxypeptidase, putative  28.63 
 
 		 573 aa  211  3e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB04480  carboxypeptidase s precursor, putative  30.75 
 
 		 587 aa  186  6e-46  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0506615  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34371  Gly-X carboxypeptidase  27.85 
 
 		 582 aa  176  9.999999999999999e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10986  conserved hypothetical protein  28.66 
 
 		 564 aa  174  2.9999999999999996e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01640  conserved hypothetical protein  26.31 
 
 		 660 aa  168  2e-40  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04810  vacuolar carboxypeptidase Cps1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07040)  28.57 
 
 		 581 aa  161  2e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0953418  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06270  carboxypeptidase s precursor, putative  27.31 
 
 		 602 aa  150  3e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28659  predicted protein  28.23 
 
 		 600 aa  149  1.0000000000000001e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.262753 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2619  hypothetical protein  32.49 
 
 		 444 aa  144  4e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.913218  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4882  hypothetical protein  30.99 
 
 		 443 aa  140  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76417  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  29.33 
 
 		 421 aa  140  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3665  hypothetical protein  28.67 
 
 		 478 aa  140  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2787  hypothetical protein  30.68 
 
 		 433 aa  139  8.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4600  peptidase M20  27.32 
 
 		 473 aa  136  8e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17060  hypothetical protein  28.93 
 
 		 439 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.760831 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19930  hypothetical protein  31.17 
 
 		 434 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000000770232  decreased coverage  0.0000700572 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2768  hypothetical protein  32.41 
 
 		 449 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000530587  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4949  peptidase M20  30.87 
 
 		 440 aa  134  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138857  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0248  hypothetical protein  28.09 
 
 		 469 aa  133  6e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4903  hypothetical protein  30.52 
 
 		 462 aa  130  6e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0308008  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1922  hypothetical protein  30.75 
 
 		 446 aa  128  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3489  hypothetical protein  30.63 
 
 		 430 aa  127  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3226  hypothetical protein  30.18 
 
 		 444 aa  127  6e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.236057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1670  hypothetical protein  27.95 
 
 		 467 aa  127  6e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0904676  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3164  hypothetical protein  30.18 
 
 		 444 aa  127  6e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258961  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  30.51 
 
 		 442 aa  126  7e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4547  peptidase M20  31.85 
 
 		 440 aa  126  8.000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6756  hypothetical protein  31.52 
 
 		 468 aa  126  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3176  hypothetical protein  30.18 
 
 		 444 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.168778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0989  hypothetical protein  28.72 
 
 		 476 aa  125  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2253  hypothetical protein  29.96 
 
 		 441 aa  125  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2128  peptidase M20  27.35 
 
 		 446 aa  124  5e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11770  hypothetical protein  27.32 
 
 		 441 aa  122  9.999999999999999e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.235527  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  29.53 
 
 		 452 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3468  hypothetical protein  31.71 
 
 		 428 aa  122  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  30.47 
 
 		 442 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1781  hypothetical protein  29.72 
 
 		 485 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1820  hypothetical protein  29.09 
 
 		 494 aa  121  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2647  peptidase M20  30.27 
 
 		 442 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.490872  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12171  hypothetical protein  28.97 
 
 		 450 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.744068 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2433  peptidase M20  31.47 
 
 		 448 aa  118  1.9999999999999998e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00897679  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3473  peptidase M20  30.13 
 
 		 432 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  28.02 
 
 		 437 aa  119  1.9999999999999998e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3604  peptidase M20  29.87 
 
 		 434 aa  117  6.9999999999999995e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.682601  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3211  peptidase M20  29.95 
 
 		 468 aa  116  7.999999999999999e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3037  hypothetical protein  29.19 
 
 		 451 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1474  peptidase M20  30.13 
 
 		 438 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.739931  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9227  peptidase M20  30.89 
 
 		 435 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03550  hypothetical protein  28.95 
 
 		 451 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1905  hypothetical protein  27.1 
 
 		 434 aa  112  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097088 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2654  peptidase M20  28.29 
 
 		 443 aa  112  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2162  hypothetical protein  27.37 
 
 		 434 aa  111  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.335606  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  27.19 
 
 		 434 aa  108  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2015  peptidase M20  28.91 
 
 		 442 aa  108  2e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.251609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3309  hypothetical protein  28.93 
 
 		 472 aa  107  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0974288  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1165  hypothetical protein  26.68 
 
 		 429 aa  105  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0235842  normal  0.624672 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21030  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  28.54 
 
 		 445 aa  103  6e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.575645 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1192  hypothetical protein  24.87 
 
 		 439 aa  97.1  6e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0330579  normal  0.0773998 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0216  hypothetical protein  26.3 
 
 		 457 aa  97.1  7e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.675958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0141  hypothetical protein  26.68 
 
 		 468 aa  95.1  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0813471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.92 
 
 		 393 aa  93.6  7e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1467  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.76 
 
 		 388 aa  92  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.87 
 
 		 375 aa  91.7  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  23.72 
 
 		 390 aa  87.8  4e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.68 
 
 		 375 aa  86.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34350  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  27.63 
 
 		 477 aa  84.3  0.000000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.174691  normal  0.112018 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.03 
 
 		 375 aa  84  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.55 
 
 		 375 aa  83.6  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7887  hypothetical protein  33.94 
 
 		 444 aa  82.4  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0760347  normal  0.0510662 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.58 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.58 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.83 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1231  peptidase M20  23.44 
 
 		 485 aa  79.3  0.0000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.83 
 
 		 375 aa  79.7  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.83 
 
 		 375 aa  79.7  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.77 
 
 		 375 aa  79.7  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.82 
 
 		 376 aa  79  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.73 
 
 		 375 aa  78.6  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.73 
 
 		 375 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.73 
 
 		 375 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>