82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0100 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0409  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  74.46 
 
 
462 aa  699  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309942  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0702  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  84.33 
 
 
480 aa  802  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.871087  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0100  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 
480 aa  960  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2525  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  63.83 
 
 
486 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.839724  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0249  hypothetical protein  61.29 
 
 
448 aa  535  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2087  hypothetical protein  49.43 
 
 
466 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073016  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3495  hypothetical protein  49.66 
 
 
465 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1959  hypothetical protein  48.11 
 
 
467 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0909  hypothetical protein  46.12 
 
 
491 aa  354  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6537  hypothetical protein  42.42 
 
 
467 aa  339  8e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2265  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.85 
 
 
442 aa  254  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00194673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0342  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.32 
 
 
423 aa  249  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0450847  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3025  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.86 
 
 
441 aa  231  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2036  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.54 
 
 
463 aa  196  6e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0899  hypothetical protein  30.25 
 
 
437 aa  187  4e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.727607  normal  0.541745 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3430  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.32 
 
 
461 aa  187  5e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3542  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.87 
 
 
472 aa  186  8e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.919124 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2797  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.77 
 
 
485 aa  185  2e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0519  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.03 
 
 
463 aa  179  9e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2259  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.91 
 
 
469 aa  178  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.466386  normal  0.36502 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2302  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.37 
 
 
474 aa  175  2e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.172272  hitchhiker  0.00762339 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2577  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.73 
 
 
469 aa  175  2e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.301233 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1581  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.13 
 
 
457 aa  168  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0239  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.52 
 
 
453 aa  166  9e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264256  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1545  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.17 
 
 
468 aa  163  5e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0184  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.27 
 
 
453 aa  163  5e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.864216  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2760  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.15 
 
 
433 aa  162  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2929  hypothetical protein  26.54 
 
 
443 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0484025  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4219  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.05 
 
 
465 aa  157  5e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5654  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.02 
 
 
471 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5694  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.74 
 
 
477 aa  154  3e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5881  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.33 
 
 
440 aa  150  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2753  hypothetical protein  28.87 
 
 
433 aa  142  1e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0107  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.12 
 
 
453 aa  132  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4331  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.83 
 
 
453 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.794472  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.83 
 
 
454 aa  114  4e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4743  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  26.59 
 
 
457 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  20.95 
 
 
446 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3511  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.88 
 
 
179 aa  82.8  1e-14  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2418  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  33.95 
 
 
176 aa  72  2e-11  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  26.54 
 
 
344 aa  62  2e-08  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.92 
 
 
348 aa  62  2e-08  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.08 
 
 
318 aa  57.8  4e-07  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.38 
 
 
344 aa  57.8  5e-07  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.37 
 
 
307 aa  57.8  5e-07  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  27.53 
 
 
318 aa  55.5  2e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.08 
 
 
317 aa  54.7  3e-06  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  29.74 
 
 
319 aa  52.8  1e-05  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  29.74 
 
 
319 aa  52  2e-05  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.77 
 
 
325 aa  51.6  3e-05  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.27 
 
 
315 aa  51.2  4e-05  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.27 
 
 
330 aa  51.2  4e-05  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.58 
 
 
319 aa  50.8  5e-05  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  28.93 
 
 
316 aa  50.8  5e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  23.23 
 
 
328 aa  49.7  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1803  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.16 
 
 
459 aa  49.3  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  23.59 
 
 
310 aa  49.7  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.15 
 
 
306 aa  48.9  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  28.28 
 
 
318 aa  48.5  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.43 
 
 
318 aa  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2784  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.68 
 
 
446 aa  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.43 
 
 
318 aa  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.43 
 
 
318 aa  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.35 
 
 
333 aa  48.5  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.43 
 
 
318 aa  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  27.51 
 
 
342 aa  48.5  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  5.26249e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.84 
 
 
299 aa  47.8  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.13 
 
 
327 aa  47.4  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.53 
 
 
318 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  26.29 
 
 
323 aa  47  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.61 
 
 
308 aa  47  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.79 
 
 
318 aa  47  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3645  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  24.19 
 
 
451 aa  47  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.746605  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  28.79 
 
 
318 aa  46.6  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2535  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system protein  30 
 
 
333 aa  46.2  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0754711 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  28.72 
 
 
317 aa  46.6  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.79 
 
 
318 aa  46.6  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0798  hypothetical protein  23.69 
 
 
497 aa  45.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.375789 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3149  hypothetical protein  23.36 
 
 
723 aa  44.3  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  25.64 
 
 
322 aa  44.7  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3466  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.71 
 
 
330 aa  43.5  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.106164  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.51 
 
 
317 aa  43.5  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>