137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0098 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0098  hypothetical protein  100 
 
 
124 aa  253  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0704  hypothetical protein  92.68 
 
 
124 aa  239  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0407  protein of unknown function DUF1232  89.43 
 
 
124 aa  232  2e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0363693  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2808  hypothetical protein  76.03 
 
 
126 aa  206  1e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.903772 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3628  hypothetical protein  74.19 
 
 
142 aa  205  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.89928  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2523  hypothetical protein  80.99 
 
 
129 aa  193  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0989751  normal  0.209211 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0247  hypothetical protein  77.57 
 
 
135 aa  182  1e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0407  hypothetical protein  57.14 
 
 
131 aa  133  8e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.38857  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0079  hypothetical protein  49.57 
 
 
127 aa  116  1e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.728304  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0081  hypothetical protein  49.57 
 
 
127 aa  116  1e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.461887  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1386  hypothetical protein  50.98 
 
 
139 aa  116  1e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0092  hypothetical protein  53.85 
 
 
126 aa  114  4e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3346  hypothetical protein  56.25 
 
 
124 aa  108  2e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4172  hypothetical protein  48 
 
 
146 aa  104  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0445378  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3727  protein of unknown function DUF1232  42.86 
 
 
130 aa  103  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.883988  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4050  protein of unknown function DUF1232  45 
 
 
130 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3070  hypothetical protein  43.56 
 
 
125 aa  99  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0208  hypothetical protein  43.27 
 
 
140 aa  82.4  2e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.776323  normal  0.198508 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0277  protein of unknown function DUF1232  41.3 
 
 
134 aa  78.2  3e-14  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2657  hypothetical protein  42.22 
 
 
126 aa  77.4  6e-14  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.90763  hitchhiker  0.00677971 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0318  hypothetical protein  39 
 
 
116 aa  67.8  4e-11  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3332  hypothetical protein  39.6 
 
 
115 aa  67.8  5e-11  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3677  hypothetical protein  36.7 
 
 
116 aa  67.4  6e-11  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1034  hypothetical protein  34.38 
 
 
150 aa  67  8e-11  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.383392  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1826  hypothetical protein  43.21 
 
 
139 aa  67  9e-11  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001113  hypothetical protein  36.67 
 
 
124 aa  67  9e-11  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.777907  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3867  hypothetical protein  44.16 
 
 
116 aa  65.9  2e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0175654 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0289  hypothetical protein  44.16 
 
 
116 aa  65.9  2e-10  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4080  hypothetical protein  40.45 
 
 
117 aa  65.9  2e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4049  hypothetical protein  40 
 
 
116 aa  65.5  2e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3972  protein of unknown function DUF1232  39.33 
 
 
116 aa  65.1  3e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4167  hypothetical protein  39.33 
 
 
116 aa  65.1  3e-10  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0234  hypothetical protein  40.66 
 
 
119 aa  63.5  1e-09  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04866  hypothetical protein  36.89 
 
 
120 aa  62.4  2e-09  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05801  hypothetical protein  34.04 
 
 
121 aa  61.6  3e-09  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06321  hypothetical protein  37.14 
 
 
122 aa  61.2  4e-09  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0576  hypothetical protein  37.14 
 
 
122 aa  61.2  5e-09  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.64986  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06021  hypothetical protein  37.14 
 
 
122 aa  60.8  6e-09  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0999  hypothetical protein  32.32 
 
 
129 aa  60.5  7e-09  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.178423  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0280  hypothetical protein  40.48 
 
 
117 aa  60.5  8e-09  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06411  hypothetical protein  36 
 
 
124 aa  60.1  1e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18241  hypothetical protein  26.27 
 
 
123 aa  60.1  1e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0694351 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0383  hypothetical protein  37.8 
 
 
115 aa  58.9  2e-08  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0145  hypothetical protein  34.69 
 
 
132 aa  59.3  2e-08  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06311  hypothetical protein  28.28 
 
 
121 aa  58.9  2e-08  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3655  hypothetical protein  44.16 
 
 
116 aa  59.3  2e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0012  hypothetical protein  28.28 
 
 
121 aa  58.9  2e-08  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4217  hypothetical protein  42.31 
 
 
114 aa  58.5  3e-08  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1921  hypothetical protein  30.69 
 
 
112 aa  56.6  1e-07  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5352  hypothetical protein  31.58 
 
 
121 aa  55.8  2e-07  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00015826  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5607  hypothetical protein  32.26 
 
 
121 aa  55.8  2e-07  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  3.5022e-06  hitchhiker  2.94963e-24 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3765  hypothetical protein  31.58 
 
 
121 aa  55.5  3e-07  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  2.1606e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3716  hypothetical protein  34.62 
 
 
103 aa  54.3  5e-07  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.270803 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4912  hypothetical protein  31.18 
 
 
121 aa  54.3  5e-07  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.76328e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5320  hypothetical protein  30.53 
 
 
121 aa  53.9  7e-07  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34657e-47 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5022  hypothetical protein  31.58 
 
 
121 aa  53.9  7e-07  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  5.91225e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5080  hypothetical protein  30.53 
 
 
121 aa  53.9  7e-07  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  4.73899e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5468  hypothetical protein  30.53 
 
 
121 aa  53.9  7e-07  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  4.0052e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4927  hypothetical protein  30.53 
 
 
121 aa  53.9  7e-07  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  3.66167e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5346  hypothetical protein  30.53 
 
 
121 aa  53.1  1e-06  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  7.84394e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5403  hypothetical protein  30.53 
 
 
121 aa  53.1  1e-06  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.73737e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1268  helix-turn-helix domain-containing protein  29.35 
 
 
213 aa  52.8  2e-06  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0129761  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1330  protein of unknown function DUF1232  30.77 
 
 
96 aa  51.6  4e-06  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1309  hypothetical protein  32.95 
 
 
133 aa  50.8  6e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2487  hypothetical protein  28.28 
 
 
109 aa  50.1  9e-06  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2261  hypothetical protein  28.28 
 
 
109 aa  50.1  9e-06  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000353755  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2537  protein of unknown function DUF1232  28.16 
 
 
155 aa  50.1  1e-05  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.36697  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2278  hypothetical protein  28.28 
 
 
109 aa  49.7  1e-05  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575719  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0801  hypothetical protein  35.29 
 
 
123 aa  49.7  1e-05  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2505  hypothetical protein  28.28 
 
 
105 aa  50.1  1e-05  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00216917  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2219  hypothetical protein  28.28 
 
 
109 aa  49.7  1e-05  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1508  protein of unknown function DUF1232  28.04 
 
 
133 aa  49.7  1e-05  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.987063  normal  0.0931118 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2566  hypothetical protein  28.28 
 
 
109 aa  49.3  2e-05  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0631165  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2903  hypothetical protein  28 
 
 
109 aa  48.9  2e-05  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0923004  normal  0.0879248 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4497  protein of unknown function DUF1232  37.93 
 
 
153 aa  49.3  2e-05  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.923848 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0116  hypothetical protein  40.32 
 
 
145 aa  49.3  2e-05  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4460  protein of unknown function DUF1232  32 
 
 
138 aa  49.3  2e-05  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.441335 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2498  hypothetical protein  34.67 
 
 
110 aa  48.5  3e-05  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2427  hypothetical protein  28 
 
 
109 aa  48.1  4e-05  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2125  hypothetical protein  30.48 
 
 
144 aa  47.8  5e-05  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.836422  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2278  protein of unknown function DUF1232  30.1 
 
 
151 aa  47.8  6e-05  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2736  hypothetical protein  27.62 
 
 
148 aa  47.4  7e-05  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.909587  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0407  transcriptional regulator  30.43 
 
 
217 aa  47  8e-05  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0498  DNA-binding protein  30.43 
 
 
217 aa  47  8e-05  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00729869  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0549  DNA-binding protein  30.43 
 
 
217 aa  47  8e-05  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.550111  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1863  hypothetical protein  29.87 
 
 
143 aa  47  9e-05  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  4.73047e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0411  transcriptional regulator  30.43 
 
 
217 aa  47  9e-05  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0476  DNA-binding protein  30.43 
 
 
217 aa  47  9e-05  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0315  hypothetical protein  28.57 
 
 
131 aa  47  9e-05  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2517  protein of unknown function DUF1232  40.82 
 
 
150 aa  46.6  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.545586  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21830  hypothetical protein  29.87 
 
 
143 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  1.21545e-17  normal  0.0258957 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2908  protein of unknown function DUF1232  40 
 
 
152 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4662  hypothetical protein  29.63 
 
 
386 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.627824 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2863  hypothetical protein  34.85 
 
 
114 aa  45.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0874191  normal  0.0688693 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0904  hypothetical protein  36.51 
 
 
131 aa  45.8  0.0002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2979  hypothetical protein  29.07 
 
 
142 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263138  normal  0.0407724 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5369  hypothetical protein  33.8 
 
 
162 aa  45.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3485  protein of unknown function DUF1232  28.92 
 
 
127 aa  44.7  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1295  protein of unknown function DUF1232  45 
 
 
116 aa  45.1  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4599  hypothetical protein  40.91 
 
 
138 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.695096  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>