More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0096 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_7528  putative phytoene dehydrogenase and related proteins  63.38 
 
 
708 aa  830  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0706  FAD dependent oxidoreductase  82.34 
 
 
717 aa  1131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0096  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
722 aa  1439  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.490674 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0405  amine oxidase  77.12 
 
 
711 aa  1018  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0201487  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0626  carotenoid isomerase, putative  32.56 
 
 
507 aa  172  2e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1336  carotene isomerase  27.84 
 
 
512 aa  170  9e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0735245  hitchhiker  0.00100943 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1308  carotene isomerase  27.84 
 
 
512 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0766  amine oxidase  30.27 
 
 
522 aa  166  1e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  28.68 
 
 
508 aa  160  1e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0874  amine oxidase  29.3 
 
 
503 aa  159  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2254  carotene isomerase  27.96 
 
 
506 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000347702 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14681  putative carotenoid isomerase  27.51 
 
 
520 aa  155  3e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.314761  normal  0.880307 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1701  amine oxidase  30.34 
 
 
503 aa  154  6e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00066646 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0636  putative carotenoid isomerase  27.5 
 
 
520 aa  151  5e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0760  FAD dependent oxidoreductase  28.71 
 
 
503 aa  149  2e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.522072 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3112  FAD dependent oxidoreductase  27.65 
 
 
506 aa  146  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270711  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1888  carotenoid isomerase, putative  29.25 
 
 
505 aa  144  4e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2330  carotene isomerase  28.21 
 
 
508 aa  143  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1681  carotenoid isomerase  26.92 
 
 
518 aa  141  3e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.157771  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4976  FAD dependent oxidoreductase  28.3 
 
 
515 aa  140  6e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1246  carotene isomerase  28.26 
 
 
504 aa  139  2e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  1.76287e-08  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4146  All-trans-retinol 13,14-reductase  27.59 
 
 
562 aa  138  3e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.559453  decreased coverage  0.00452261 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1423  carotenoid isomerase  27.24 
 
 
518 aa  138  3e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  25.48 
 
 
938 aa  137  8e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39472  predicted protein  30.82 
 
 
645 aa  136  1e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000845209  normal  0.555705 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3278  FAD dependent oxidoreductase  26.68 
 
 
502 aa  135  2e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10011  putative carotenoid isomerase  27.26 
 
 
520 aa  136  2e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.243247 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3011  All-trans-retinol 13,14-reductase  28.3 
 
 
544 aa  133  1e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3632  FAD dependent oxidoreductase  26.62 
 
 
506 aa  132  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1053  all-trans-retinol 13,14-reductase  27.75 
 
 
501 aa  132  3e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2512  FAD dependent oxidoreductase  26.83 
 
 
497 aa  128  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.224928  normal  0.507466 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3602  FAD dependent oxidoreductase  26.83 
 
 
497 aa  127  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05841  putative carotenoid isomerase  24.71 
 
 
516 aa  124  8e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515676  normal 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43564  predicted protein  28.49 
 
 
554 aa  122  2e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.079373  normal  0.0235879 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03701  phytoene dehydrogenase  25.42 
 
 
509 aa  122  2e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0640229  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2192  FAD dependent oxidoreductase  24.37 
 
 
532 aa  122  2e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.285502 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03711  phytoene dehydrogenase  26.01 
 
 
509 aa  121  6e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_12111  hypothetical protein  26.4 
 
 
509 aa  120  7e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0489  hypothetical protein  26.22 
 
 
509 aa  120  8e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1898  hypothetical protein  29.22 
 
 
511 aa  120  8e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.405447  normal  0.754346 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0871  amine oxidase  26.82 
 
 
512 aa  120  9e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.598168  normal  0.0715769 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1841  FAD dependent oxidoreductase  26.6 
 
 
512 aa  118  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12061  putative carotenoid isomerase  23.23 
 
 
514 aa  117  7e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.809432  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45243  carotenoid isomerase  27.48 
 
 
598 aa  117  9e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0755538  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2672  amine oxidase  25.74 
 
 
513 aa  117  1e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0318  FAD dependent oxidoreductase  23.65 
 
 
547 aa  116  1e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12221  putative carotenoid isomerase  23.66 
 
 
514 aa  115  4e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0345  phytoene dehydrogenase  25.28 
 
 
509 aa  114  7e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12211  putative carotenoid isomerase  23.85 
 
 
514 aa  112  2e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1069  FAD dependent oxidoreductase  25.16 
 
 
496 aa  111  6e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302171  hitchhiker  0.00376489 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1126  putative carotenoid isomerase  23.35 
 
 
514 aa  108  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.777729  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1209  conserved hypothetical protein, FAD-binding domain protein  24.22 
 
 
502 aa  106  2e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1174  All-trans-retinol 13,14-reductase  24.29 
 
 
522 aa  105  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2032  FAD dependent oxidoreductase  23.78 
 
 
520 aa  105  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.756687 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0845  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  25.31 
 
 
740 aa  103  8e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3281  FAD dependent oxidoreductase  26.07 
 
 
479 aa  103  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.463065  normal  0.0612809 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9210  CRTISO5 carotenoid isomerase 5,phytoene dehydrogenase-related protein  25.75 
 
 
530 aa  103  2e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0761  hypothetical protein  26.49 
 
 
510 aa  102  2e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_54842  carotenoid isomerase  25.32 
 
 
595 aa  102  2e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0436  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.25 
 
 
511 aa  101  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.601478 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03741  phytoene dehydrogenase  25.95 
 
 
509 aa  100  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0425  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.06 
 
 
511 aa  99.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0577  All-trans-retinol 13,14-reductase  24.05 
 
 
542 aa  99  3e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1708  hypothetical protein  23.14 
 
 
509 aa  98.6  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.718334  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32217  predicted protein  26.55 
 
 
504 aa  98.2  5e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.340213  normal  0.0518556 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2065  FAD dependent oxidoreductase  24.31 
 
 
484 aa  97.8  6e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  24.86 
 
 
511 aa  96.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  24.23 
 
 
511 aa  97.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1711  FAD dependent oxidoreductase  26.69 
 
 
501 aa  95.9  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  27.31 
 
 
525 aa  96.3  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1487  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  28.96 
 
 
510 aa  95.5  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  6.19668e-05 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09643  hypothetical protein  20.7 
 
 
535 aa  95.1  3e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0783431  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1607  FAD dependent oxidoreductase  26.17 
 
 
510 aa  93.6  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4578  FAD dependent oxidoreductase  26.14 
 
 
512 aa  92.8  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1723  carotene isomerase  27.11 
 
 
516 aa  92.8  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  24.59 
 
 
511 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5970  FAD dependent oxidoreductase  26 
 
 
534 aa  92  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  26.41 
 
 
554 aa  91.7  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  30.14 
 
 
529 aa  90.9  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0319  amine oxidase  26.68 
 
 
489 aa  90.9  8e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3475  FAD dependent oxidoreductase  24.19 
 
 
559 aa  89.7  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.621036  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  23.13 
 
 
492 aa  89.4  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1486  FAD dependent oxidoreductase  24.11 
 
 
554 aa  89  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.975068 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0381  amine oxidase  27.73 
 
 
510 aa  89  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  24.73 
 
 
511 aa  88.2  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  27.09 
 
 
509 aa  87.8  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2059  hypothetical protein  23.13 
 
 
509 aa  87  1e-15  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409241  normal  0.0351139 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  25.66 
 
 
512 aa  86.7  1e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  25.93 
 
 
519 aa  85.5  4e-15  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_51868  carotenoid isomerase  25.28 
 
 
633 aa  84.7  5e-15  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  24.26 
 
 
508 aa  83.2  1e-14  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  26.78 
 
 
505 aa  83.6  1e-14  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1027  C-3',4' desaturase CrtD  24.64 
 
 
504 aa  83.2  1e-14  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  25.97 
 
 
498 aa  83.2  1e-14  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  28.21 
 
 
530 aa  84  1e-14  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0308  FAD dependent oxidoreductase  27.72 
 
 
547 aa  82.4  3e-14  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.733784  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0346  amine oxidase  24.44 
 
 
494 aa  82  4e-14  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6157  putative phytoene dehydrogenase family protein  24.27 
 
 
533 aa  81.6  4e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375282  normal  0.113405 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  26.16 
 
 
507 aa  82  4e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  22.16 
 
 
494 aa  81.6  5e-14  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>