31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0088 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0088  SNase-like nuclease  100 
 
 
192 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.227871 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0715  nuclease (SNase-like)  86.53 
 
 
193 aa  337  8e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.680905 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0029  nuclease (SNase-like)  70.92 
 
 
196 aa  279  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.139234  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0033  nuclease (SNase domain protein)  79.38 
 
 
191 aa  256  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0154  nuclease  58.86 
 
 
190 aa  190  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3415  nuclease (SNase-like)  43.36 
 
 
146 aa  99  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1330  nuclease  41.96 
 
 
159 aa  86.7  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  1.42245e-11 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0580  nuclease (SNase-like)  42.61 
 
 
168 aa  74.3  9e-13  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3035  nuclease (SNase-like)  38.33 
 
 
143 aa  71.6  6e-12  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.376528  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2567  nuclease  34.78 
 
 
148 aa  63.9  1e-09  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.190384 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3090  nuclease (SNase-like)  35.29 
 
 
201 aa  60.8  1e-08  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906098  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  32.41 
 
 
184 aa  51.6  7e-06  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3167  nuclease  31.15 
 
 
122 aa  51.2  1e-05  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0139898  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2807  nuclease (SNase-like)  32.43 
 
 
178 aa  49.7  3e-05  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00150481  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2354  nuclease (SNase-like)  35.19 
 
 
164 aa  48.1  8e-05  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.527166  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3744  nuclease  33.64 
 
 
161 aa  47.8  9e-05  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1554  nuclease (SNase-like)  32.74 
 
 
202 aa  47  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0658  nuclease (SNase domain protein)  32.74 
 
 
171 aa  47.4  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688137  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0011  protein ParB  33.33 
 
 
166 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2972  nuclease  33.93 
 
 
273 aa  45.1  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.722719  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  38.46 
 
 
163 aa  44.7  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1061  thermonuclease family protein  35.35 
 
 
175 aa  43.1  0.002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.374796  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0998  thermonuclease family protein  35.35 
 
 
175 aa  43.1  0.003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.580638  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  30.3 
 
 
199 aa  42.4  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0317  nuclease (SNase domain protein)  34.95 
 
 
227 aa  42.4  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.183306  normal  0.136686 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0811  thermonuclease family protein  34.34 
 
 
175 aa  42.4  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.392245  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0111  nuclease  34.95 
 
 
227 aa  42  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1966  putative transmembrane protein  33.93 
 
 
252 aa  41.2  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113674  normal  0.424222 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03631  hypothetical protein  31.13 
 
 
155 aa  41.2  0.009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0873  nuclease (SNase domain protein)  32.2 
 
 
146 aa  41.2  0.009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.485227 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0240  nuclease (SNase-like)  34.21 
 
 
160 aa  41.2  0.009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>