55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0085 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0085  heparinase II/III-like  100 
 
 
584 aa  1185  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.265496  normal  0.158685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0324  hypothetical protein  75.83 
 
 
571 aa  912  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.116041 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0196  heparinase II/III-like  78.25 
 
 
584 aa  939  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.9561  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0024  heparinase II/III-like  77.23 
 
 
592 aa  933  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0718  heparinase II/III-like  92.81 
 
 
628 aa  1117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.79901 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0030  Heparinase II/III family protein  87.33 
 
 
584 aa  1046  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0157  heparinase II/III-like  77.57 
 
 
584 aa  917  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.901723  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0039  heparinase II/III family protein  51.66 
 
 
614 aa  564  1e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.644544  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1423  Heparinase II/III family protein  49.33 
 
 
569 aa  454  1e-126  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.332975 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5221  Heparinase II/III family protein  47.33 
 
 
573 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.452357  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2070  heparinase II/III family protein  50.28 
 
 
581 aa  448  1e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3419  heparinase II/III-like  44.73 
 
 
568 aa  431  1e-119  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.784393  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2964  heparinase II/III family protein  46.89 
 
 
573 aa  426  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.534511  normal  0.040363 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1088  heparinase II/III family protein  45.2 
 
 
580 aa  421  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1815  hypothetical protein  44.63 
 
 
543 aa  421  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.277258  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1748  hypothetical protein  44.63 
 
 
617 aa  419  1e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.560293  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2499  Heparinase II/III family protein  45.14 
 
 
570 aa  415  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307447  normal  0.508108 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2567  heparinase II/III family protein  44.98 
 
 
570 aa  410  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.974647  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2790  Heparinase II/III family protein  44.98 
 
 
570 aa  411  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5592  heparinase II/III family protein  43.62 
 
 
582 aa  389  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.658626  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3190  heparinase II/III family protein  41.37 
 
 
568 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4294  hypothetical protein  41.38 
 
 
518 aa  385  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.166644  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1321  heparinase II/III family protein  38.12 
 
 
629 aa  356  8e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.213971  hitchhiker  8.59361e-08 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4241  Heparinase II/III family protein  40.19 
 
 
548 aa  338  1e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.222931 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0073  heparinase II/III-like family protein  36.56 
 
 
569 aa  338  1e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  1.68541e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3916  Heparinase II/III family protein  39.96 
 
 
548 aa  334  3e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.729618  normal  0.655355 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2926  heparinase II/III family protein  34.71 
 
 
610 aa  289  9e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0023  heparinase II/III family protein  32.68 
 
 
524 aa  252  2e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0625  Heparinase II/III family protein  33.53 
 
 
597 aa  241  3e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.27993 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4041  heparinase II/III-like  29.85 
 
 
584 aa  214  3e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0090  heparinase II/III-like  29.74 
 
 
581 aa  205  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.379483  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3032  heparinase II/III family protein  29.85 
 
 
572 aa  193  7e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.310136 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3127  heparinase II/III-like protein  29.43 
 
 
592 aa  184  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0105  heparinase II/III-like  30.69 
 
 
628 aa  172  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4781  heparinase II/III family protein  30.08 
 
 
596 aa  164  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.997993 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1942  heparinase II/III family protein  29.02 
 
 
575 aa  158  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2927  heparinase II/III family protein  28.57 
 
 
565 aa  157  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.298148  normal  0.0379947 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2764  heparinase II/III family protein  27.87 
 
 
567 aa  156  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1101  hypothetical protein  27.68 
 
 
567 aa  152  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2719  heparinase II/III family protein  27.63 
 
 
549 aa  127  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.451444  normal  0.809272 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2158  heparinase II/III family protein  27.72 
 
 
587 aa  98.6  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1501  heparinase II/III-like  27 
 
 
561 aa  93.2  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0809  heparinase II/III family protein  25.05 
 
 
547 aa  93.2  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0392  Heparinase II/III family protein  27.81 
 
 
557 aa  78.6  3e-13  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.276932  normal  0.686057 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0083  Heparinase II/III family protein  21.96 
 
 
603 aa  76.3  1e-12  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.137335 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00700  hypothetical protein  22.68 
 
 
541 aa  71.2  5e-11  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23430  putative heparinase  24.09 
 
 
550 aa  68.9  2e-10  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  7.12421e-12  hitchhiker  0.00765921 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1300  heparinase II/III-like  26.41 
 
 
680 aa  68.9  3e-10  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3884  heparinase II/III family protein  28.97 
 
 
617 aa  67.4  7e-10  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3329  heparinase II/III family protein  24.3 
 
 
528 aa  65.5  3e-09  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1686  heparinase II/III family protein  26.46 
 
 
594 aa  64.7  5e-09  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4954  hypothetical protein  19.17 
 
 
651 aa  53.1  1e-05  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.2677e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4069  Heparinase II/III family protein  24.78 
 
 
545 aa  49.7  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08631  hypothetical protein  19.81 
 
 
600 aa  49.3  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.143582  hitchhiker  7.50178e-06 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5558  hypothetical protein  20.05 
 
 
651 aa  45.8  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.030932  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>