42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0081 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0081  DMT family permease  100 
 
 
323 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.24055 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0102  hypothetical protein  90.94 
 
 
299 aa  459  1e-128  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.293675 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0606  protein of unknown function DUF6 transmembrane  86.96 
 
 
299 aa  453  1e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.229766  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0475  hypothetical protein  79.54 
 
 
312 aa  436  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0516  hypothetical protein  82.89 
 
 
299 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.23232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7599  hypothetical protein  77.26 
 
 
299 aa  391  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144581 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3628  hypothetical protein  49.83 
 
 
292 aa  200  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404984  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0830  hypothetical protein  38.38 
 
 
301 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.53899  normal  0.456006 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0072  hypothetical protein  39.87 
 
 
304 aa  180  3e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0891145  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3251  DMT superfamily permease  46.25 
 
 
313 aa  174  2e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.664822 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5288  hypothetical protein  40 
 
 
332 aa  162  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2650  hypothetical protein  38.18 
 
 
311 aa  160  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3297  hypothetical protein  38.18 
 
 
311 aa  160  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0798  multidrug ABC transporter permease  37.79 
 
 
318 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2181  hypothetical protein  37.46 
 
 
300 aa  140  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0483512  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1488  hypothetical protein  37.86 
 
 
292 aa  140  4e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.213463 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2824  hypothetical protein  37.58 
 
 
299 aa  131  1e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3822  hypothetical protein  31.58 
 
 
290 aa  122  9e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3138  hypothetical protein  33.78 
 
 
304 aa  119  7e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.934061  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1546  ribosomal protein L35  29.57 
 
 
300 aa  117  2e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2847  membrane protein  30.41 
 
 
299 aa  115  1e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0776  hypothetical protein  31.96 
 
 
290 aa  113  4e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0704  hypothetical protein  30.93 
 
 
290 aa  112  7e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00853  hypothetical protein  31.56 
 
 
291 aa  112  9e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2560  hypothetical protein  30.82 
 
 
291 aa  112  9e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.200966 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3607  hypothetical protein  31.45 
 
 
290 aa  111  1e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3730  hypothetical protein  31.45 
 
 
290 aa  112  1e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3119  hypothetical protein  32.37 
 
 
291 aa  111  2e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0804  hypothetical protein  31.45 
 
 
290 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3162  hypothetical protein  31.45 
 
 
290 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3838  drug/metabolite exporter family protein  31.4 
 
 
292 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0125925  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0729  hypothetical protein  30.61 
 
 
290 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3539  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.58 
 
 
290 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.826878  decreased coverage  9.69961e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3448  hypothetical protein  30.74 
 
 
290 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0888  membrane protein  28.28 
 
 
291 aa  102  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.704512  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2903  hypothetical protein  30.35 
 
 
310 aa  102  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.91197  normal  0.892682 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0550  hypothetical protein  33.69 
 
 
307 aa  100  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.881201  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1717  hypothetical protein  31.99 
 
 
308 aa  99.8  5e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1618  hypothetical protein  30.69 
 
 
291 aa  97.4  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.212959  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3672  hypothetical protein  27.8 
 
 
290 aa  88.2  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.952229  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38630  hypothetical protein  31.42 
 
 
295 aa  82.8  7e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2655  ribosomal protein L35  29.55 
 
 
295 aa  80.5  3e-14  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0357452 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>