40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0078 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0078  hypothetical protein  100 
 
 
158 aa  317  5e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0745922 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7601  hypothetical protein  64.74 
 
 
155 aa  201  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.181543 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0473  membrane-flanked domain-containing protein  64.74 
 
 
155 aa  194  5e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.325345  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0579  membrane-flanked domain-containing protein  42.04 
 
 
153 aa  105  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0224616  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2576  membrane-flanked domain-containing protein  32.47 
 
 
146 aa  95.5  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.261166  normal  0.15355 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1403  hypothetical protein  36.54 
 
 
165 aa  93.6  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.1602  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1361  membrane-flanked domain  34.42 
 
 
172 aa  89.7  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.30148  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2068  hypothetical protein  33.76 
 
 
175 aa  85.9  2e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0096  hypothetical membrane associated protein  33.76 
 
 
180 aa  85.5  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.129963  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2094  hypothetical protein  33.54 
 
 
178 aa  78.2  4e-14  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.859623  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0824  hypothetical protein  31.82 
 
 
167 aa  75.9  2e-13  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.332875 
 
 
-
 
NC_002950  PG1471  hypothetical protein  31.21 
 
 
155 aa  70.9  6e-12  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2709  membrane-flanked domain-containing protein  28.05 
 
 
227 aa  69.3  2e-11  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00542291  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0188  hypothetical protein  32 
 
 
157 aa  69.7  2e-11  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.167897 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2524  hypothetical protein  29.66 
 
 
146 aa  68.2  4e-11  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2654  hypothetical protein  29.66 
 
 
146 aa  68.2  4e-11  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0763  membrane-flanked domain protein  29.34 
 
 
229 aa  63.5  1e-09  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.230772 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1149  membrane-flanked domain protein  33.33 
 
 
126 aa  61.2  6e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4224  membrane-flanked domain protein  28.86 
 
 
479 aa  56.6  1e-07  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00512848  normal  0.19877 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0702  membrane-flanked domain-containing protein  29.38 
 
 
169 aa  54.7  5e-07  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6388  membrane-flanked domain protein  29.71 
 
 
170 aa  54.3  6e-07  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00310241  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1327  hypothetical protein  29.05 
 
 
166 aa  54.3  6e-07  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.266141 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1045  membrane-flanked domain protein  29.29 
 
 
182 aa  54.3  6e-07  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0381414  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0818  membrane-flanked domain protein  30.97 
 
 
180 aa  53.9  9e-07  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.81084  normal  0.280126 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0600  membrane-flanked domain protein  30.13 
 
 
232 aa  52.8  2e-06  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1671  membrane-flanked domain protein  29.25 
 
 
170 aa  48.5  3e-05  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0399  membrane-flanked domain-containing protein  32.03 
 
 
174 aa  48.1  5e-05  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0164295  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05910  predicted membrane protein  27.69 
 
 
203 aa  47.4  9e-05  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.697555 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1332  membrane-flanked domain-containing protein  26.87 
 
 
172 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.829473 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1296  membrane-flanked domain-containing protein  26.87 
 
 
172 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.337275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1313  membrane-flanked domain-containing protein  26.87 
 
 
172 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.569555  normal  0.136537 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3601  membrane-flanked domain protein  33.82 
 
 
173 aa  46.2  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3728  membrane-flanked domain protein  23.81 
 
 
176 aa  45.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.557347  normal  0.445011 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1843  membrane-flanked domain protein  25.69 
 
 
185 aa  46.2  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0163501  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1656  membrane-flanked domain-containing protein  25.93 
 
 
229 aa  45.4  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.125781  hitchhiker  0.00365351 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0162  hypothetical protein  26.5 
 
 
127 aa  44.7  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.373951  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5912  membrane-flanked domain-containing protein  27.34 
 
 
181 aa  43.1  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1171  membrane-flanked domain-containing protein  27.82 
 
 
289 aa  43.1  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8563  hypothetical protein  28.79 
 
 
252 aa  42  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.33321  normal  0.010554 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4749  membrane-flanked domain-containing protein  26.12 
 
 
181 aa  41.2  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>